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[GROMACS] 建立离子型表面活性剂拓扑文件遇到的问题

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我建立阳离子十六烷基三甲基氯化氨拓扑文件的过程:1、现在gv画出带正电的不包含氯离子的结构如下图;2、用Multiwfn结合RESP2脚本:./RESP2.sh CTAC+.mol2 1 1 计算电荷;3、用Sobtop构建CTAC+的拓扑文件。
存在问题:1、请问各位老师,这个流程将阴阳离子分别建模并分别建立拓扑文件可以吗?
2、计算RESP2电荷时,不同亚甲基的碳氢原子所带的电荷量不相同,这个是正常的吗?



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发表于 Post on 2023-10-31 06:31:57 | 只看该作者 Only view this author
阳离子没问题。氯阴离子直接用ions.itp里的拓扑信息就行了,不需要额外建立

本身当前体系中所有CH2都不是化学等价的,原子电荷必然会存在差异
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-1 12:58:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-31 06:31
阳离子没问题。氯阴离子直接用ions.itp里的拓扑信息就行了,不需要额外建立

本身当前体系中所有CH2都不 ...

收到,谢谢sob社长答疑解惑

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