求助计算静水压强

liurui · 发表于 Post on 2023-10-16 17:26:48

各位老师，学生想粗略模拟二聚体从平衡结构到产生一定形变所需要的压强，可能有三种方法可以对此进行计算，想请各位老师帮忙看一下！！！谢谢各位老师！！！
1.根据sobereva老师的帖子：谈谈分子体积的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)；计算得到了分子体积，根据压强等于形变能量与形变体积的比值，这里的形变能近似为分子总能量的变化量，这种方法计算的压强为GPa量级；
2.看到之前有同学问的帖子：压强等于对原子的力的和与表面积的比值：如何在量化计算中引入压强因素 - 量子化学 (Quantum Chemistry) - 计算化学公社 (keinsci.com)；这种方法是否合理呢？这里的对原子的力和表面积该如何计算呢？
3.因为研究的体系是气相下的二聚体，想着是否可以用理想气体的物态方程来进行计算P=nKT, n=N/V, 这里的N因为是二聚体所以等于2,V是计算的Bader分子体积,这种方法计算产生一定形变需要施加的压强为MPa量级；

2方法的文献为

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-16 18:07:29

气相下的二聚体，如果压强大到引发可以观测到的形变，二聚体必然已经凝结成液体甚至固体了。你确定你既要研究气相，又要研究压强导致的形变？

liurui · 发表于 Post on 2023-10-16 19:03:54

wzkchem5 发表于 2023-10-16 18:07
气相下的二聚体，如果压强大到引发可以观测到的形变，二聚体必然已经凝结成液体甚至固体了。你确定你既要研 ...

老师考虑的有道理，那么这种情况第三章种方法是否不适用了，也就是说需要用前两种的一种来计算吗？谢谢老师！非常感谢！！！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-10-16 23:26:20

liurui 发表于 2023-10-16 12:03
老师考虑的有道理，那么这种情况第三章种方法是否不适用了，也就是说需要用前两种的一种来计算吗？谢谢老 ...

前两种可以用来估算压强的量级，但是有条件的话最好还是在NPT系综下跑MD，也就是改变MD的压强直至二聚体产生所需程度的形变，然后读当前压强

liurui · 发表于 Post on 2023-10-17 10:00:45

wzkchem5 发表于 2023-10-16 23:26
前两种可以用来估算压强的量级，但是有条件的话最好还是在NPT系综下跑MD，也就是改变MD的压强直至二聚体 ...

谢谢老师！我用第一种方法算量级大了一个量级，从以往相似体系的实验推出的，想尝试一下第二种方法进行计算，分子的表面积可以从帖子得到：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%B1%ED%C3%E6%BB%FD ，但是对原子的力该如何计算呢？谢谢老师！非常感谢！！！

liurui · 发表于 Post on 2023-10-17 10:06:44

wzkchem5 发表于 2023-10-16 23:26
前两种可以用来估算压强的量级，但是有条件的话最好还是在NPT系综下跑MD，也就是改变MD的压强直至二聚体 ...

老师，我又看到这个帖子，也有同学问了原子力，gaussian有force命令，帖子为：http://bbs.keinsci.com/forum.php ... =%D4%AD%D7%D3%C1%A6 ，老师，我用的molpro进行的量化计算，该如何得到原子力呢？然后对原子力求和除以表面积，谢谢老师！非常感谢！！！

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-18 04:13:36

建议参考综述Int J Quantum Chem. 2021;121:e26208

liurui · 发表于 Post on 2023-10-18 08:52:14

sobereva 发表于 2023-10-18 04:13
建议参考综述Int J Quantum Chem. 2021;121:e26208

收到，谢谢老师，我马上仔细阅读

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