用xtb做生成molden.input文件SCF不收敛

ddddnight · 发表于 Post on 2023-10-8 14:27:02

老师，您好在cp2k中优化好的restart文件，转换成了.xyz文件，由于原子数太多，想做静电势分析，想用xtb生成molden.input，但是一直SCF不收敛，gfn1和2都试过了，这种情况怎么办呀

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-8 18:11:35

是不是把周期性体系直接当孤立体系算了，没有给断面补氢？

ddddnight · 发表于 Post on 2023-10-8 18:31:59

wzkchem5 发表于 2023-10-8 18:11
是不是把周期性体系直接当孤立体系算了，没有给断面补氢？

xtb能算周期性体系吗，我之前在cp2k算的时候是XY周期的，Z方向用羟基饱和了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-8 21:56:59

ddddnight 发表于 2023-10-8 11:31
xtb能算周期性体系吗，我之前在cp2k算的时候是XY周期的，Z方向用羟基饱和了

ddddnight · 发表于 Post on 2023-10-8 22:08:55

wzkchem5 发表于 2023-10-8 21:56
可以，参见https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/periodic_boundary_conditions.html

好的，谢谢老师！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-8 22:33:12

这个体系静电势分析没什么可做的。如果你是想得到被吸附部分的表面静电势分布信息，直接在CP2K里当二维周期性用DFT计算静电势cube文件就完了，完全算得动。

ddddnight · 发表于 Post on 2023-10-8 22:42:57

sobereva 发表于 2023-10-8 22:33
这个体系静电势分析没什么可做的。如果你是想得到被吸附部分的表面静电势分布信息，直接在CP2K里当二维周期 ...

好的老师，主要是想在论文里面加入点东西，丰满一下

ddddnight · 发表于 Post on 2023-10-8 22:46:46

wzkchem5 发表于 2023-10-8 21:56
可以，参见https://xtb-docs.readthedocs.io/en/latest/periodic_boundary_conditions.html

老师，刚才看了一下您发的网址，是不是把xtb嵌入到DFTB+中，利用DFTB+来算，然后生成molden.input

ddddnight · 发表于 Post on 2023-10-9 14:34:02

sobereva 发表于 2023-10-8 22:33
这个体系静电势分析没什么可做的。如果你是想得到被吸附部分的表面静电势分布信息，直接在CP2K里当二维周期 ...

老师，有两个问题 1. 生成的cub文件是直接放在vmd可执行目录里直接用是吗
2. 如果想看极值点，能不能把molden文件转换成fch文件，用ESPext.bat去生成所需要的.pdb文件呢

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-10 21:35:48

ddddnight 发表于 2023-10-9 14:34
老师，有两个问题 1. 生成的cub文件是直接放在vmd可执行目录里直接用是吗
2 ...

1 愿意放哪就放哪，放哪都能载入VMD。除非你用了什么特殊的脚本
2 ESPext.bat里的文件名写成molden文件就完了，对于计算静电势来说molden和fch能提供给Multiwfn的信息一样

ddddnight · 发表于 Post on 2023-10-11 08:58:10

sobereva 发表于 2023-10-10 21:35
1 愿意放哪就放哪，放哪都能载入VMD。除非你用了什么特殊的脚本
2 ESPext.bat里的文件名写成molden文件 ...

好的老师，明白了，谢谢您

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[波函数分析求助] 用xtb做生成molden.input文件SCF不收敛