构想搜索结果怪异，请大家帮忙分析正确性

电压十万伏特 · 发表于 Post on 2023-11-3 11:52:53

本帖最后由电压十万伏特于 2023-11-5 10:45 编辑

大佬们好，我按照帖子Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索进行了有机分子链的构象搜索，分子式和参数设置如下，请大家看看这个结构正确吗？为什么感觉很怪异，和一般文献中的分子结构长得不太一样，全部卷起来了，是不是不太对呢？所有的都是在70-80%的概率

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-11-3 14:05:57

是不是没加溶剂？
气相里一些分子本来就会团得比溶液里更紧，进而和一般常识里面溶液的分子构象不同

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-4 09:55:09

本来就该这样，平直的构象才不是真空下能量较低构象。显然形成分子内弱相互作用会令能量降低

电压十万伏特 · 发表于 Post on 2023-11-4 12:16:23

wzkchem5 发表于 2023-11-3 14:05
是不是没加溶剂？
气相里一些分子本来就会团得比溶液里更紧，进而和一般常识里面溶液的分子构象不同

谢谢wzk老师，目前感觉加了溶剂以后，可能不会这么卷，但是对于高聚物，选择什么溶剂并且之后怎么和审稿人解释是一个大麻烦。所以目前打算减少苯环结构，只留下最基础的单元，您看这样可行嘛？或者您有什么建议嘛？谢谢！！！

电压十万伏特 · 发表于 Post on 2023-11-4 12:18:19

sobereva 发表于 2023-11-4 09:55
本来就该这样，平直的构象才不是真空下能量较低构象。显然形成分子内弱相互作用会令能量降低

谢谢sob老师，但是对于高聚物，实际中的分子链肯定不会这么卷，并且读的相关文章都没有说自己进行了构象搜索，也没有说是否加溶剂，并且都不卷曲，所以目前打算减少苯环结构，只留下最基础的单元，您看这样可行嘛？或者您有什么建议嘛？不太清楚他们怎么做的，会不会甚至没有构象搜索呢？谢谢！！！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-11-4 17:33:35

电压十万伏特发表于 2023-11-4 05:16
谢谢wzk老师，目前感觉加了溶剂以后，可能不会这么卷，但是对于高聚物，选择什么溶剂并且之后怎么和审稿 ...

如果有人做过这个体系的实验，那实验用什么溶剂就用什么溶剂
如果没有，那一般实验做类似体系用什么溶剂就用什么溶剂

电压十万伏特 · 发表于 Post on 2023-11-5 10:44:12

wzkchem5 发表于 2023-11-4 17:33
如果有人做过这个体系的实验，那实验用什么溶剂就用什么溶剂
如果没有，那一般实验做类似体系用什么溶剂 ...

好的，谢谢wzk老师的解答，万分感谢！！！

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-5 11:53:07

电压十万伏特发表于 2023-11-4 12:18
谢谢sob老师，但是对于高聚物，实际中的分子链肯定不会这么卷，并且读的相关文章都没有说自己进行了构象 ...

凝聚相的高聚物和孤立状态的单链聚合物是两码事
而且温度不很低的存在热运动状态下聚合物的构象特征和势能面最小点的也是两码事

这么长的柔性链状体系，在真空下做构象搜索，得到的能量最低结构绝对不可能是平直的。某些文章里如果给出的是平直的，要么计算条件和你的不同，要么根本就不是做的严格的构象搜索（可能只是做了单一的结构优化而已）

电压十万伏特 · 发表于 Post on 2023-11-5 16:45:38

sobereva 发表于 2023-11-5 11:53
凝聚相的高聚物和孤立状态的单链聚合物是两码事
而且温度不很低的存在热运动状态下聚合物的构象特征和势 ...

谢谢sob老师，我刚刚突然想到一个想法，比如，将我的这个单体分子和固化剂分子进行MD交联反应的计算，然后从里面提取出我想要的重复单元，以这个重复单元的构象作为我进行量子化学计算，这样不需要进行构象搜索，您看这样合理嘛？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-5 17:23:22

电压十万伏特发表于 2023-11-5 16:45
谢谢sob老师，我刚刚突然想到一个想法，比如，将我的这个单体分子和固化剂分子进行MD交联反应的计算，然 ...

MD计算你就用一个聚合物分子？
“MD交联反应”具体怎么算的？绝大多数力场都不支持描述化学反应

电压十万伏特 · 发表于 Post on 2023-11-6 10:49:09

sobereva 发表于 2023-11-5 17:23
MD计算你就用一个聚合物分子？
“MD交联反应”具体怎么算的？绝大多数力场都不支持描述化学反应

抱歉社长，没有讲述清楚，我的意思是，打个比方，可以丢50个单体和固化剂进去，用MS脚本控制交联发生，稳定以后，我从里面选取典型的分子链结构，直接用这时候的构型，提取坐标，进行单点计算，这样不进行构象搜索，结果是否具有意义呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-7 06:21:10

电压十万伏特发表于 2023-11-6 10:49
抱歉社长，没有讲述清楚，我的意思是，打个比方，可以丢50个单体和固化剂进去，用MS脚本控制交联发生，稳 ...

我不清楚你说的M$脚本是怎么控制的
我也不知道你做量化计算的具体目的是什么。直接用分子动力学+MD的某一帧这么粗糙的结构做量化计算，通常没什么意义

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[Molclus] 构想搜索 结果怪异，请大家帮忙分析正确性

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