em后，进行300K 1bar npt后分子成团，改用300K 100bar npt后分子分散，但出现报错

pengliyuan · 发表于 Post on 2023-10-16 10:36:11

采用GAFFl力场，对5万多个分子GROMACs模拟，在进行1ns npt(300K 1bar) 正常跑下来后盒子内的分子成团，为此加压，进行1ns NPT(300K 100bar)时，跑到350ps的时候出现报错信息，VMD查看350ps时的.gro文件，分子成团有效地得到分散了，但是这种报错信息是最初的.itp文件的问题，还是.mdp的问题，新手请教各位大佬，还请见谅，非常谢谢各位大佬们的解答！！！

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-10-16 15:59:14

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2023-10-16 19:32 编辑

报错信息说化学键长度超过规定的上限，一般化学键长度的变化不会很大，这说明模拟体系崩溃了。
由于模拟过程中压强变化较大，可以使用gmx energy输出模拟过程中的体积或压强，如果在报错之前出现大幅度变化，说明可能是控压导致体系崩溃。
如果是这种情况，可以减小tau_p，使控压算法的调节更平缓，或者分段模拟，每一段设置不同的压强，逐步加压而不是一步到位。

pengliyuan · 发表于 Post on 2023-10-16 18:27:53

Frozen-Penguin 发表于 2023-10-16 15:59
报错信息说化学键长度超过规定的上限，一般化学键长度的变化不会很大，这说明模拟体系崩溃了。
由于模拟过 ...

感谢大佬的解答~

pengliyuan · 发表于 Post on 2023-10-16 18:36:34

pengliyuan 发表于 2023-10-16 18:27
感谢大佬的解答~

您说的分段模拟是在npt.mdp文件中设置吗，还是进行多次不同ps的npt？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2023-10-16 19:29:53

pengliyuan 发表于 2023-10-16 18:36
您说的分段模拟是在npt.mdp文件中设置吗，还是进行多次不同ps的npt？

分别写几个mdp文件，分开运行

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[GROMACS] em后，进行300K 1bar npt后分子成团，改用300K 100bar npt后分子分散，但出现报错

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