进行分子冻结后，md模拟后分子为什么会改变位置？以及盒子收缩的问题？

ngaoo · 发表于 Post on 2023-9-28 09:25:19

老师，我在进行模拟之间已经把分子冻结在了盒子中间，然后进行能量最小化等操作，进行最终的md模拟后，发现分子的位置发现变化
Q1:（md模拟的时候把控压等设定去掉了）分子发生移动的现象正常吗？
Q2:老师，我还发现在进行到npt后，盒子从原来的5nm的立方盒子收缩到2.9nm，然后在md模拟的时候也是2.9那nm，这种盒子尺寸的收缩在正常范围内吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-28 09:55:05

如果用的freeze、正确设置了，且没用控压的话，MD过程中不可能被冻结的原子位置发生改变

没具体信息没法说。初始密度太小显然NPT过程中盒子会自发显著收缩

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[GROMACS] 进行分子冻结后，md模拟后分子为什么会改变位置？以及盒子收缩的问题？

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