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[GROMACS] NPT平衡出错

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本帖最后由 Soulmate 于 2023-11-22 15:47 编辑

大家好,想请教大家一个问题:
我在进行NPT平衡时,采用的时如下命令:

        gmx grompp -f md_heat_NPT.mdp -c em.gro -r em.gro -p topol.top -o npt.tpr

输出结果如下图:



     然后输入命令 gmx mdrun -deffnm npt,结果如下图:


     
但是,工作目录没有NPT.gro文件生成,只有如下文件生成:


     
且,我输入gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg,查看生成的pressure.xvg文件,压力平衡图如下图所示:



   
请教一下大家,为什么我没有得到NPT.gro文件,且压力平衡图为什么这么奇怪呢?

    我的md_heat_NPT.mdp相信信息如下:






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2#
发表于 Post on 2023-11-24 06:52:21 | 只看该作者 Only view this author
不要让windows隐藏文件后缀,搞清楚那个叫npt的文本文档是什么东西
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 15:58:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-24 06:52
不要让windows隐藏文件后缀,搞清楚那个叫npt的文本文档是什么东西

好的,谢谢社长,重新跑了一下,又生成了,感觉很奇怪

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