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[Amber] 求助：tleap加的离子为什么在盒子的外面？

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发表于 Post on 2023-10-16 20:19:06 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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老师，您好，

我想用tleap搭建膜蛋白加小分子的体系。膜是用CHARMM-GUI的膜构建模块生成的。
tleap的指令如下：
com=loadpdb pro-ligand.pdb
solvatebox com TIP3PBOX {0,0,10}
charge com
addions com Cl- 98
addions com Na+ 96

但是输出PDB后，发现离子有的加到课盒子外面。请问这是什么原因呢？怎么才能加到盒子里面？

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