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[GROMACS] 求助:能量最小化mdrun报错fatal error

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第一次练习,在用gromacs/5.1.4做能量最小化时命令如下gmx_mpi mdrun -s em.tpr -o em.edr -c em.gro -rt em.log  然后出现图片中的错误,我觉得应该不是命令出现错误,网上查了一下没找到相关问题的解释,请问这是什么原因导致的?应该怎样修正比较合适?

批注 2020-03-04 210514.jpg (146.03 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

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发表于 Post on 2020-3-4 22:45:38 | 只看该作者 Only view this author
里面信息写的很明白啊...
有些版本有这个问题。
加上“-nt 物理核心数”这个参数。
还报错就增加-ntomp 6,强制每个MPI的thread下面最多6个OpenMP线程。和能量最小化还是别的什么无关,纯粹是mdrun运行控制的问题报错。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-5 09:09:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 王寓于 于 2020-3-5 09:11 编辑
snljty 发表于 2020-3-4 22:45
里面信息写的很明白啊...
有些版本有这个问题。
加上“-nt 物理核心数”这个参数。

您好,按照您的说法我调整了命令,分别加入-nt 24 和-nt 24 -ntomp 6提示有相同的报错,我根据提示的意思第三次只写了 -ntomp 6可以正常运行,但是有个NOTE,请问这个NOTE能不能直接忽略?因为不太理解openMP方面的知识,担心造成资源的浪费所以想了解的清楚一些。报错如下。

-nt 24.jpg (49.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

-nt 24

-nt 24

-nt 24 -ntomp 6.jpg (48.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

-nt 24 -ntomp 6

-nt 24 -ntomp 6

-ntomp 6.jpg (46.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 39)

-ntomp 6.jpg

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发表于 Post on 2020-3-5 09:18:57 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-5 09:09
您好,按照您的说法我调整了命令,分别加入-nt 24 和-nt 24 -ntomp 6提示有相同的报错,我根据提示的意思 ...

我忘了说了,加上-pin on您还可以用-ntmpi指定用的mpi thread数

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-5 09:52:17 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2020-3-5 09:18
我忘了说了,加上-pin on您还可以用-ntmpi指定用的mpi thread数

我大概能明白您的意思,但还是不太清楚-nt之类的该怎么写比较合适,我用的一个节点24个核,请问您能抽出一点时间帮我完整写一下-nt之类的命令吗?谢谢

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发表于 Post on 2020-3-5 12:25:42 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-5 09:52
我大概能明白您的意思,但还是不太清楚-nt之类的该怎么写比较合适,我用的一个节点24个核,请问您能抽出 ...

有多少个物理核心-nt后头就写多少
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-5 15:31:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-5 12:25
有多少个物理核心-nt后头就写多少

老师您好,我试了好多次,带上-nt 24(客服说使用的超算是一个节点24个核)就会有下图的报错,如果只写-ntomp 6 -pin on,可以正常计算但是会有Using 1 MPI process      Using 6 openMP threads字样,请问这样设置合理吗?

-nt 24.jpg (49.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

-nt 24.jpg

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发表于 Post on 2020-3-7 10:21:33 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-5 15:31
老师您好,我试了好多次,带上-nt 24(客服说使用的超算是一个节点24个核)就会有下图的报错,如果只写-nt ...

这是超算的编译有问题,没开启自带的thread-MPI。一般的人都不会编译成这种样子。

-ntomp 6只能用六核并行,显然很慢
你用-ntomp [核数]也行,但通常不如thread-MPI和OpenMP混用方式来得快
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-3-12 09:42:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-7 10:21
这是超算的编译有问题,没开启自带的thread-MPI。一般的人都不会编译成这种样子。

-ntomp 6只能用六核 ...

我查阅了相关帖子,可以在命令前加上mpirun -np X   可以使用X个MPI process,然后自动分配openMP。

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发表于 Post on 2020-3-13 04:53:54 | 只看该作者 Only view this author
王寓于 发表于 2020-3-12 09:42
我查阅了相关帖子,可以在命令前加上mpirun -np X   可以使用X个MPI process,然后自动分配openMP。

编译成了MPI版才可以这样用
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发表于 Post on 2023-11-22 09:42:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-3-13 04:53
编译成了MPI版才可以这样用

请问在单个节点下进行多核并行运算时,也需要使用编译成MPI版的吗?

服务器上提交使用多个核,运行结果显示:
Using 1 MPI process
Using 128 OpenMP threads

在mdrun中指定-nt 8,也报了如下错误
Setting the total number of threads is only supported with thread-MPI and
GROMACS was compiled without thread-MPI

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发表于 Post on 2023-11-22 19:19:39 | 只看该作者 Only view this author
zc_charles_li 发表于 2023-11-22 09:42
请问在单个节点下进行多核并行运算时,也需要使用编译成MPI版的吗?

服务器上提交使用多个核,运行结 ...

单机并行绝对别用MPI版,自找麻烦
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发表于 Post on 2023-11-23 08:46:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-22 19:19
单机并行绝对别用MPI版,自找麻烦

使用单节点,128个核的服务器,提交使用1、4、16个核的计算情况都是using 1 MPI process,计算效率几乎一样。这是不是安装的时候并行没弄好,没有开启自带的thread-MPI

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发表于 Post on 2023-11-24 01:55:41 | 只看该作者 Only view this author
zc_charles_li 发表于 2023-11-23 08:46
使用单节点,128个核的服务器,提交使用1、4、16个核的计算情况都是using 1 MPI process,计算效率几乎一 ...

重新编译一遍,别带着MPI
怎么装下文说了
GROMACS的安装方法(含全程视频演示)
http://sobereva.com/457http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html

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