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[GROMACS] 关于计算体系中不同离子的水合作用问题

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大家好,最近使用GROMACS进行计算,体系中有水、A离子、B离子,想要比较A、B两离子水合作用的强弱,将三种组分分为三组,然后计算组间相互作用,再将得到的数值除以分子对数之后进行比较,这种方法合理吗?如果不合理,有没有其他更好的方法?谢谢大家。

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发表于 Post on 2023-9-20 03:51:15 | 只看该作者 Only view this author
这种问题一般是算离子的溶解自由能来体现,粗糙的有GBSA、PBSA,如下文所说,更准确可以跑TI/FEP
谈谈分子模拟中的隐式溶剂模型与GB模型
http://sobereva.com/42
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-9-20 08:31:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-9-20 03:51
这种问题一般是算离子的溶解自由能来体现,粗糙的有GBSA、PBSA,如下文所说,更准确可以跑TI/FEP
谈谈分子 ...

好的,谢谢老师

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