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[CP2K] 使用cp2k计算大体系的REPEAT电荷内存不足怎么解决?

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楼主
我想使用cp2k计算含有2436个原子的MOF大体系的REPEAT电荷,结构为 MOF.cif (246.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 7) ,cp2k输入文件为 MOF_REPEAT.inp (133.97 KB, 下载次数 Times of downloads: 7) ,使用128G内存仍然无法计算,有什么解决方法吗?

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发表于 Post on 2024-10-3 01:12:09 | 只看该作者 Only view this author
把真空区弄小点,还不行就找更大内存机子,也尝试并行进程弄数少点
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-10-3 10:32:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Wenchuan 于 2024-10-3 11:42 编辑
sobereva 发表于 2024-10-3 01:12
把真空区弄小点,还不行就找更大内存机子,也尝试并行进程弄数少点

感谢解答,尝试各种方法后需要的内存还是太大,我只能减小结构。如果不减小结构采用sobtop+GROMACS模拟MOF、COF体系时可以用的快速计算原子电荷的方法:PACMAN - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)介绍的PACMAN方法感觉挺快,先用这个方法试试。

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发表于 Post on 2024-10-4 00:04:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-10-3 01:12
把真空区弄小点,还不行就找更大内存机子,也尝试并行进程弄数少点

老师,请问算振动频率显示内存不足,也是这三个解决方法吗?

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发表于 Post on 2024-10-4 00:27:32 | 只看该作者 Only view this author
HAC 发表于 2024-10-4 00:04
老师,请问算振动频率显示内存不足,也是这三个解决方法吗?

拿具体输入文件、计算资源说事
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