计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1070|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 伞型采样得到的两个小分子之间接触的PMF曲线很奇怪

[复制链接 Copy URL]

223

帖子

1

威望

1227

eV
积分
1470

Level 4 (黑子)

各位前辈大家好!
最近我想用GROMACS的伞型采样来算两个小分子之间接触的PMF。
以下是我的体系及参数设置:

1. 真空
2. 盒子大小 10 nm X 10 nm X 10 nm
3. 采样间隔:0.02 nm
4. 窗口数:195
5. PMF MD时长:100 ps
6. K:1000
7. Wham计算命令: gmx wham -it XXX.tpr -if XXX_pullf.xvg -hist -o -unit kJ -bins (a. 13; b. 39; c. 195) -temp 298 -zprof0 -4.5

以下是得到的结果:

我的疑惑是:
1. 质心最接近的地方PMF没有表现出排斥?
2. bins的正确使用应该是怎样的?
3. 如何得到下图所示这样足够丝滑的图?


谢谢各位大佬!还请各位大佬不吝赐教!
谢谢!




图片9.jpg (5.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

图片9.jpg

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 13:29 , Processed in 0.161379 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list