MGLTools 的 prepare_ligand4.py将小分子批量转为pdbqt格式，转出来特别奇怪...

rina_gamesh · 发表于 Post on 2023-12-14 18:57:00

向各位大佬们求助

用MGLTools 的 prepare_ligand4.py将小分子批量转为pdbqt格式，结果转出来了特别奇怪的东西。。。在另一篇帖子里看到sob老师说“结构明显违背基本常识，把立体结构完全当成了二维描述”。而我初始拿到的结构确实是sdf格式的，也都是二维的，是因为这个原因吗

那又该怎么解决呢

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-14 22:18:42

用openbabel转成3d结构

rina_gamesh · 发表于 Post on 2023-12-15 10:10:55

slxc920113 发表于 2023-12-14 22:18
用openbabel转成3d结构

感谢大佬的回复！那是直接使用gen3D转就可以了吗，还是需要进行一些其他的更精细一点的操作？

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[分子对接] MGLTools 的 prepare_ligand4.py将小分子批量转为pdbqt格式，转出来特别奇怪...