npt后改用P-R压浴进行md模拟，盒子剧烈振动，如何解决

Jus · 发表于 Post on 2023-11-10 16:41:15

本帖最后由 Jus 于 2023-11-11 22:04 编辑

使用gromacs进行充分的npt预平衡后，改用 parrinello-rahman压浴进行md模拟，体系盒子不停地剧烈缩放振动，不知如何解决，请求各位大佬的指点(已解决)
Tcoupl = V-rescale
tau_t = 2.0
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl = parrinello-rahman
pcoupltype = semiisotropic
tau_p = 4.0
ref_p = 0 1.01325
compressibility = 0 4.5e-5

wanzongliang · 发表于 Post on 2023-11-10 17:18:29

有可能是之前的equilibrium没有真正平衡，或者你可以改变压浴试试

Jus · 发表于 Post on 2023-11-10 19:26:19

本帖最后由 Jus 于 2023-11-11 22:04 编辑

wanzongliang 发表于 2023-11-10 17:18
有可能是之前的equilibrium没有真正平衡，或者你可以改变压浴试试

感谢你的回答。
已经跑了10ns，文本文件里说没平衡，后面续跑到13ns了，还是这样，所以我想可能不是没跑平衡的事

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-13 21:43:19

用c-rescale压浴

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[GROMACS] npt后改用P-R压浴进行md模拟，盒子剧烈振动，如何解决

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