请问如何用vmd得到MD过程中键长变化？

lei234

已将MD计算产生的XDATCAR文件转换为pdb文件，可在vmd中打开观看。现需要得到MD中某一键长变化情况，请问VMD能否实现？该如何操作？请大神赐教！

snljty

如果不考虑pbc，假设两个原子分别是index 0 和index 3。

1. set nframes [molinfo top get numframes]
   
2. set sel1 [atomselect top {index 0}]
   
3. set sel2 [atomselect top {index 3}]
   
4. set ofile [open [$sel1 list]_[$sel2 list]_distance.txt w]
   
5. for {set i 0} {$i < $nframes} {incr i} {
   
6.   animate goto $i
   
7.   puts $ofile [measure bond "[$sel1 list] [$sel2 list]"]
   
8. }
   
9. close $ofile

复制代码

然后结果会被输出到0_3_distance.txt

lei234

snljty 发表于 2020-5-4 08:30
如果不考虑pbc，假设两个原子分别是index 0 和index 3。

然后结果会被输出到0_3_distance.txt

非常感谢您的回复！
请问这是一个脚本吗？还是在VMD里面输入的？要怎么用呢？不是很明白，麻烦您可以再详细解释下吗？感谢！

sobereva

按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后


点save可以导出数据

lei234

sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后

请问老师，是导入XDATCAR的pdb文件吗？我点graph没有出来您图片绿色的图呢？点save也没有反应，感觉不对呢。。

lei234

sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后

老师，有了。抱歉，我没有在label的框框里点选中的原子。还有个问题，就是我的结构是周期性结构，目前的胞里没有显示出整个分子，我想要看的键长正好没有显示出来，有什么办法吗？还是只能扩了胞再跑呢？非常感谢您！

lei234

sobereva 发表于 2020-5-5 07:43
按键盘上的2，点击两个原子进行标记，然后

我觉得主要问题是只显示了单胞内的原子，如果恶意显示单胞外的应该就可以了，请问可以让vmd显示单胞外的原子吗？

sobereva

lei234 发表于 2020-5-5 11:29
我觉得主要问题是只显示了单胞内的原子，如果恶意显示单胞外的应该就可以了，请问可以让vmd显示单胞外的 ...

lei234

sobereva 发表于 2020-5-6 08:55

太好啦！非常感谢您！！！

LLYYTT

请问怎么将XDATCAR转换成PDB格式呀，在网上只有转换成xyz格式用VMD看的，但原子位置都不对了

孔越华

老师您好，请问，如果原子在周期之间移动，即考虑周期性的情况下，怎么处理轨迹的键长键角信息呢@snljty