求助“凝结工况时，MDP内步长设置与体系化学键振动频率的关系”

LWM

各位前辈，我在做H2的凝结工况时，
1. mdp内的原始设置 “dt=0.01” ，但会出现提醒：“The bond in molecule-type 19PD between atoms 1 H2 and 2 H1 has an
  estimated oscillational period of 7.5e-03 ps, which is less than 10 times the time step of 1.0e-03 ps.”  忽略该提醒，体系也能正常运行，但文献中提到“对于分子模拟，步长应小于体系中振动频率最高的键的往复周期的10%”，那我是否有必要调整 “dt=0.00075” 呢？2. 采用Parrinello-Rahman控压能得到很好的平均压力，但其压力波动较berendsen大，所以在之后的凝结工况完成后统计体系的压力随时间变化时初始的压力并不是上一步NPT系综所设置的压力，而仅采用berendsen控压的体系，在这一块就比较好，那么在做凝结时能否仅使用berendsen控压？（自己看的文献都采用Parrinello-Rahman控压）
附上压力的统计数据:

sobereva

H2如果用刚性模型就没这个问题，步长0.00075 fs太昂贵了

可以尝试调整tau-p。也可以用c-rescale控压，没PR压浴的破毛病、更普适，比Berendsen压浴原理更理想

LWM

sobereva 发表于 2023-12-5 01:53
H2如果用刚性模型就没这个问题，步长0.00075 fs太昂贵了

可以尝试调整tau-p。也可以用c-rescale控压，没 ...

好的，谢谢卢老师