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[GROMACS] 非标准残基初始文件处理问题

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我想使用图中sticks形式的结构作为非标准残基,于是我用Gaussian创建了残基和小分子之间的共价键并进行优化
但是我的pdb中小分子是不能形成共价键的,是否有必要先进行共价对接,这样的结构能否作为gromacs的输入结构呢?

我实际尝试了下,在进行能量最小化时报错

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发表于 Post on 2023-11-29 02:20:58 | 只看该作者 Only view this author
你既然已知小分子和蛋白质不能形成共价键,还做共价对接做什么
把小分子当做普通配体就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-29 20:39:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-29 02:20
你既然已知小分子和蛋白质不能形成共价键,还做共价对接做什么
把小分子当做普通配体就完了

不是不能,是我的pdb文件不能,现实里是可以的

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