求助-关于蛋白质聚合物共价结合体与底物结合后的催化速率是否会增加？

YuniJ · 发表于 Post on 2023-12-8 16:36:01

本帖最后由 YuniJ 于 2023-12-13 16:50 编辑

研究问题：经过peg（聚乙二醇）修饰后的OPH（蛋白酶）与底物（对氧磷）结合后的催化速率是增加还是降低？
思路：把经过peg修饰后的OPH与底物结合的模拟结果与未经过修饰的OPH在相同条件下与底物结合的模拟结果进行对比
现有结构：聚合度为207的PEG结构（附件1，由薛定谔分子对接软件产生）、OPH单亚基的三维结构（附件2）、对氧磷（附件3，底物）
现有问题：
（1）没有PEG与OPH结合的结合体结构
（2）不知道该选择什么样的力场去产生PEG-OPH结合体、对氧磷的拓扑结构
（3）如果解决了以上两个问题，力场参数该怎么选择？可以使用课程资料中file目录下的默认参数文件吗？（如附件4中的em.mdp）

YuniJ · 发表于 Post on 2023-12-8 17:15:44

补充：OPH是蛋白酶，PEG是聚乙二醇，底物是对氧磷

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-8 18:13:24

YuniJ 发表于 2023-12-8 17:15
补充：OPH是蛋白酶，PEG是聚乙二醇，底物是对氧磷

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

sobereva · 发表于 Post on 2023-12-8 20:38:23

先明确研究什么问题。如果研究的是标题说的催化反应，GROMACS根本做不到，讨论怎么构建结构、拓扑文件都没意义

"文件中的默认参数" 没人知道你说的是什么。仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

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