多肽成胶模拟讨论

18217265596 · 发表于 Post on 2024-10-11 14:47:43

本帖最后由 18217265596 于 2024-10-12 11:16 编辑

这个问题可能听起来有点抽象
是这样的，我在做一个模拟，我的肽会发生自组装交联，表现为整个溶液会变成一团胶
模拟过程中的确能观察到这个现象，在一个水盒子里放like 16个肽，模拟过程中它们会自发交联成团，并且在水盒子的前后左右交联成一个平面

问题在于：水盒子的体积相对肽的数量较大，上下两层水盒子中交联成面的肽之间的距离太大，导致它们偶尔能发生一定的相互作用但没法在上下完整地连起来

因此我希望在移去一部分水之后（原则上应该出现一部分真空）然后npt，这个盒子就应该被压缩来实现我的上下两层之间的肽发生互作，即一个水盒子的顶部和它的底部互作

这样的思路和实现是合理的吗？

18217265596 · 发表于 Post on 2024-10-11 14:54:49

本帖最后由 18217265596 于 2024-10-12 11:17 编辑

好像vmd没法移除一半随机水我写个python脚本也行

更新：现在写了个脚本随机移除了20%的水先npt跑跑看

现在跑起来是行的准备晚点看看文献

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[Amber] 多肽成胶模拟讨论

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