关于使用CP2K进行MD运算异常终止的问题

jqian0402 · 发表于 Post on 2023-8-31 12:22:56

本帖最后由 jqian0402 于 2023-8-31 14:40 编辑

我需要利用CP2K进行UiO-66的MD模拟，整个过程是在PBEsoul/DZVP-MOLOPT-SR-GTH，1.01325bar和300K下进行2000步的NPT-F模拟。输入文件uio66.cif uio66.inp在附件中。

目前我发现每次作业跑大概100步出头就会报MPI的错：

===================================================================================

= BAD TERMINATION OF ONE OF YOUR APPLICATION PROCESSES

= PID 358775 RUNNING AT cb0906

= EXIT CODE: 9

= CLEANING UP REMAINING PROCESSES

= YOU CAN IGNORE THE BELOW CLEANUP MESSAGES

===================================================================================

Intel(R) MPI Library troubleshooting guide:

https://software.intel.com/node/561764

===================================================================================

输出文件（uio66.output）没有显示错误，SCF收敛过程中程序直接结束了。

前100步模拟过程中，压强波动很大，而且也没有收敛趋势（见下图 P-T-time.jpg），但我记得压强波动大也是正常现象。

想问一下这是我cp2k编译出现了问题么，还是哪里的设置有问题呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-31 16:21:49

  Step    Update method    Time Convergence       Total energy Change
  ------------------------------------------------------------------------------
   1 Broy./Diag. 0.40E+00 5.9    0.00521310    -4335.3238336038 -4.34E+03
   2 Broy./Diag. 0.40E+00 15.7    0.00392658    -4335.3222975748  1.54E-03
   3 Broy./Diag. 0.40E+00  584.8    0.07794485    -4335.3218324554  4.65E-04
   4 Broy./Diag. 0.40E+00 23.8    0.07794267    -4334.7499788374  5.72E-01
   5 Broy./Diag. 0.40E+00 66.2    0.00016828    -4335.3279019497 -5.78E-01
   6 Broy./Diag. 0.40E+00  946.8    0.00012635    -4335.3309647850 -3.06E-03
   7 Broy./Diag. 0.40E+00 94.9    0.00005406    -4335.3309325929  3.22E-05
   8 Broy./Diag. 0.40E+00 95.6    0.00001335    -4335.3311282734 -1.96E-04
   9 Broy./Diag. 0.40E+00 1018.0    0.00000711    -4335.3309683340  1.60E-04
10 Broy./Diag. 0.40E+00 1043.9    0.00001408    -4335.3306196232  3.49E-04
11 Broy./Diag. 0.40E+00  194.4    0.00000539    -4335.3303535409  2.66E-04
12 Broy./Diag. 0.40E+00  964.0    0.02738223    -4335.3300553716  2.98E-04
13 Broy./Diag. 0.40E+00  101.7    0.03141761    -4334.5172016971  8.13E-01
14 Broy./Diag. 0.40E+00  930.1    0.02286737    -4335.2233992569 -7.06E-01

到最后SCF耗时明显离谱
大概率编译有问题或者运行环境有问题
若无特殊情况，编译和运行都用OpenMPI

jqian0402 · 发表于 Post on 2023-8-31 19:52:40

sobereva 发表于 2023-8-31 16:21
Step Update method Time Convergence Total energy Change
---------------- ...

好的谢谢sob老师

kkkil2 · 发表于 Post on 2023-9-28 22:59:20

也遇到相同的情况。原先用的是intel mpi出错，改用open mpi就可以解决问题。

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