Gromacs模拟后更换温度求助

quanta · 发表于 Post on 2020-6-28 09:11:13

我已经在293.15K下模拟了一个体系，想看看温度改变对它的影响，比如增加5K，换到298.15K下。
293.15K下的体系已经模拟了50ns，我需要在298.15K重新跑，还是存在什么可以节省时间的方法呢，比如接着293.15K最后的轨迹并且改mdp里面的温度，可以节省时间吗？

sobereva · 发表于 Post on 2020-6-28 19:28:36

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反映出帖子具体内容，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“Gromacs模拟更换温度”改了，以后务必注意

并不存在什么省时间的方法，接着293.15 K最后的状态继续跑只不过比起随便构造的初始结构可以在更短时间内达到平衡而已，但也并不能因此就可以放心地用比50 ns显著更短的时间。

quanta · 发表于 Post on 2020-6-28 20:30:31

sobereva 发表于 2020-6-28 19:28
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

明白了，谢谢老师。

Jus · 发表于 Post on 2023-11-1 13:53:49

sobereva 发表于 2020-6-28 19:28
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并反 ...

老师好，如果我想探究不同温度对表活剂溶液的体系的影响，不需要annealing中升温退火的操作，是不是直接在温度耦合tcoupl中改参考温度ref‐t：的值就行了。
谢谢老师的回答

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-1 15:44:06

Jus 发表于 2023-11-1 13:53
老师好，如果我想探究不同温度对表活剂溶液的体系的影响，不需要annealing中升温退火的操作，是不是直接 ...

是

Jus · 发表于 Post on 2023-11-1 15:51:41

sobereva 发表于 2023-11-1 15:44
是

谢谢老师!

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