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[其它程序] openbabel将化合物的2D结构生成3D结构出错

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楼主
各位老师,请教一下,我要将化合物的2D结构(含有1000多个化合物)转变为3D结构(命令如下)时,出现如下错误,请问怎么回事?谢谢!

(openbabel) PS E:\> obabel XXX.sdf -O XXX.sdf --gen3d
==============================
*** Open Babel Error  in OpenBabel::OBBuilder::GetFragmentCoord
  Rigid fragment c1cccnc1 in rigid-fragments.txt has all zero coordinates.
(openbabel) PS E:\>

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发表于 Post on 2024-5-21 02:26:20 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-21 15:40:03 | 只看该作者 Only view this author

好的,已上传。

input.sdf

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发表于 Post on 2024-5-22 05:58:32 | 只看该作者 Only view this author

你的命令首先就不对,输入和输出文件名显然不能相同

把sdf里的SMILES字符串提取出来,让openbabel根据SMILES去产生立体结构

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charmm36 + 5 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-22 11:05:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-22 05:58
你的命令首先就不对,输入和输出文件名显然不能相同

把sdf里的SMILES字符串提取出来,让openbabel根据 ...

实际运行时,两个XXX不一样,因此命令应该没问题。对了,请教一下,如何把sdf的SMILES字符串提取出来呢?另外,为何不能直接由sdf文件生成呢?谢谢!

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发表于 Post on 2024-5-23 04:34:52 | 只看该作者 Only view this author
charmm36 发表于 2024-5-22 11:05
实际运行时,两个XXX不一样,因此命令应该没问题。对了,请教一下,如何把sdf的SMILES字符串提取出来呢? ...

用grep、awk之类或者自己写程序提取
sdf文件里的坐标很怪

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charmm36 + 5 谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-23 16:39:28 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-23 04:34
用grep、awk之类或者自己写程序提取
sdf文件里的坐标很怪

呀,程序不会呢!对了,提取smiles字符和直接将SDF格式转换为smiles有区别吗?此外,--gen3d得到的坐标可需要进一步用gaff力场优化?谢谢!

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