在用gromacs进行pull操作遇到报错

姜酱将

下面是我建立的一个模型文件，想实现的功能是固定下方的石墨烯板，给上方式加一定大小的力以模拟一定压强下的乙烷的压缩过程。盒子的长度为15nm，上下石墨烯的距离为6nm，跑em时没有出现任何报错和note，但是在跑pull过程时出现了报错。拉伸方式为constant force，以下为我的pull部分代码，有几个问题想请各位老师指点。
（1）各种拉伸方式的区别是什么？我看大部分的pull过程都使用的umbrella，目前没看过用constant force的pull代码，下面的代码是我自己改的，不知道有没有出错？（可以的话想求一份用constant force的pull过程代码）
（2）在运行的过程中出现了这样的一个报错：  Pull group 1 has atoms at a distance larger than 0.9 times half the box size from the PBC atom (4459). If atoms are or will more beyond half the box size from the PBC atom, the COM will be ill defined。按照提示我扩大了盒子的z向尺寸，由15nm变为了30nm，但是依旧是出现了这样的一个报错。所以说导致这个报错的原因好像不是因为盒子的尺寸？请教一下导致报错的原因（不排除是我的pull代码的错误）
（3）在拉伸方式为constant force的时候，是不是只用定义一个pull-coords1-k就行，那么pull-coords1-kB要不要定义？

姜酱将

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Graphite

这种情况下COM Pulling意义不大，还不如正常一个纯乙烷盒子，各向异性控压。

姜酱将

Graphite 发表于 2023-12-7 19:54
这种情况下COM Pulling意义不大，还不如正常一个纯乙烷盒子，各向异性控压。

我是想实现用这样的案例实现一下pull过程，并不是需要做相关的工作的，但是碰到了这样的问题

Frozen-Penguin

虽然你的拉力只沿Z方向，但是计算拉力用到的距离信息在XYZ方向上计算的，所以只在Z方向扩大盒子无法解决报错，加上pull-coord1-dim = N N Y，这样就不会计算XY方向的距离

姜酱将

Frozen-Penguin 发表于 2023-12-8 13:17
虽然你的拉力只沿Z方向，但是计算拉力用到的距离信息在XYZ方向上计算的，所以只在Z方向扩大盒子无法解决报 ...

多谢，我加了这个之后就不会出现这个报错了