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[GROMACS] cp2K运行完NPT后使用gromacs计算RDF,最终rdf没有趋向于1

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老师,我使用CP2K考虑碳化钙与溶剂之间相互作用,计算完NPT后,使用gromacs计算了晶体表面一个钙原子与溶剂氧之间的径向分布函数(图1),最终rdf没有趋向于1,这是没有平衡吗,图2是最后的能量曲线。附件1是原始pdb和最终NPT产生的文件。 CP2K.rar (7.87 MB, 下载次数 Times of downloads: 5)



                              图1


     图2

202311061100379514..png (16 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

202311061100379514..png

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发表于 Post on 2023-11-7 10:10:43 | 只看该作者 Only view this author
这种体系不建议用rdf说事,根本什么也说不清楚,不要把rdf的用处扩大化

应当诸如绘制slab表面的溶剂分子的空间分布函数、计算垂直于表面的溶剂分子的密度分布等方式讨论
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-7 12:22:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-7 10:10
这种体系不建议用rdf说事,根本什么也说不清楚,不要把rdf的用处扩大化

应当诸如绘制slab表面的溶剂分子 ...

老师请问这个使用CP2K计算呢 还是使用将CP2K文件转成Gromacs进行计算呢

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发表于 Post on 2023-11-8 10:52:33 | 只看该作者 Only view this author
jiushizhege 发表于 2023-11-7 12:22
老师请问这个使用CP2K计算呢 还是使用将CP2K文件转成Gromacs进行计算呢

空间分布函数用VMD的volmap也行,gromacs的gmx spatial也行
垂直于表面的密度分布可以自己写VMD tcl脚本统计,也可以用gromacs的gmx density
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-8 19:58:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-8 10:52
空间分布函数用VMD的volmap也行,gromacs的gmx spatial也行
垂直于表面的密度分布可以自己写VMD tcl脚本 ...

好的感谢老师

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