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[综合交流] 求助:关于用BOMD模块定性分析质谱

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本帖最后由 gezq 于 2025-6-12 12:58 编辑

各位老师,我测了一个有机物的质谱,发现有一些气体产生,如果我想定性分析一下这个质谱结果,能不能按照如下方法:
1st step:先用BOMD模块在500K下让中性分子M跑10 ps(步长0.25 fs),然后根据特定间隔,选择10个构象
2nd step:让上述10个构象,电离HOMO轨道的一个电子,得到10个M+离子
3rd step:让上一步的M+离子,升温至10000K(根据公式 Tel = 20000×ax +5000,ax为0.25)进一步用BOMD计算,看一下裂解的产物


PS:按照sob老师的课件教程,一个体系跑几千个,实在是顶不住,只想定性分析一下,上述AIMD过程均在PBE0泛函下进行



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发表于 Post on 2025-6-12 05:12:07 | 只看该作者 Only view this author
说清楚确定温度的公式是哪来的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-12 11:16:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-12 05:12
说清楚确定温度的公式是哪来的

好的,老师,温度的公式来源于文献 Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 6306–6312的SI部分,如上图
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发表于 Post on 2025-6-13 02:45:41 | 只看该作者 Only view this author
gezq 发表于 2025-6-12 11:16
好的,老师,温度的公式来源于文献 Angew. Chem. Int. Ed. 2013, 52, 6306–6312的SI部分,如上图

可以。可以先这么跑跑看看情况
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-13 11:41:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-13 02:45
可以。可以先这么跑跑看看情况

好的,谢谢老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-14 02:10:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gezq 于 2025-6-14 02:12 编辑
sobereva 发表于 2025-6-13 02:45
可以。可以先这么跑跑看看情况

老师,再麻烦您帮学生确定一下,我用BOMD模块设置的关键词是正确的吧。其中核的温度是500K,电子温度是10000K,使用FON以解决SCF不收敛的问题。我看了下,高级班的课件里面也没有这个,不知道将来会不会增加这部分内容

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发表于 Post on 2025-6-14 04:42:33 | 只看该作者 Only view this author
gezq 发表于 2025-6-14 02:10
老师,再麻烦您帮学生确定一下,我用BOMD模块设置的关键词是正确的吧。其中核的温度是500K,电子温度是10 ...

根本没有这种写法
temperature(你当前的temp=)关键词对BOMD计算没有丝毫影响,而且也不影响SCF=Fermi的效果。Gaussian没法做基于有限(电子)温度DFT的BOMD计算
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-14 21:24:46 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gezq 于 2025-6-15 00:08 编辑
sobereva 发表于 2025-6-14 04:42
根本没有这种写法
temperature(你当前的temp=)关键词对BOMD计算没有丝毫影响,而且也不影响SCF=Fermi ...

我又阅读了一下这篇Angew,Grimme的意思是说,电子与有机分子相互作用后,会有一部分过剩能量(impact excess energy,IEE),这个过剩的能量中一部分使电子激发,另一部分转换成振动能,其中电子从激发态转换至基态后,电子的温度可以等效为10000K(PBE0泛函),而核的等效温度则通过另一方程近似得到,但核的等效温度是远低于电子的等效温度的,我大约计算了一下,约1600K。基于此,想请教老师几个问题:(1)我的理解是否有偏差?(2)Gaussian是否支持FON技术?(3)上述BOMD中的rtemp具体指的应该是核的温度吧?(4)在我仅会Gaussian的BOMD模块计算的情况下,我应当如何选择合适的温度?(5)或者,我能不能这样来计算,即:我在升温核等效温度的同时,让电子保持在激发态,这样就避免了引入电子的等效温度,即只考虑振动激发态的内转换,却选择性不考虑电子内转换(此处应当需要计算激发态的寿命)。
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gezq 发表于 2025-6-14 21:24
我又阅读了一下这篇Angew,Grimme的意思是说,电子与有机分子相互作用后,会有一部分过剩能量(impact ex ...

1 无
2 不支持
3 核的温度
4 北京科音高级量子化学培训班(http://www.keinsci.com/KAQC)“从头算分子动力学”部分超级详细讲了怎么用ORCA做AIMD,没必要拘泥于Gaussian。本来就算不牵扯FON的事,我也更推荐用ORCA跑AIMD
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sobereva 发表于 2025-6-15 05:14
1 无
2 不支持
3 核的温度

好的老师。那请问能不能用这么一个方法,即我考虑该分子发生内转换,S1态内转换回基态的能量转换成核的动能,然后根据核动能和温度的关系T=2K/KB(3N-Nc),得到一个温度,再加上质谱模拟中初始的温度500K,得到AIMD模拟的核的初始温度,再进行动力学计算(按照甲醛的光解离那个思路,只不过不用过渡态结构)


188-实例3 甲醛的光解离.png (122.33 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

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发表于 Post on 2025-6-17 06:26:37 | 只看该作者 Only view this author
gezq 发表于 2025-6-16 16:36
好的老师。那请问能不能用这么一个方法,即我考虑该分子发生内转换,S1态内转换回基态的能量转换成核的动 ...

直接在ORCA里设电子温度跑动力学就完了。没必要这样。被被人质疑起来也没文献支撑
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-17 10:56:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 gezq 于 2025-6-17 11:15 编辑
sobereva 发表于 2025-6-17 06:26
直接在ORCA里设电子温度跑动力学就完了。没必要这样。被被人质疑起来也没文献支撑

老师,是这么一个情况,之所以反复折腾,是因为我的入射电子能量并不是70 eV,只是模仿质谱的思路来做。Grimme的paper中电子温度的设定只与泛函有关,且电子温度的设定似乎只是为了用FON技术解决SCF不收敛的问题,他那个核真正的动能应该就是过剩能量IEE分配的0.6 eV/原子(预设值,也是一个经验值)。Grimme的意思应该是用缓慢升温代替这个内转换过程(模拟升温的时间尺度在0.3-5 ps内,模拟内转换这一真实过程,如下图),直到核的动能达到预设值,即目标温度(等效过程)。我上述那个方法真正的问题,应该是出在了设定预设温度,没有体现缓慢升温,使得分子过早地解离。

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