关于相互作用距离如何判断

绫波レイ

首先，祝福大家中秋节快乐～

最近在做有两个反应通道的气相反应，一个是交换反应，一个是抽取反应，想分块来做相互作用区和渐进区的反应

那么，如何判断交换和抽取反应的相互作用距离呢，具体就是过来反应原子与待反应原子之间的距离，交换反应距离大概在6.2bohr，抽取反应相互作用距离大概在3.0bohr

谢谢

PS：开始尝试IRC反应物和生成物来确定距离，可是抽取反应得到的距离明显大于文献中所估计的大概距离

绫波レイ

记得卢老师说振动分析和IRC必须和优化构型所用的方法和基组一致，请问BOMD计算是否也应该一致？谢谢

sobereva

绫波レイ 发表于 2016-9-26 08:59
记得卢老师说振动分析和IRC必须和优化构型所用的方法和基组一致，请问BOMD计算是否也应该一致？谢谢

BOMD都不牵扯到做振动分析和走IRC。BOMD是动态方式研究，考虑了时间、动能，而振动分析、走IRC、找TS这属于静态方式考察反应

绫波レイ

sobereva 发表于 2016-9-26 13:35
BOMD都不牵扯到做振动分析和走IRC。BOMD是动态方式研究，考虑了时间、动能，而振动分析、走IRC、找TS这属 ...

非常感谢，也就是说BOMD可以换不一样的方法和基组，请问下相互作用的距离是依靠IRC走到反应物，生成物时分子内的距离判断吗？

sobereva

绫波レイ 发表于 2016-9-26 16:22
非常感谢，也就是说BOMD可以换不一样的方法和基组，请问下相互作用的距离是依靠IRC走到反应物，生成物时 ...

BOMD换不一样的级别，是指相对于谁的？

相互作用距离这个概念本身并不清楚，我也不好跟你说。

绫波レイ

sobereva 发表于 2016-9-26 16:38
BOMD换不一样的级别，是指相对于谁的？

相互作用距离这个概念本身并不清楚，我也不好跟你说。

1、BOMD的构型，是用高精度的方法和基组优化出来的，然后设置方法和基组，以及stepsize等，一般用的方法和基组都是低精度的，这时候不太懂怎么选择合适的低精度方法和基组，还是大概选择一下，区别不是很大？
2、以及看了您写的博文关于IOP的，和gaussian手册，都没有找到IOp(1/44=870711)、IOp(1/44=880725)、IOp(1/44=76543) 的注释
3、在跑BOMD的时候，放入反应物和生成物的结构（低精度的IRC跑出来的）会出现不收敛的情况，这时加上scf=xqc，还是会出现 RKDRVR: Truncation Error         0.9503509091D-05
         Energy Error             0.2996434341D+01
         Reduced time step (fs)   0.6881463171D-05
RKDRVR:  Integration failure!
这样的问题，暂时以为是结构找的不好，用高精的优化试一试

问题比较琐碎，谢谢啦

sobereva

绫波レイ 发表于 2016-9-26 19:39
1、BOMD的构型，是用高精度的方法和基组优化出来的，然后设置方法和基组，以及stepsize等，一般用的方法 ...

优化本身就不需要高级别，高级别优化是浪费时间，因为优化对计算级别本身就不敏感。B3LYP/6-311G**这种级别，至少对于有机体系，优化得已经足够好了。
用高级别优化的初始结构也没任何特殊好处，因为其微末的优点也根本继承不到BOMD动力学模拟中

绫波レイ

sobereva 发表于 2016-9-26 20:14
优化本身就不需要高级别，高级别优化是浪费时间，因为优化对计算级别本身就不敏感。B3LYP/6-311G**这种 ...

恩恩，谢谢卢老师，有时候出现一种情况，尝试不同优化方法和基组，得到的构型差别很大，用ump2/6-311(d,p)和ump2/6-311++(d,p)得到的构型差别很大，再把得到的构型放到uccsd(t)/avtz优化，也没有优化到相同的构型，所以不知道较低级别如何选择方法和基组

sobereva

绫波レイ 发表于 2016-9-27 17:04
恩恩，谢谢卢老师，有时候出现一种情况，尝试不同优化方法和基组，得到的构型差别很大，用ump2/6-311(d,p ...

不建议用UMP2。用诸如M062X划算得多，结果还多半情况更好。
MP2要用起码得def2-TZVP，6-311G**太小。而且若是你的体系牵扯弱相互作用，弥散是必须的。
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336

具体用什么级别最划算都得结合具体体系才能说清楚。