蛋白+水+小分子+离子进行nvt平衡时mdrun出现报错

ngaoo · 发表于 Post on 2023-10-18 22:40:04

nvt平衡的mdrun阶段出现报错：

我的小分子的top文件由sobtop产生，也看了老师博文下面的排除报错的内容。
我将自己的mdp文件一步一步的减少去找出问题，没能找到问题所在；结构和拓扑文件也检查了，都没有问题，但是学生能力有限，请老师帮忙指点下问题所在

nvt22.mdp (991 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 6)

topol.top (1.46 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

1hfz.gro (349.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
这是我的文件

这是排查期间遇到的报错：1.The bond in molecule-type Protein_chain_A between atoms 81 OG1 and 82 HG1 has an estimated oscillational period of 9.0e-03 ps, which is less than 10 times the time step of 1.0e-03 ps. Maybe you forgot to change the constraints mdp option. 2. One or more water molecules can not be settled.

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-19 05:52:05

此类问题http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里该说的都说了，没有任何可补充的。
而且你传的gro文件都不是实际体系，别人都没法对照top判断。小分子的itp也不上传，别人都没法检查。
水中的小分子、蛋白+水，简单体系都跑通了再说组合再一起的事。

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “进行nvt平衡时，mdrun过程” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

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[GROMACS] 蛋白+水+小分子+离子进行nvt平衡时mdrun出现报错