双自由基体系如何计算开壳单重态和闭壳单重态

lei234

目前做有关双自由基方面的计算，有一些问题和疑惑，希望能得到大家的帮助，在此谢过！（以下两个帖子已读，请不要直接甩帖！）http://sobereva.com/82 谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://bbs.keinsci.com/thread-322-1-1.html   CASSCF计算双自由基以及双自由基特征的计算


首先，看到文献上都有描述三种态，开壳单重态、闭壳单重态和三重态。普通的高斯计算能得到单重态和三重态。那么，我们得到的单重态是开壳单重态还是闭壳单重态？如下图所示，开壳单重态是指有两个自旋相反的单电子没有完全配对，闭壳单重态中没有单电子，类似醌式结构。


其次，Sob老师这篇博文中（谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态）讲的自旋极化单重态是不是在这里就是开壳单重态？如果是那如何得到闭壳单重态？那请问计算自旋极化单重态的步骤是什么？
文中说首先判断是否存在自旋极化单重态，如果RHF->UHF，就是存在。如果存在，是不是用这个命令 guess(mix,only) pop=full opt 就可以得到自旋极化单重态的能量？如果用第一种混合HOMO和LUMO的方法的话。
文中说利用片段组合波函数可以人为控制，控制什么？单电子的位置吗？那什么时候必须得用片段组合呢？是不是还是用第一种混合HOMO和LUMO的方法算出来后用Mulliken看自旋布居，如果不是我想要的就用片段组合？片段组合的步骤是什么？以下是我的理解，任何不对的地方请指示！1)准备输入文件，按照5中的例子；2）# ub3lyp/6-31g(d) guess(fragment=2)，生成片段组合波函数；3）# ub3lyp/6-31g(d) guess(read) scf=nosymm opt=stable。 这样就得到了自旋极化单重态的能量和结构。
最后又回到这个问题，这个自旋极化单重态是文献中的开壳单重态吗？那怎么得到闭壳单重态？难道用rb3lyp就是闭壳单重态，用UB3LYP就是开壳单重态？

说了这么多，我想我最应该做得第一件事就是分别用RB3LYP和UB3LYP计算有两个自由基的体系，而且多重度都是1，看看两者能量是否相同。

lei234

试了用RB3LYP和UB3LYP优化双自由基体系 ·CH2-CH2-CH2-CH2·，多重度是1，发现都变成两个CH2=CH2了... 求解

ggdh

Sob老师这篇博文中（谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态）讲的自旋极化单重态是不是在这里就是开壳单重态？
是
如果是那如何得到闭壳单重态？
不用guess=mix
那请问计算自旋极化单重态的步骤是什么？
加guess=mix,或者sob 博客中介绍的片段组合方法。算完后看S**2确认
如果存在，是不是用这个命令 guess(mix,only) pop=full opt 就可以得到自旋极化单重态的能量？
不一定，的看scf能否收敛到BS态上去
中说利用片段组合波函数可以人为控制，控制什么？单电子的位置吗？
是的
那什么时候必须得用片段组合呢？
guess=mix失败可以尝试这种。或者你明确知道单电子的分布的情况。

我想我最应该做得第一件事就是分别用RB3LYP和UB3LYP计算有两个自由基的体系，而且多重度都是1，看看两者能量是否相同
建议你用m062x 或者 camb3lyp 对于共轭的双自由基，b3lyp比较难获得bs态

lei234

ggdh 发表于 2018-5-22 14:38
Sob老师这篇博文中（谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态）讲的自旋极化单重态是不是在这里就是开壳单重态 ...

非常感谢您耐心的回复~
按照我的理解，主要看S**2的值，我检查了一下，不加guess=mix, 即闭壳单重态，S**2的值为0，就是没有单电子；三重态S**2的值为2，有两个单电子；加了guess=mix，即开壳单重态（自旋极化单重态），S**2的值为0.9776，这是不是传说中的破缺态？
另外S**2 before annihilation     0.9776,   after     0.3304，这句话有几个意思？湮灭前0.9776，湮灭后0.3304？S**2的值到底算哪个？0.9776还是0.3304？
期待您的回复...

sobereva

lei234 发表于 2018-5-23 05:52
非常感谢您耐心的回复~
按照我的理解，主要看S**2的值，我检查了一下，不加guess=mix, 即闭壳单重态，S* ...

是

一个意思。0.9776

lei234

sobereva 发表于 2018-5-23 17:42
是

一个意思。0.9776

知道了，谢谢您的回复~

zhibisuyusheng

sobereva 发表于 2018-5-23 17:42
是

一个意思。0.9776

老师您好，请问为什么我在m062x/6-31g*级别下做的计算找不到s**2的值?或者说在这个级别下怎么判断我的结果是开壳单重态呢?

zjxitcc

zhibisuyusheng 发表于 2023-2-28 11:03
老师您好，请问为什么我在m062x/6-31g*级别下做的计算找不到s**2的值?或者说在这个级别下怎么判断我的结 ...

（1）必然可找到，不信的话请上传输出文件，大家帮你找。同时也可检验你是否做了合理的计算。
（2）看<S**2>偏离0的程度；看HONO、LUNO自然轨道占据数，或算双自由基特征等多种手段结合判断。

zhibisuyusheng

zjxitcc 发表于 2023-2-28 12:49
（1）必然可找到，不信的话请上传输出文件，大家帮你找。同时也可检验你是否做了合理的计算。
（2）看偏 ...

老师您好，这是我在m062x 6-31g*下做的几何优化，应该是个闭壳层的结构，按理来说s**2不应该是0吗，但我的输出文件里找不到s**2的值是为什么？

wzkchem5

zhibisuyusheng 发表于 2023-2-28 15:37
老师您好，这是我在m062x 6-31g*下做的几何优化，应该是个闭壳层的结构，按理来说s**2不应该是0吗，但我 ...

因为你没有指定unrestricted计算，单重态体系默认做restricted计算，<S**2>必然是0，因此没有显示的必要。如果怀疑是单重态双自由基，必须显式指定做unrestricted计算，并用之前几楼说的几种方法准备自旋对称性破缺初猜

zhibisuyusheng

wzkchem5 发表于 2023-2-28 22:44
因为你没有指定unrestricted计算，单重态体系默认做restricted计算，必然是0，因此没有显示的必要。如果 ...

老师您好，感谢您的解答，我明白您说的意思了，之后我通过sob老师片段组合波函数计算自旋极化单重态的方法练习了一下双自由基的计算，我分了三步
第一步：#6-31g* em=gd3 m062x guess(fragment=2)
第二步：#6-31g* em=gd3 m062x guess=read nosymm stable=opt
第三步: #6-31g* em=gd3 m062x guess=read nosymm opt freq
我确实得到了对应的自旋极化单重态， S**2 before annihilation     1.0085,   after     0.0823
但在我想要绘制自旋密度等值面图时发现执行formchk xxx.chk时总是报错，这是我计算过程有问题才导致无法转换吗，期待您的回复

wzkchem5

zhibisuyusheng 发表于 2023-3-1 10:53
老师您好，感谢您的解答，我明白您说的意思了，之后我通过sob老师片段组合波函数计算自旋极化单重态的方 ...

但凡问报错问题，必须提供详细报错输出信息

zhibisuyusheng

wzkchem5 发表于 2023-3-1 18:02
但凡问报错问题，必须提供详细报错输出信息

这是在超算上的报错信息，只产生了0b的fchk
Read checkpoint file 3.chk
Write formatted file 3.fchk
GetFrg NYI.
Error termination via Lnk1e at Wed Mar  1 17:46:00 2023.
Segmentation fault

wzkchem5

zhibisuyusheng 发表于 2023-3-1 11:04
这是在超算上的报错信息，只产生了0b的fchk
Read checkpoint file 3.chk
Write formatted file 3.fchk
...

我感觉可能是formchk不支持片段初猜计算。试试读取这个波函数，做一个不分片段的unrestricted计算（应该一步就收敛了），再做formchk

zhibisuyusheng

wzkchem5 发表于 2023-3-1 18:26
我感觉可能是formchk不支持片段初猜计算。试试读取这个波函数，做一个不分片段的unrestricted计算（应该 ...

老师您好，您说的方法试过了，还是不行，依然会报错

Read checkpoint file 3.chk
Write formatted file 3.fchk
GetFrg NYI.
Error termination via Lnk1e at Wed Mar  1 18:42:09 2023.
Segmentation fault

输入文件
%chk=/home-ys/users/nsys_DSY/zxy/3/3.chk
%nproc=24
%mem=1GB
#6-31g* em=gd3 m062x guess=read nosymm opt freq

Title Card Required

0 1
C                 -1.28366186    4.60411310    3.10975128
H                 -0.88662223    5.33330949    3.78468250
H                 -1.33430593    3.57606799    3.40208401
C                 -1.78221248    5.03423181    1.71761437
H                 -2.82052506    5.28671752    1.77291320
C                 -0.98055090    6.25983159    1.24133305
H                  0.05776167    6.00734588    1.18603422
C                 -1.47910153    6.68995030   -0.15080386
H                 -1.87614116    5.96075391   -0.82573508
H                 -1.42845746    7.71799541   -0.44313660
H                 -1.11546929    7.06502168    1.93297309
H                 -1.64729409    4.22904172    1.02597432