计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 356|回复 Reply: 9
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] gromacs跑完md后提取MSD计算出来的锂离子电导率很低

[复制链接 Copy URL]

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
sob老师及各位大佬好,我现在对常温(298.15k)电解液模型跑完md后,处理数据发现离子电导率很低,大概最多也就一点多乘十的负三次方S/cm,一直在重复的修改mdp参数跑md,卡在这里有一两个月了,始终排查不出问题,恳请各位大佬帮忙看一看是哪里不对,其中我在两处地方有些疑惑:

1.我的溶剂分子及锂盐都是使用的GAFF力场,主top文件里面使用的是amber99sb-ildn.ff/forcefield.itp力场可以吗,还有就是我不确定我找的这个锂离子的itp文件是否正确,是否有大佬可以提供一下正确的Li.itp!并且在主top的atomtypes里面没有包括锂离子,不知道是否合适,我没有理解一些大佬说的“正确直接引用ions.itp即可”是如何操作的



2.我不明白在gmx grompp过后出现的一连串下述字符, “由于截断方案是velvet从而移除所有电荷组,包括Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'THP',Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'F2No4S2-',Excluding 1 bonded neighbours molecule type 'Li',Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'No3-'  ” 是什么意思,这个是否对我的结果影响很大?

2255THF.itp (11.9 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) F2No4S2-.itp (4.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) Li.itp (217 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5) md_heat_NPT.mdp (789 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 4) md_NPT.mdp (681 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 1) No3-.itp (1.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 1) topol.top (4.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

2#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-12 13:31:32 | 只看该作者 Only view this author
还有一点想请问的是,各位大佬有没有更适合对电解液模型跑NPT预平衡及NVT产生相的两个MDP参数文件,可以分享一下吗!

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2025-11-12 13:36:14 | 只看该作者 Only view this author
ions.itp就在力场目录下
如果参加过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX),看里面蛋白质模拟例子中Na是怎么引入的
模拟电解液用的mdp和模拟水盒子的并没有任何区别
那些提示体现了[moleculetype]里nrexcl的设置,搞清楚这个设置是干嘛的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-12 14:09:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-12 13:36
ions.itp就在力场目录下
如果参加过北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX), ...

请问sob老师,这个力场目录是在哪里呀,然后还想请问您,我在主top文件里引用的力场是否合适,格式是否正确呢?

342

帖子

1

威望

1736

eV
积分
2098

Level 5 (御坂)

5#
发表于 Post on 2025-11-12 17:32:44 | 只看该作者 Only view this author
先follow一遍教程:https://autoff.readthedocs.io/en/latest/example.html
另外根据能斯特爱因斯坦方程计算电导率涉及到的单位换算和物理常数的计算是比较复杂的,我怀疑你算错了。

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-12 22:25:19 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2025-11-12 17:32
先follow一遍教程:https://autoff.readthedocs.io/en/latest/example.html
另外根据能斯特爱因斯坦方程计 ...

好的哥,我再检查检查

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
124668

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2025-11-13 01:00:45 | 只看该作者 Only view this author
Wxh18130507355 发表于 2025-11-12 14:09
请问sob老师,这个力场目录是在哪里呀,然后还想请问您,我在主top文件里引用的力场是否合适,格式是否正 ...

top目录下的力场目录下

你的md_heat_NPT.mdp就是我北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/KGMX)培训里给的,假定你参加过此培训,把“GROMACS的使用基础”部分里面讲ions.itp的那一页,以及前后讲拓扑文件的幻灯片都好好看看,这些最基础的内容在培训里都已经讲得极尽详细了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-11-20 13:15:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-11-13 01:00
top目录下的力场目录下

你的md_heat_NPT.mdp就是我北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.ke ...

好滴sob老师

11

帖子

0

威望

109

eV
积分
120

Level 2 能力者

9#
发表于 Post on 2026-1-8 21:52:47 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主现在计算的离子电导率是正常值了吗,我用GAFF力场计算的锂离子电导率也偏低一些

47

帖子

0

威望

175

eV
积分
222

Level 3 能力者

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2026-1-11 16:31:12 | 只看该作者 Only view this author
shiyuanfan 发表于 2026-1-8 21:52
请问楼主现在计算的离子电导率是正常值了吗,我用GAFF力场计算的锂离子电导率也偏低一些

对的,我解决了,我原来建模时没有对LiNO3及LiFSI进行拆分,直接作为整体投入进去的,重新建模给他们拆分为Li+、NO3-、FSI-后,电导率提升了不少

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-1-24 01:00 , Processed in 0.169405 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list