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[Lammps] 求助:lammps中电荷分布函数应该怎么计算?

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文献中,电荷分布是根据每个原子的电荷计算的,宽度为0.1 nm
#C4mimPF6(文献涉及的离子液体中阳离子的原子电荷)
#Charge of each atom
CT        #        -0.065
HC        #        0.026
H1        #        0.105
CS        #        -0.038
C2        #        -0.038
C1        #        -0.089
HA        #        0.096
CW        #        -0.02
CR        #        0.06
NA        #        0.052
P        #         0.58
F        #        -0.23

a: J. Phys. Chem. B 2021, 125, 17, 4527-4535.

中间charge density为电荷分布图
我是计算了每个原子的数密度分布*原子的电荷,然后累加形成阳离子的电荷分布。但是我发现趋势不同,随着z的增加,电荷分布也不是趋于0的状态

charge.png (105.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

charge.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-1 21:12:24 | 只看该作者 Only view this author
求助一下我该怎么做

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发表于 Post on 2021-11-2 20:13:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Graphite 于 2021-11-2 20:16 编辑

LAMMPS本身似乎没有直接的计算方式,简单看了下参考文献,仍然语焉不详。
您说的是“每个原子的数密度分布*原子的电荷”,不清楚是以原子为中心(RDF/GOFR函数),还是以wall为基准线(面)?看文献的意思似乎是处理了“各原子距离wall的密度分布*原子电荷”。
另外,从原文献模拟的尺度上,直接从轨迹得到的分布函数恐怕很难达到像此图这么平滑,感觉多少是用了点数据处理的技巧,这个只能邮件问作者。
自在飞花轻似梦,无边丝雨细如愁。

全自动反应动力学(ReaxFF、AIMD、NEP等)后处理工具网页版:http://cc-portal.xyz/reax_tools

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发表于 Post on 2023-11-4 09:43:30 | 只看该作者 Only view this author
您好,很冒昧打扰!您之前在论坛上发的关于:lammps中电荷分布函数怎么计算的帖子,您的这个问题解决了吗?我想找您咨询你一下解决方法

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