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[GROMACS] 求助:纤维素的RMSD始终无法稳定

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我的体系中包含1条纤维素链和512对离子液体,在动力学模拟中,纤维素的RMSD始终无法稳定,观察轨迹,发现纤维素的构象总是在不断地变化,没有办法稳定下来。
我的问题是,在这种情况,该如何判断体系是否平衡,可以根据纤维素与离子液体之间的氢键数目来判断吗?


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发表于 Post on 2023-10-26 08:19:07 | 只看该作者 Only view this author
氢键数目基本不变可以说明纤维素和溶剂的相互作用基本平衡,但这和纤维素构象达到平衡是两码事
可以再跑50ns观望
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-27 11:22:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-26 08:19
氢键数目基本不变可以说明纤维素和溶剂的相互作用基本平衡,但这和纤维素构象达到平衡是两码事
可以再跑50 ...

sob老师,续跑50ns以后仍然无法平衡,我的纤维素模型是直接使用cellulose-build构建的,没有经过优化,是否是这个原因导致它迟迟无法平衡?

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发表于 Post on 2023-10-28 03:42:39 | 只看该作者 Only view this author
huashang 发表于 2023-10-27 11:22
sob老师,续跑50ns以后仍然无法平衡,我的纤维素模型是直接使用cellulose-build构建的,没有经过优化,是 ...

跟优化没关系

如果从结构上来看此纤维素就是没唯一稳定的构象,那就接受当前结果就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-28 14:43:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-28 03:42
跟优化没关系

如果从结构上来看此纤维素就是没唯一稳定的构象,那就接受当前结果就完了

好的,我还想问一下离子液体的阴阳离子在计算RESP电荷时,可以直接使用您提供的那个RESP.sh那个脚本吗?

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发表于 Post on 2023-10-29 00:49:41 | 只看该作者 Only view this author
huashang 发表于 2023-10-28 14:43
好的,我还想问一下离子液体的阴阳离子在计算RESP电荷时,可以直接使用您提供的那个RESP.sh那个脚本吗?

不直接适用
因为那个脚本会让你输入Gaussian自带的溶剂,但自带的溶剂里没有离子液体
因此应当自己用Gaussian做优化、得到fch文件,再手动按下文用Multiwfn算RESP电荷
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html

Gaussian计算时用的溶剂此时需要自定义,参考下面说的
通过SMD溶剂模型描述离子液体溶剂环境的方法
http://sobereva.com/431http://bbs.keinsci.com/thread-10607-1-1.html
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