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[粗粒化/DPD] 求助,粗粒化模拟的轨迹看起来奇怪

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楼主
刚接触粗粒化,跑了一个50ns的纯蛋白+水的粗粒化模拟,轨迹看起来很怪,开始没多久(1ns左右)体系就变得非常“稳定”,所有粒子都只在很近的距离内震荡
麻烦各位大神帮忙看看是怎么回事,我把轨迹的录像(前几秒,后面都是稳定的状态)和过程的笔记都传上来了
cgtraj.mkv (8.25 MB, 下载次数 Times of downloads: 46)
martini粗粒化md流程.docx (19.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-24 17:57:23 | 只看该作者 Only view this author
搜了一圈,这个现象就是下面提到的“结冰”吗
http://www.cgmartini.nl/index.php/faq
打算换极性水模型再试试

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发表于 Post on 2023-11-25 05:03:54 | 只看该作者 Only view this author
bdx 发表于 2023-11-24 17:57
搜了一圈,这个现象就是下面提到的“结冰”吗
http://www.cgmartini.nl/index.php/faq
打算换极性水模型 ...

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发表于 Post on 2023-11-26 01:34:18 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
试试martini3?已经解决了水珠子结冰的问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 09:40:19 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-26 09:41:27 | 只看该作者 Only view this author
zdworld 发表于 2023-11-26 01:34
试试martini3?已经解决了水珠子结冰的问题

一开始是想用3的,但是有的报错一时解决不了,然后领导又在屁股后面催着要结果,只能还是用2了

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