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[GROMACS] 求助:能量最小化后小分子中的键发生错配

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各位老师好,我有两个多酚与金属离子形成配合物,使用Gaussian做了优化加振动分析,并使用sobtop生成了GAFF力场下的.itp文件。在用Gromacs进行MD模拟过程中,在能量最小化之后,出现以下提示。查看能量最小化后的结构,发现分子上的键发生了错配,如红框所示,羟基与羰基上的O连在了一起,麻烦各位老师帮忙分析一下出错的原因,不胜感激

after-em.png (52.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

em之后的结构

em之后的结构

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em之前的结构

em之前的结构

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能量最小化报错

能量最小化报错

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发表于 Post on 2023-12-14 13:24:09 | 只看该作者 Only view this author
确保结构文件的原子顺序和拓扑文件对应关系没错,并且自行检查羟基部分相关参数试图弄清楚原因
排查方式和思路在http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8说了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-14 13:44:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-14 13:24
确保结构文件的原子顺序和拓扑文件对应关系没错,并且自行检查羟基部分相关参数试图弄清楚原因
排查方式和 ...

谢谢sob老师,我按照您提供的方法排查一下问题

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