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想要利用RDKit读取Gaussian的out文件之后从分子结构中提取所有的分子描述符，现在用了下面的代码之后，显示[size=13.0667px][21:13:29] Cannot convert ' De' to unsigned int on line 4Failed to read molecule structure from the Gaussian output file.[size=13.0667px]初步猜测可能是RDKit的函数选择的不正确（可能是由于输出文件的信息太多，因为这个函数读取的文件格式和out文件格式不太一样）（因为out文件gauss view和multiwfn都可以正确的显示分子），不知道有没有大佬做过类似的任务，有没有别的解决方法？代码中只显示了部分要提取的分子性质from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Descriptors
from rdkit.Chem import AllChem
# 读取 Gaussian out 文件
with open('D:\\int-out\\1a.out', 'r') as file:
content = file.read()
# 使用 RDKit 读取分子结构
molecule = Chem.MolFromMolFile('D:\\int-out\\1a.log')
# 计算分子的一般性质
if molecule:
# 计算分子的LogP
mol_logp = Descriptors.MolLogP(molecule)
print(f'Molecular LogP: {mol_logp}')
# 计算分子的总电荷
mol_charge = AllChem.GetFormalCharge(molecule)
print(f'Total Charge: {mol_charge}')
else:
print('Failed to read molecule structure from the Gaussian output file.')
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发表于 Post on 2023-12-3 21:17:28
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楼主 Author