Molclus调用Gaussian进行DFT计算显示不工作

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-26 14:42:14

本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 14:23 编辑

求助：通过genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具，已经成功进行的团簇结构搜索，生成xyz文件，我按照教程将genmer生成的xyz文件放在了molclus目录下。并参照5.3节，调用gaussian进行DFT计算，但多次调试模板文件以及setting文件，仍显示调用高斯错误。以下是错误提醒，我也附上了我的相关文件，希望能帮我找出错误，感谢！！Search path GAUSS_EXEDIR is "": No such file or directory
Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-26 15:32:26

GAUSS_EXEDIR环境变量设置错误，结合你计算机实际情况正确设置GAUSS_EXEDIR以后重新计算

snljty2 · 发表于 Post on 2022-9-26 17:31:25

卢老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》

[注意：如果是Windows版Gaussian，gaussian_path必须指向诸如g09.exe而不能是g09w.exe，因为后者只是前者的一个图形界面而已。另外，运行前还必须进入“控制面板”-“高级系统设置”-“高级”-“环境变量”，添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录（不是指向可执行文件名），如D:\study\g09w，否则Gaussian没法以命令行方式运行，也因此molclus将没法调用Gaussian。另外，不要用太老的G09版本，比如年代久远的G09 A.01、A.02版可能没法被molclus支持]

特意标出的红字为什么总有人看不见。隔几天就被问一次。
而且看Gaussian手册也应该知道要设置这个环境变量啊

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-26 18:50:54

snljty2 发表于 2022-9-26 17:31
卢老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》

特意标出的红字为什么总有人看不见。隔几 ...

感谢回复!!!!

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-26 18:52:02

wzkchem5 发表于 2022-9-26 15:32
GAUSS_EXEDIR环境变量设置错误，结合你计算机实际情况正确设置GAUSS_EXEDIR以后重新计算

感谢回复！！！

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-26 20:08:03

本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 09:41 编辑

snljty2 发表于 2022-9-26 17:31
卢老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》

特意标出的红字为什么总有人看不见。隔几 ...

请问一般如何设置环境变量呢，我现在使用的不是

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-27 02:56:27

自暴违法行为会被版权方盯上

怎么设置在3L截图里写得明明白白

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-28 14:23:04

本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 14:24 编辑

sobereva 发表于 2022-9-27 02:56
自暴违法行为会被版权方盯上

怎么设置在3L截图里写得明明白白

我已经在Windows环境下添加环境变量，但仍显示错误。图片在上面可见
This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-28 15:27:32

Wqhhh 发表于 2022-9-28 07:23
我已经在Windows环境下添加环境变量，但仍显示错误。图片在上面可见
This Gaussian task did not perfor ...

打开高斯的输出文件（注意不是molclus的输出文件），自己按http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html一条一条地排查错误。如果仍然不能解决问题，上传完整的高斯输出文件

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-28 15:49:27

本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 15:51 编辑

wzkchem5 发表于 2022-9-28 15:27
打开高斯的输出文件（注意不是molclus的输出文件），自己按http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html ...

检查了一下，没看出错误。麻烦老师帮忙看一下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-9-28 16:23:16

Wqhhh 发表于 2022-9-28 08:49
检查了一下，没看出错误。麻烦老师帮忙看一下

倒是没有错误信息，但是很明显计算提前停止了。检查一下stderr的输出

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-28 19:36:40

本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 19:40 编辑

这次运行后，虽然出现错误，但只算出来其中的一的，这次我调整了gs的运存大小，由2GB改为1400gb，请问失败的原因有可能是由电脑配置引起的吗？麻烦老师看一下我的环境设置是否正确。谢谢老师们！！！

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-29 05:18:05

Wqhhh 发表于 2022-9-28 19:36
这次运行后，虽然出现错误，但只算出来其中的一的，这次我调整了gs的运存大小，由2GB改为1400gb，请问失败 ...

自行单独用Gaussian执行molclus产生的gau.gjf，看是否能正常运行。
你写的是%mem=1400MB，不是你说的1400gb

Wqhhh · 发表于 Post on 2022-9-29 15:17:06

本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-29 15:26 编辑

sobereva 发表于 2022-9-29 05:18
自行单独用Gaussian执行molclus产生的gau.gjf，看是否能正常运行。
你写的是%mem=1400MB，不是你说的140 ...

老师，这是我用Gaussian单独运行的结果，仍显示未知错误而终止。

sobereva · 发表于 Post on 2022-9-30 07:55:15

Wqhhh 发表于 2022-9-29 15:17
老师，这是我用Gaussian单独运行的结果，仍显示未知错误而终止。

输出文件里没明确报错提示，没法判断
尝试换个Gaussian版本，或者用linux版Gaussian
别在配置文件里写MaxDisk=400MB

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[Molclus] Molclus调用Gaussian进行DFT计算显示不工作