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[GROMACS] 蛋白质上氨基酸位点突变问题

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请问老师们,我想突变蛋白质pdb文件上的某个氨基酸成别的氨基酸,然后用于gromacs模拟,我现在了解到Pymol, Chimera都可以用于突变,请问用哪个方法更合适一些呢?谢谢老师们

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发表于 Post on 2021-3-10 16:38:25 | 只看该作者 Only view this author
SCWRL4  EvoEF2 FASPR Foldx 等都可以一个命令定点突变,推荐EvoEF2

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发表于 Post on 2021-3-11 01:57:12 | 只看该作者 Only view this author
用WHAT IF服务器,都省得装程序了
https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/index.html

用里面的mutation prediction - Mutate a residue

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发表于 Post on 2021-5-3 15:41:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-11 01:57
用WHAT IF服务器,都省得装程序了
https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/index.html

老师,我按照您的步骤,操作完之后,对比两个pdb文件,发现并没有什么变化啊

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发表于 Post on 2021-5-3 21:46:51 | 只看该作者 Only view this author
xking 发表于 2021-5-3 15:41
老师,我按照您的步骤,操作完之后,对比两个pdb文件,发现并没有什么变化啊

肯定是你弄错了
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发表于 Post on 2021-5-4 23:12:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xking 于 2021-5-4 23:16 编辑
sobereva 发表于 2021-5-3 21:46
肯定是你弄错了

file:///C:/Users/py/Desktop/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE%202021-05-04%20230626.png[img]file:///C:/Users/py/Desktop/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE%202021-05-04%20230659.pngfile:///C:/Users/py/Desktop/%E5%B1%8F%E5%B9%95%E6%88%AA%E5%9B%BE%202021-05-04%20230929.png[/img]
老师,您看这210号残基

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发表于 Post on 2023-8-10 21:00:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 songsong.. 于 2023-8-10 21:04 编辑

我也是遇到这个问题,请问楼主解决了吗,我也是遇到用pymol突变,导出但是文件跟没有突变一摸一样,但是再打开pymol序列显示却是突变完的。

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发表于 Post on 2023-9-29 00:35:11 | 只看该作者 Only view this author
songsong.. 发表于 2023-8-10 21:00
我也是遇到这个问题,请问楼主解决了吗,我也是遇到用pymol突变,导出但是文件跟没有突变一摸一样,但是再 ...

pymol突变不能显示侧链变化吧,只有sticks显示的时候才会有变化
P.S. 建议用DS做突变,出图效果也比pymol好多了

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发表于 Post on 2023-11-28 10:28:04 | 只看该作者 Only view this author
Louisa 发表于 2023-9-29 00:35
pymol突变不能显示侧链变化吧,只有sticks显示的时候才会有变化
P.S. 建议用DS做突变,出图效果也比pymo ...

好嘞 十分感谢

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