ABCluster在windows和linux下"isomer with Gaussian“的运行

红烧肉盖饭

如标题。最近一直在研究ABCluster程序的运行，在论坛+ABCluster群交流群+室友同学的帮助下，大致搞懂了。至少是能成功运行文件了，不是error而是succeed！！！

注意：肯定有一些步骤是多余的，毕竟我也是慢慢摸索，打出来只是给各位做一个大致参考~~~

一、windows下（我自己的电脑里没有Gaussian，所以Gaussian下载也一并写进去）
   1.下载windows下Gaussian，路径为【D:/g16/G16W】和abcluster，路径为【D:/abcluster】  #你自己下在了哪里路径就是哪里，这里只是举一个栗子。
   2.增加环境变量：控制面板——系统 (没有找到的话，调整图标改为小图标就能看到了) ——高级系统设置——环境变量——PATH (用户变量和系统变量里面都有，我是都改了) ——编辑 (用户变量和系统变量一个一个改，顺序不重要) ——新建 (一个新建中加入Gaussian的下载路径D:/g16/G16W；一个新建中加入abcluster的下载路径D:/abcluster)
   3.设置xxx.inp文件：与linux下不同   

       xyz2gaussian optfile $inp$ > $xxx$.gjf
       g09 $xxx$.gjf    #用的什么版本Gaussian写什么版本的，g09、g16都可
       gaussian2xyz $xxx$.log > $out$

   4.设置optfile文件：关于核数(%nproc)和内存(%mem)的输入指令可以删除；或者保留，但是需要查看你自己电脑的核数和内存：ctrl+alt+delete —— 任务管理器 —— 性能(查看核数)
   5.新建文本文档，命名run.bat (DOS批量处理器)   #我是因为新安装的gaussian，所以需要弄这个。如果本身有这个文件就不需要弄了。
        set GAUSS_EXEDIR=D:\g16\G16W\g16.exe
        for %%i in (*.gjf) Do g16 %%i
        pause
   6.填加环境变量：环境变量 —— 用户变量 —— 新建 (变量名：GAUSS_EXEDIR；变量值：D:/g16/G16W) —— 确定   #可以在环境变量里看你有没有GAUSS_EXEDIR，没有就加上吧
   7.同时存在xxx.inp和optfile的文件夹下：shift+右键 —— powershell —— 输入指令   #可以先用isomer试一试，也就是输入的指令只写isomer，看看有没有abcluster特别好看的图案出来，有就说明abcluster能运行。
   8.输入提交计算的指令：isomer xxx.inp > xxx.out
   9.查看是否在工作：ctrl+alt+delete —— 任务管理器    #看到Gaussian的什么L101.exe就是正在跑啦！！！


                    对于windows的计算，我看它在算我就取消了计算，因为我自己的电脑核数太低了，我怕它爆炸，hhhhhh

二、Linux下
   1.下载abcluster-linux版本   #这个b站有视频，我也是按照那个下载的，这里就不写了。
   2.设置.inp文件：
       xyz2gaussian "optfile" $inp$ > $xxx$.gjf   #加引号啊，各位，就因为没加这个我愁了两天。加上引号，.inp才认你这个optfile，不然输入文件就瞎搞。
       g09 < $xxx$.gjf > $xxx$.log 2>/dev/null    #2>/dev/null可有可无，在我看来它存在的作用是屏蔽怎么错的(有它的时候，L1错误了你都不知道)，所以我建议你的.inp文件可以把这个删掉。
       gaussian2xyz $xxx$.log > $out$
   3.设置optfile文件：根据你的体系更换基组。
   4.提交运算：isomer xxx.inp > xxx.out &  #建议加一个&，这样你就能实时跟踪他的进程，不加&的话，你看不到它进行到哪里了，而且还不能进行其他计算，就挺烦。


不管是wins下还是linux下应该都挺慢的。可以把out文件拖出来看一看~~~
分享结束了，祝各位计算顺利！！！

ncepu-stt

你好，我按照你的方法运行了，但是在集群上一直没有输出能量，想问一下是什么原因？

红烧肉盖饭

ncepu-stt 发表于 2023-8-30 11:09
你好，我按照你的方法运行了，但是在集群上一直没有输出能量，想问一下是什么原因？

有一个out的输出文件，在那里面会有排序

LRJ6

您好，请问一下运行过程中会显示”系统找不到指定路径”，然后所有生成的也都没有能量，这该怎么解决呀

红烧肉盖饭

LRJ6 发表于 2023-12-6 11:02
您好，请问一下运行过程中会显示”系统找不到指定路径”，然后所有生成的也都没有能量，这该怎么解决呀

不好意思，现在才能回复你。因为这个程序我已经一年没有用过了，所以提的建议不一定正确，你拿来作为参考就好。
我觉得一个可能是~/.bashrc的配制有一些问题，可能无法调用ABCluster；或者，可能是提交计算的脚本有点问题。我把我的~/.bashrc的配制还有计算的脚本贴在下面。
（因为我是在集群中算的，所以脚本的内容和你的会有一些初入。可能需要你自己进行修改）
C:\Users\dell\Desktop\需要的文件.png

这个图里面，“How-to.txt、pbs_head.txt、pbs_tail.txt以及sub-many.sh”都是我们组提交gaussian计算的脚本，如果只交gaussian计算的话，直接bash sub-many.sh就好。但是，因为需要结合ABCluster进行计算，所以还需要optfile、jobhold.sh和**.inp文件。optfile里面写上你计算需要的基组之类的，如上图，格式不要出错。

**.inp的详细设置如下：


jobhold.sh的设置如下：

#!/bin/bash
# Submit and get job ID.
me=`whoami`
jobid=`bash sub-many.sh | tail -n 1`

# Detect if the job is finished.
sleep_time=10 # in second
jobstate="Q"
while [ -n "${jobstate}" ]
do
  sleep ${sleep_time}
  jobstate=`qstat -u ${me} | grep ${jobid}`
done


不知道对你有没有帮助，因为时间有点长了，忘得差不多了已经。更为具体的步骤可能就想不起来了。这些作为你的参考吧。祝顺~~~

LRJ6

红烧肉盖饭 发表于 2023-12-14 16:09
不好意思，现在才能回复你。因为这个程序我已经一年没有用过了，所以提的建议不一定正确，你拿来作为参考 ...

十分感谢您的回复！