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[GROMACS] 跑完动力学的结果很奇怪,XTC文件特别大,并且得出的RMSD结果非常稳定

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动力学模拟完成后,生成的XTC文件特别大,大概有二十多G,并且得出的RMSD结果非常稳定,不知道是什么原因

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发表于 Post on 2023-12-5 15:26:02 | 只看该作者 Only view this author
认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 16:04:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiaoyana 于 2023-12-5 16:07 编辑
sobereva 发表于 2023-12-5 15:26
认真看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/ ...

动力学模拟完成后,生成的XTC文件特别大,就是普通的蛋白和配体对接后的复合物来跑的动力学,蛋白质的氨基酸残基大概六百多个,模拟过程中盒子大小设定的也是1.0,相同条件下之前生成的XTC文件一般是只有3G左右,然后现在跑出来大概有20G,就非常夸张,得出的RMSD结果也是非常稳定,不止一次出现这种情况,跑了两个蛋白复合物都是这样的,就得很奇怪,不知道是什么原因

屏幕截图 2023-12-05 153154.png (60.8 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

RMSD太稳定了

RMSD太稳定了

微信图片_20231205153343.jpg (266.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

XTC文件太大了

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发表于 Post on 2023-12-6 07:07:42 | 只看该作者 Only view this author
xiaoyana 发表于 2023-12-5 16:04
动力学模拟完成后,生成的XTC文件特别大,就是普通的蛋白和配体对接后的复合物来跑的动力学,蛋白质的氨 ...

原子数多、帧数多,轨迹文件自然会大。不会无缘无故地大

解释清楚曲线颜色的含义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-6 09:23:02 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢sobereva老师

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