关于模拟得到晶体数据的咨询。

小范范1989

大家好，最近投了个文章，遇到一个问题，简单描述如下：
自己选取了实验上一个分子计算了一些属性，我高斯计算是单分子计算，然后最后和实验有差距，我的解释是由于分子做成器件之后造成的影响。
审稿人问：
In order to understand the experimental results ofthis ACRSA molecule, solvent effect or aggregation (to compare with solidfilm experiments) should be considered in the calculations. Therefore,the manuscript should not be accepted for publication until these calculationsare performed
我的审稿就这么一个意见，不能不修改吧。但是我做这个工作的不足之处，我写了，就是没能够模拟晶体环境，但是这个地方审稿人提出来了。
所以，我想得到晶体数据，问初始作者要，他们没有。然后，我想能不能通过gromacs或者其他的软件，近似的跑出一个分子堆积在一起的时候的构型？然后剩下的，我会做。
计算的分子结构和高斯输入文件，我附件了。谢谢指点和帮助。谢谢

wei

uspex和calypso都可以预测分子晶体结构，且免费，但上手不易。如果想快一点可以用MS里的polymorph这个模块来做，但效果一般。PS：晶体结构预测工作量大，不容易做，慎入。

chiweijie

这个小分子用polymorph还是比较easy.

小范范1989

wei 发表于 2016-9-19 16:03
uspex和calypso都可以预测分子晶体结构，且免费，但上手不易。如果想快一点可以用MS里的polymorph这个模块 ...

谢谢指点，我不是做晶体这个方向的，我都是计算单分子，或者有晶体数据，才计算晶体。
然后预测晶体没接触过，但是审稿人问到了。所以，就像简单的要个可靠的结构。
我看过计算的文章，我看他们的文章是晶体预测+计算=Nano scale的文章。
我现在就是做点计算，
其实，我这篇文章的突出点不是这个没有晶体数据导致的和实验对应不上，而是，我找到了两个发光结构。
可能我的理解偏了，既然审稿人这么问，就得给他模拟一下算算。
谢谢你的指点。thanks

小范范1989

chiweijie 发表于 2016-9-19 16:51
这个小分子用polymorph还是比较easy.

谢谢指点，
我看看怎么弄，MS也没有深入了解过。
我之前做晶体，都是去的实验的.cif。然后用MS保存的坐标，后面用高斯等计算。
真正的模拟这个晶体，我没接触过。所以，我就想简单的模拟一下，不需要太深入，就得到个构型。然后后面的我都能处理了。
谢谢你的指点，如果有详细的教程或者网址，能够分享一下，谢谢你

wei

小范范1989 发表于 2016-9-19 17:43
谢谢指点，
我看看怎么弄，MS也没有深入了解过。
我之前做晶体，都是去的实验的.cif。然后用MS保存的坐 ...

审稿人的意思不是得到构型那么简单的

小范范1989

wei 发表于 2016-9-19 18:24
审稿人的意思不是得到构型那么简单的

偶，这样子啊，谢谢你的指点。

chiweijie

小范范1989 发表于 2016-9-19 17:43
谢谢指点，
我看看怎么弄，MS也没有深入了解过。
我之前做晶体，都是去的实验的.cif。然后用MS保存的坐 ...

最简单的教程就是MS的help.

小范范1989

chiweijie 发表于 2016-9-19 21:02
最简单的教程就是MS的help.

恩，好的，谢谢指点