Gromacs的.mdp常见参数

ZYHBU

2.mdp参数2.1运行控制（run control）

• integrator
  模拟中积分方式的选择。
  integrator=md 一种用于积分牛顿运动方程的跳蛙算法。一般在equilibration和production中使用。
  integrator=steep 用于能量最小化的最陡下降算法。一般在setup的能量最小化中使用。
  integrator=cg 用于能量最小化的共轭梯度算法，在能量下降最陡峭时，比steep更加高效。
• dt
  积分的时间步长，默认值0.001ps=1fs。为了充分利用计算机时间，应该使用较大的时间步长。但是，时间步长太大会导致积分过程不稳定和不准确。研究简单的液体或固体模型并且对内部模式不感兴趣，则可以使用更长的时间步长，例如，高达 20 fs。对于离子材料模型，大约 5 fs 的时间步长应该足够了。
• nsteps
  积分或能量最小化时的最大步数，默认0，-1为不限。步长*步数=运行时间。
• comm-mode
  对质心运动进行处理。comm-mode=Linear 去除质心平移速度。周期性模拟过程中，由于计算非键相互作用会有一定数值误差，可能导致MD过程中体系有本不该出现的整体平移现象，当前设定可以消除这个问题。
• nstcomm
  进行质心处理的频率，默认100steps。
  

2.2输出控制（output control）

• nstlog
  将能量写入日志之间经过的步骤数，默认1000steps。
  

2.3邻近搜索（neighbor search）

• cutoff-scheme
  cutoff-scheme=Verlet 生成带缓冲的粒子配对列表。缓冲区大小根据verlet-buffer-tolerance自动设置，除非设为-1，这种情况将使用rlist。
• nstlist
  nstlist>0，更新邻近列表的频率。在GPU上进行并行模拟/非结合力计算时，设为20或40性能最佳。
  nstlist=0，邻近列表只构建一次并且不会更新。
• ns_type
  ns_type=grid，在盒子中生成个点，且在每次更新邻近列表时检查相邻格点区域的原子。速度较ns_type=simple快。
• pbc
  pbc=xyz，在每个方向上使用周期性边界条件。
• verlet-buffer-tolerance
  只对cutoff-scheme=Verlet 有用。在缓冲区每对粒子的相互作用的最大允许误差。使用默认值0.005。
  

2.4静电（Electrostatics）

• coulombtype
  coulombtype=reaction-field 库伦截断距离为rcoulomb的广义反应场，其中rcoulomb>=rlist。超过截断距离的介电常数为epsilon-rf。当epsilon-rf=0时，介电常数无穷大。
• rcoulomb
  库仑力截断距离。最好和力场使用一致，默认为1。
• epsilon-r
  相对介电常数，默认1。
• epsilon-rf
  reaction field中的相对介电常数，默认0。
  

2.5范德华（Van der Waals）

• vdwtype
  vdwtype=cut-off 双程截断，邻近列表的截断距离为rlist，vdw的截断距离为rvdw，其中rvdw≥rlist。
• vdw-modifier
  vdw-modifier=Potential-shift-verlet 将范德华势能移动一个常数，使其在截止点处为零。这使得势能成为力的积分，这不影响力或采样。
• rvdw
  LJ或Buckingham的截断距离，默认1。