vmd蛋白与多糖结合体系的显示问题请教

呆瓜

各位老师好，我在采用gromacs模拟了蛋白与多糖结合，采用vmd可视化蛋白与多糖的结合，作图方法coloring method 为secondary structure、drawing method为new cartoon。但是无法识别蛋白质二级结构信息，如下图所示：


之后，我把这个结构中的蛋白质结构提取出来，虽然可以识别二级结构，但是识别的存在很大问题，如下图所示：


但是之前跑相同蛋白模拟的时候，蛋白质显示正常，如下图所示：

想请教以下各位老师这个问题主要是出自哪里呢

蛋白多糖结合后是pro-amy.pdb，单独提取出来蛋白是pro.pdb，正常的可以识别的是normal.gro。

student0618

图片没贴出来。

呆瓜

student0618 发表于 2026-1-13 22:41
图片没贴出来。

好的，谢谢您，我已进行补充

sobereva

结构文件里蛋白质和多糖相接处可能有异常。不给出结构文件别人没法确切判断

呆瓜

sobereva 发表于 2026-1-14 05:37
结构文件里蛋白质和多糖相接处可能有异常。不给出结构文件别人没法确切判断

谢谢卢老师回复，我已添加附件

sobereva

多糖和蛋白质被视为整体时没法正确判断二级结构
可以把蛋白质和多糖用trjconv结合索引文件分割成两个轨迹单独载入到各自的gro对应的ID里

呆瓜

sobereva 发表于 2026-1-15 00:18
多糖和蛋白质被视为整体时没法正确判断二级结构
可以把蛋白质和多糖用trjconv结合索引文件分割成两个轨迹 ...

谢谢卢老师指导，我这个显示只是用最后一帧gro文件作图，没有涉及轨迹，刚试了一下轨迹也没区别。我第二张图就是把第一张图蛋白多糖中的蛋白质单独提取出一个pdb进行展示，其二级结构可以虽然显示但不正常，和第三张图正常的相差甚远。