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[GROMACS] 求分享使用Gromacs对含有几千个原子的电解液模型跑NPT预平衡及MD产生相的mdp文件

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楼主
请问有没有大佬能分享一下使用Gromacs对含有几千个原子的电解液模型跑NPT预平衡及MD产生相两个阶段的mdp参数文件!跪谢了!这是我当前使用的mdp文件, md_NPT.heat.mdp (823 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4) md_NPT.mdp (678 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 7) ,跑出来的效果不理想,离子导较低,这是我的top文件 topol.top (4.6 KB, 下载次数 Times of downloads: 6) ,使用的“amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp”该力场

其他文件如下: em.gro (201.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) F2No4S2-.itp (4.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) Li.itp (203 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) No3-.itp (1.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) THF.itp (10.99 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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发表于 Post on 2025-11-20 12:01:17 | 只看该作者 Only view this author
力场不同参数或有不同,而且“比较好用”意义不明。
敬仰一针见血的指责,厌倦别有用心的赞美。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-20 12:09:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Wxh18130507355 于 2025-11-20 13:03 编辑
student0618 发表于 2025-11-20 12:01
力场不同参数或有不同,而且“比较好用”意义不明。

我的疏忽,不好意思哈,我重新编辑一下

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-20 12:20:03 | 只看该作者 Only view this author
student0618 发表于 2025-11-20 12:01
力场不同参数或有不同,而且“比较好用”意义不明。

您重新看一下哈

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发表于 Post on 2025-11-21 04:54:40 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “Gromacs跑两个阶段比较好用的mdp参数文件” 改了,以后务必注意
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
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发表于 Post on 2025-11-21 04:56:08 | 只看该作者 Only view this author
我就看了md_NPT.mdp,并没有任何问题。结果不理想当然要考虑力场参数、原子电荷这些直接影响相互作用描述精度的问题,哪能光盯着mdp。
网上问结果异常、模拟崩溃的人,>90%都是拓扑文件的问题,却总是以为是mdp的问题,非常奇怪。


“离子导较低” 语义不明
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-21 10:09:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-21 04:56
我就看了md_NPT.mdp,并没有任何问题。结果不理想当然要考虑力场参数、原子电荷这些直接影响相互作用描述精 ...

好滴,sob老师,我再仔细检查下

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