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[GROMACS] 求助:改用amber14sb后出现这个报错

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不好意思打扰各位老师,因为gromacs里有的amber力场稍微有点旧所以我新装了一个amber14sb力场,但是再做到加离子前的时候出现了这个报错,想麻烦问一下各位老师这个是什么原因呢?谢谢各位老师~

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发表于 Post on 2020-12-15 12:36:20 | 只看该作者 Only view this author
这是amber14sb中有些二面角参数缺失,应该是个bug,所以我一般也不建议用这个力场,我个人遇到的问题解决方法是在ffbonded.itp的[ dihedraltypes ] ; improper下面添加两行:
  1. NA  CW  CC  CT       4      180.00     4.60240     2  
  2. NA  CV  CC  CT       4      180.00     4.60240     2   
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-15 18:42:05 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-12-15 12:36
这是amber14sb中有些二面角参数缺失,应该是个bug,所以我一般也不建议用这个力场,我个人遇到的问题解决方 ...

好的,谢谢老师~另外还想麻烦那您一般用的是哪个力场呢?我现在是99sb模拟的时候结果不太好,所以想换个力场试一下~

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发表于 Post on 2020-12-16 02:36:02 | 只看该作者 Only view this author
看相应文件里的相应行,到底缺的是什么二面角项,在ffbonded.itp里添加就完了
如果是gromacs网站上下的14SB力场包,我倒是没发现什么问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-17 15:10:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-16 02:36
看相应文件里的相应行,到底缺的是什么二面角项,在ffbonded.itp里添加就完了
如果是gromacs网站上下的14S ...

嗯社长我就从gromacs上下载的力场包,而且是用您之前说过的Dec2017那个版本的,但是还是有报错我也觉得很奇怪。缺的东西目前看是二面角,但是在做模拟的时候发现一个问题,就是蛋白质中的ca和cl总是容易跑出去蛋白,且水溶液里的na离子会跑进蛋白,就感觉很奇怪~另外如果可以的话社长可以麻烦再贴一个力场包的网站链接嘛?我想看看是不是我下错了,谢谢社长~

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发表于 Post on 2020-12-18 05:59:47 | 只看该作者 Only view this author
BabysBreath 发表于 2020-12-17 15:10
嗯社长我就从gromacs上下载的力场包,而且是用您之前说过的Dec2017那个版本的,但是还是有报错我也觉得很 ...

http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields

蛋白和外部的Na、Cl离子交换是非常正常的事。而一般二价碱金属离子都会结合得比较牢固(也可以具体看看离子附近有什么带负电的基团与之作用)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-18 10:53:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-18 05:59
http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Force_fields

蛋白和外部的Na、Cl离子交换是非 ...

好哒,我看一下,谢谢社长~

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发表于 Post on 2023-9-26 16:42:55 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-12-15 12:36
这是amber14sb中有些二面角参数缺失,应该是个bug,所以我一般也不建议用这个力场,我个人遇到的问题解决方 ...

您好,请问这个力场的包可以给我发一份吗,我的邮箱是lijunchen0921@163.com,非常感谢

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