计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1213|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 萘物性模拟时,平衡相模拟正常结束,但产生相模拟出错

[复制链接 Copy URL]

12

帖子

0

威望

67

eV
积分
79

Level 2 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
老师,我用sobtop+RESP2得到萘的top文件,在gromacs计算时平衡相模拟正常结束并达到平衡,产生相模拟很快结束但结果有问题。下面是平衡相和产生相的密度-时间的图,ChemicalBook上查阅萘的密度为990kg/m3。上传了相关文件,请老师帮忙看看,上个月参加培训才开始接触gmx,实在是找不到出错原因在哪

平衡相.png (19.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

平衡相

平衡相

产生相.png (17.12 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

产生相

产生相

em.mdp

390 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

eq.mdp

777 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

nap.itp

14.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

nap.top

335 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1

prod.mdp

683 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-12-1 23:06:05 | 只看该作者 Only view this author
没结构文件,没法完整检查
VMD里仔细看轨迹,显示出盒子,看盒子怎么变化的

产生相继续用berendsen,看是什么情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

67

eV
积分
79

Level 2 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-3 20:44:03 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yilan 于 2023-12-3 20:46 编辑

这是轨迹文件

prod.xtc

3.91 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

轨迹文件

12

帖子

0

威望

67

eV
积分
79

Level 2 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-3 20:45:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-1 23:06
没结构文件,没法完整检查
VMD里仔细看轨迹,显示出盒子,看盒子怎么变化的


老师,在你的建议下,我又做了一些小分子的动力学模拟,top文件用sobtop+RESP2生成。在计算无苯环物质(乙二醇、丙三醇)的物性时,产生相用parrinello-rahman,gmx正常结束;但计算带苯环物质(甲苯、萘、吲哚)的物性时,产生相用parrinello-rahman,gmx不能正常结束,而用Berendsen,gmx能正常结束。用VMD查看parrinello-rahman时的结构和轨迹,发现分子都散了且盒子先从小变大后又变小,这是什么原因啊?结构文件太大上传不了,故上传了轨迹文件看盒子的变化。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

5#
发表于 Post on 2023-12-4 02:54:08 | 只看该作者 Only view this author

对应的结构文件都没有,光传个xtc别人根本没法看轨迹
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125189

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-12-4 02:54:40 | 只看该作者 Only view this author
yilan 发表于 2023-12-3 20:45
老师,在你的建议下,我又做了一些小分子的动力学模拟,top文件用sobtop+RESP2生成。在计算无苯环物质 ...

既然Berendsen没问题就一直用Berendsen。或者用c-rescale,对平衡相和产生相都能用,都免得切换压浴。PR压浴有时候就是表现得很恶心
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

12

帖子

0

威望

67

eV
积分
79

Level 2 能力者

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-4 09:04:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-4 02:54
既然Berendsen没问题就一直用Berendsen。或者用c-rescale,对平衡相和产生相都能用,都免得切换压浴。PR ...

嗯嗯,好。谢谢老师解答。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-26 07:36 , Processed in 0.168794 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list