求助构建聚乙烯醇（PVA）、乙二醇（EG）、水的共混体系，在nvt后分子出现团聚的现象

Permanence · 发表于 Post on 2023-9-19 14:50:28

（1）各位老师们大神们大家好，我想做一个氯化锌溶于PVA、乙二醇和水的电解质体系。在实际实验中，PVA在95°C的环境下才能溶于水，并且形成凝胶状结构。目前我在做gromacs模拟时，在GAFF力场下采用NVT进行1ns的700K退火后，其势能可以平衡但是得到的最终结果是多数分子团聚到一起。采用的top文件和nvt文件如下，请各位老师帮我指点迷津。

（2）在此之前，我在Amber03力场下进行过共混体系的模拟，出现了类似的问题。若提升体系温度，各分子都可以分散好，但是得到的体系势能无法达到平衡。若团聚的分子，体系能量可以平衡。减少PVA分子的加入就可以将体系分散完成，请问是否跟PVA分子的性质有关呢？或者说，团聚现象是否对应着实验中的凝胶态呢，请老师们帮我指点一下。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-20 03:33:56

所谓的能量不平衡不知道你怎么判断的，至少摆个随时间变化的曲线图出来，而且必须跑得时间足够长。大分子扩散本来就慢，就跑个比如1、2ns很可能根本就还没达到平衡，怎么着也应该跑个几十ns看看。

Permanence · 发表于 Post on 2023-9-20 10:48:32

sobereva 发表于 2023-9-20 03:33
所谓的能量不平衡不知道你怎么判断的，至少摆个随时间变化的曲线图出来，而且必须跑得时间足够长。大分子扩 ...

是用的 gmx energy 看势能和时间的变化去判断的老师

Permanence · 发表于 Post on 2023-9-20 10:52:22

老师，这个是我做的几个能量随时间变化的曲线，不加PVA后的模型可以分散开，而且能量也相对平衡。但是加PVA后，模型中的分子就不能散开，但这个时候的能量能达到平衡。

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-21 03:02:34

Permanence 发表于 2023-9-20 10:52
老师，这个是我做的几个能量随时间变化的曲线，不加PVA后的模型可以分散开，而且能量也相对平衡。但是加PVA ...

没平衡就继续跑平衡就完了。拿都已经平衡的状况对比

Permanence · 发表于 Post on 2023-9-21 10:59:44

sobereva 发表于 2023-9-21 03:02
没平衡就继续跑平衡就完了。拿都已经平衡的状况对比

好的老师我再试一下谢谢您

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