超算（hpc）上的Gaussian软件安装

nono114514

一． Gaussian下载

获取Linux系统的Gaussian安装包，为.tbz文件。.zip等Windows安装包因有exe文件，无法在Linux系统中运行。

二． Gaussian解压

依次输入Linux命令如下：

tar -xjvf G16-A03-AVX2.tbz #解压安装包

mkdir scratch #给Gaussian放trash用

三． Gaussian安装及环境变量调试

可尝试利用Winscp/Xshell/Putty登录账号，总有一款适合你。推荐以可视化最好的Winscp进行，以下以之为例。 （若用Xshell等登录，则以下文字中的“手动输入”皆替换为使用命令行输入——如输入vi  ~/.bashrc并回车，但可能因为家目录下不存在这两个文件而报错。此时则需要利用命令 cd acct-XXX/XXX/转到g16文件夹所在的同级目录，再mkdir .bashrc,创建相应文件.）

登陆账号后，依次输入以下命令： srun -p 64c512g -N 1 -n 8 --pty /bin/bash     # 申请计算节点编译#
若显示command not found 错误，则是因为帐号下家目录找不到.bashrc和.bash_profile这两个文件
此时，需要手动在g16文件夹目录下创建这两个文件，并分别输入以下内容:
# .bashrc # Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ];
then      
. /etc/bashrcFi# User specific environmentif ! [[ "$PATH" =~ "$HOME/.local/bin:$HOME/bin:" ]]
then   
PATH="$HOME/.local/bin:$HOME/bin:$PATH"fiexport PATH # Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:# export SYSTEMD_PAGER= # User specific aliases and functions if [ ! -f ~/.ssh/id_rsa ];
then   
echo 'No public/private RSA keypair found.'     
ssh-keygen -t rsa -b 2048 -f ~/.ssh/id_rsa -N ""    cat ~/.ssh/id_rsa.pub > ~/.ssh/authorized_keys    echo "StrictHostKeyChecking no" > ~/.ssh/config    chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys    chmod 600 ~/.ssh/configfi # Gaussian set enviroment  export g16root=/dssg/home/acct-XXX/XXX #注意这里要到g16文件夹的上一级为止，不能/g16，否则权限有误。export GAUSS_SCRDIR=/dssg/home/acct-XXX/XXX/scratchsource /dssg/home/acct-XXX/XXX/g16/bsd/g16.profile  类似地，手动将.bash_profile文件内容重置如下： # .bash_profile # Get the aliases and functionsif [ -f ~/.bashrc ]; then        . ~/.bashrcfi # User specific environment and startup programs PATH=$PATH:$HOME/.local/bin:$HOME/bin export PATH 注意，其中的路径需要根据自己服务器实际情况变通下。最后重新登录集群，确认重置配置文件后，先前的问题应当解决，再输入命令后应显示对应节点如@node320 而非@登录的服务器 之后依次输入如下代码，待提示install successfully，安装完毕： cd g16./bsd/install 接下来给g16和scratch文件夹分别赋予权限：  chmod -R 750 ./g16chmod -R 777 ./scratch

四． 利用slurm文件提交作业

Gaussian 有不同版本，有的适合跨节点，有的仅支持单节点。请根据使用版本，选择是否多节点并行。示例：单节点运行 Gaussian，在 cpu 队列上，总共使用 40 核 (1 个 cpu 节点)，slurm文件输入内容如下：

#!/bin/bash #SBATCH -J test#SBATCH -p cpu#SBATCH -n 40#SBATCH --ntasks-per-node=40#SBATCH -o %j.out#SBATCH -e %j.err  CASE="1"EXE="g16" $EXE $CASE.gjf $CASE.out

若err文件中提示“line 16 ‘g16’ command not found”，则可以先将slurm文件放在g16文件夹下sbatch提交，看是否成功，借以核对环境变量及path的设置问题。

盲人摸象的安装过程，最终造就了这份保姆级教程，祝愿诸君好运。
此外，若诸君的超算系统比较省心，可以参见sob老师的http://sobereva.com/439，来解决问题。@sobereva

abin

最简单的就是，
通过singularity  apptainer 方式，
软件镜像，下载即可使用。啥配置都不需要。

如果平台没有singularity ，可以自己源码编译。

Singularity 模式，应该是不错的解决方案。

另，建议修改排版。

nono114514

abin 发表于 2022-9-15 10:40
最简单的就是，
通过singularity  apptainer 方式，
软件镜像，下载即可使用。啥配置都不需要。

感谢建议。大部分高校的超算是不可以Singularity的，您说的应该是商用。排版改起来太繁，上传了图片可作为对照。

abin

nono114514 发表于 2022-9-15 15:33
感谢建议。大部分高校的超算是不可以Singularity的，您说的应该是商用。排版改起来太繁，上传了图片可作 ...

singularity完全可以非root权限自己安装自己使用.

和是否商用没啥关系.

nono114514

abin 发表于 2022-9-15 16:48
singularity完全可以非root权限自己安装自己使用.

和是否商用没啥关系.

和我了解的情况不太一样。不过也希望您能出个教程，好来学学。

abin

nono114514 发表于 2022-9-15 17:34
和我了解的情况不太一样。不过也希望您能出个教程，好来学学。

Singularity 概括性的中文介绍，
有很多，如果找不到，可以看看CSDN hpc4you 写的。

至于非root编译安装singularity ，官方的手册写得超级清楚简单，
没有必要再折腾翻译一遍了。

官方教程很棒的。

黑色桃花

大佬，我有个问题，如果在超算上申请10个节点，每个节点申请50个核，这些核都会被用来对高斯进行并行计算吗

黑色桃花

大佬，我有个问题，如果在超算上申请10个节点，每个节点申请50个核，这些核都会被用来对高斯进行并行计算吗

nono114514

黑色桃花 发表于 2023-8-27 15:59
大佬，我有个问题，如果在超算上申请10个节点，每个节点申请50个核，这些核都会被用来对高斯进行并行计算吗

会的，不过具体的要按照提供超算服务器的商家口径来