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[GROMACS] gmx跑完蛋白配体复合物的模拟后生成的RMSD值,小分子的Y值波动空间和复合物的不一致

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请问各位老师,我用gromacs2018跑了一个蛋白-配体复合物的模拟,模拟结束后生成RMSD,蛋白与复合物的RMSD较为吻合,但是配体的差异较大,请问这样正常吗?

charmm36力场,小分子配体力场文件由CGenFF生成,
模拟100ns后输入分析代码:
gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10.xtc -o md_0_10_center.xtc -center -pbc mol -ur compact
gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o rmsd.xvg -tu ns

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发表于 Post on 2023-12-1 06:32:24 | 只看该作者 Only view this author
语义不明
什么叫差异较大,跟什么比差异较大,完全不知道在说什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-1 14:41:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-1 06:32
语义不明
什么叫差异较大,跟什么比差异较大,完全不知道在说什么

不好意思sob老师,是我表述的不清楚。蛋白与配体的动力学模拟完后,我发现复合物和蛋白的RMSD在2.75附近波动,且波动频率基本吻合。但是小分子配体的RMSD在0.25附近波动,请问这样的现象是正常的吗?谢谢sob老师的回复!

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发表于 Post on 2023-12-2 11:07:13 | 只看该作者 Only view this author
Ribes 发表于 2023-12-1 14:41
不好意思sob老师,是我表述的不清楚。蛋白与配体的动力学模拟完后,我发现复合物和蛋白的RMSD在2.75附近 ...

本来蛋白质-配体复合物绝大多数原子就是蛋白质的原子,显然蛋白质和复合物的RMSD曲线相似度必然很高。配体和复合物的特征差异就大了去了

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-2 14:17:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-2 11:07
本来蛋白质-配体复合物绝大多数原子就是蛋白质的原子,显然蛋白质和复合物的RMSD曲线相似度必然很高。配 ...

明白了,谢谢sob老师的耐心解答!

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