公社群聊Q&A整理：2017.08.07 22 ~ 2017.08.23 13 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2017-9-8 15:40:21

本帖由 @wangyj 整理

相关概况可阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
十分欢迎一起校读聊天记录并发布：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5208
用于检索聊天记录全文的程序可见：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5207

本次无全文附件

本次附件（附件内容与下文一致）：

2017.08.07 22 ~ 2017.08.23 13 Concate.txt (141.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

2017.08.07 22:54:13
Q:
那位好友帮帮忙下载一下这个[图片]，网址：http://download.csdn.net/download/japical/9258039 拜托了
A:
一看就不经常访问计算化学公社
OA:
5.4.4都有了
A:
居然去CSDN下计算化学程序的源码
----------------------------------------------------
2017.08.07 22:58:06
Q:
我就纳了闷了，为何ubuntu就是用不了vasp
A:
搞计算化学还是CentOS/RHEL好
Q:
主要是当win用
顺带着用计算化学的软件
OA:
不一定吧，大师兄群里的群主一直是乌班图啊
Q:
可能是我一直以来用ubuntu装不上vasp心里有阴影了。。。连libint都编译不成功。。。换了centos啥毛病也没有。。。
A:
给我的感觉ubuntu太娱乐、时尚化了
Q:
是的。
A:
CentOS虽然现在也沾染了一点不好的风气，但整体还比较经典朴实
----------------------------------------------------
2017.08.07 23:33:15
Q:
请问一下，我用pm6，B3LYP/TZVP 等多种方法优化一个配合物结构，单重态都能优化出来，而通过各种方法始终三重态都优化不出来，初始自洽场就不收敛，可以说明这个配合物就是单重态结构而不是三重态结构吗？谢谢
OA:
什么样的体系，有什么特殊原子要说清楚
Q:
有两个co同卟啉类的配体形成的配合物
A:
没法说明
虽然对配合物，非基态自旋多重度收敛难度往往比基态自旋多重度时候要高，但当前尚不足以说明
可尝试对单重态做个stable
Q:
计算Cu的很容易出来了，三重态，但是Co就是出不来，自洽场就死了，哪怕是半经验的pm6而且试了若干中方法和基组，谢谢了
OA:
感觉中文救了这些马虎的家伙
两个钴原子有可能形成反铁磁耦合物
一个结构里有两个过渡金属，每一个原子的单电子又那么多，我现在本能地认为有反铁磁的可能
Q:
我做了Cu的，而且三重态合理，无论重能量，结构和前线分子轨道分析都是三重态合理，但想试试Co就是出不来结果
OA:
我说的不是这个
看来此人应该没参加过培训班
反铁磁耦合这个问题现在应该算是基础班的入门考试题了
Q:
你说说和反磁性的关系，对于配合物可能的状态的自选多重度很多，我计算三重态那里不合理？
OA:
三言两语怎么说得清楚，大博士在课上讲了快一个小时
Q:
我教了这么多年结构了，我还不知道顺反磁性
OA:
那高斯里怎么计算？
Q:
我怀疑我的配合物可能是单重态，可能是三重态就不懂顺反磁性了，太搞笑了吧
OA:
单重态的体系有可能存在对称破缺，体系内有两个自旋相反的单电子，类似于双自由基
尤其是双核金属配合物
Q:
你都不知道我什么结构就判定我的是双自由基？我谢谢你了
OA:
含有两个锰原子的体系就有这种特性
谁说你的是双自由基了？我是说类似
教书这么多年，话要看全
OA2:
非双自由基的双核金属配合物自旋极化单重态？四自由基？
OA:
这跟教书多少年没什么关系
Q:
结构化学怎么导致混淆顺磁性、抗磁性、铁磁性、亚铁磁性和反铁磁性？
OA:
那怎么还有人搞不懂这么简单的概念，之前我根本没听过，但至少不会搞混
有量子化学，结构化学这门课程可以削减掉一半内容
三分之一量子力学，六分之一群论
OA3:
本科有结构化学的学校，未必有独立的量子化学
OA:
徐光宪他们当初是不是按照写结构化学的方式写量子化学那本书啊？
OA3:
结构化学包括量子化学、群论、晶体学
OA:
晶体学属于固体物理
黄昆经典
这还是其次，我挺讨厌动不动就说这句话
我教了这么多年结构了，我还不知道顺反磁性
OA4:
息怒，息怒，大牛脾气都大，赶紧洗了，睡了。。
OA:
一个不懂反铁磁耦合的大牛。。。
----------------------------------------------------
2017.08.07 23:40:23
Q:
两个一氧化碳还是两个钴原子？
A:
想来当年高中时候，看一个贴着CoCl2标签的瓶子，还以为是光气
----------------------------------------------------
2017.08.08 08:27:40
Q:
[图片]各位老师，这是个金属有机化合物（电荷：-3）
命令：# RPBE1PBE/def2tzvp OPT scf=xqc SYMM=LOOSE，大家看还有没有优化出来的希望啊，跑了快半个月了
OA:
振荡了
过渡金属本来自旋态就复杂，还不用赝势基组
全电子基组会把大量的时间耗在这里
A:
def2tzvp是得单点用的，优化还用这
SDD结合6-311G*优化足矣
不要轻易用xqc
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
金属是Co Pt Sn
明白了，谢谢各位老师
OA:
你先停下来，清理一下关键词再算
scf=xqc不会是祖传的吧
Q:
我是试过了不加，Scf=qc，采用的scf=xqc
按照“量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法”基本都试了，才来求助的，如此看来是我的基组有问题
OA:
不是有问题，你用这么大基组优化，不划算
http://sobereva.com/336
http://sobereva.com/373
Q:
这个基组确实是祖传的
A:
几何优化收不收敛跟基组毫无直接关系
何来基组有问题的结论
你这基组要改是因为完全不划算
Q:
不是因为基组过大？
太大的基组导致描述势能面更精确，找势能面极小点更困难
A:
从优化的角度说没有这回事
大基组SCF比小基组SCF难收敛是真，和几何优化容不容易收敛没有直接联系
----------------------------------------------------
2017.08.08 08:51:41
Q:
https://wenku.baidu.com/view/177b9386fc4ffe473368abac.html谁能帮我下一下cylview的使用说明啊，没有下载券，谢谢啦
OA:
用冰点文库，自己下
A:
明明免费的东西居然去百毒下
Q:
哦哦，我试试，谢谢老师
A:
百毒在盈利上真是抓住了现在人的心态...
OA:
官方手册为啥不上官网下。。。
Q:
官方网上找到了
A:
还好不是求百毒上Multiwfn手册、我的博文pdf文档之类
OA:
一些作业答案，除了百毒，其他地方真不好找。。
A:
不仅百毒非法盈利地传播有版权的资料，本来免费的东西也被百毒之流搞成收费
行为真令人不齿
OA:
应该是被上传者搞成收费的
百度没删版权文档的时候，趁机下了不少东西，当时还在上高中。。。
一些不入流的小作家写的书而已
比如，xxxx教材答案之类的？
忘记了，好多科普书，各种教材，记得还有一套现代数学丛书系列，啥也看不懂系列，乱七八糟的
这些倒是值得看的
A:
当前中文的很多资料都是从iask下的
----------------------------------------------------
2017.08.08 09:23:46
Q:
[图片]请问大神，这个bound states啥意思哦？带态？
A:
束缚态
----------------------------------------------------
2017.08.08 09:25:12
Q:
[图片]
好费时间！　是recalc=4这项吗，耗时大户？
[图片]
2天跑了90多个点
A:
是
Q:
[图片]
我是不是在做死呀？
A:
体系大的话就是
----------------------------------------------------
2017.08.08 10:19:16
Q:
请问sob老师，4.18.1中使用multiwfn计算N-苯基吡咯中：
1-手册中“Note that since the coefficient of MO38→MO39 is as large as 0.6727, the sum of the square of remaining coefficients is less than 0.1, which is far from the ideal value 0.5 (not 1.0 since this is a close-shell calculation).” 是什么意思呢？
2-Cele (Chole) 函数是否有参考文献呢？谢谢老师。
A:
1 电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
2 没有，引用手册即可。以后会写文章发表
----------------------------------------------------
2017.08.08 10:29:03
Q:
请问老师同学，有人知道VMD生成movie maker时，怎样能让轨迹的速度变慢点么？
A:
最好用oCam直接录屏，比movie maker方便得多
而且播放速度在VMD main界面里用speed就能调
----------------------------------------------------
2017.08.08 10:51:45
Q:
各位：想要得到Born-Oppenheimer能量是通过BOMD关键字得到么？
A:
否
直接算单点就完了
BOMD那是跑动力学
Q:
好，谢谢，我找找
算完单点取哪个值呢？
A:
看用的理论方法
Q:
B97-1
A:
scf done或者末尾输出的HF=后面的
----------------------------------------------------
2017.08.08 10:55:57
Q:
请教各位老师 oniom计算可重复性差怎么解决？
A:
如果是大体系，没办法，除非你不用并行计算
----------------------------------------------------
2017.08.08 10:56:02
Q:
NBO5结果
[图片]
nbo6
[图片]
[图片]
A:
那就用NBO5吧，并且可以把这个问题报告给NBO开发者，或许是bug
----------------------------------------------------
2017.08.08 11:05:09
OA:
[图片]
有点万国来朝的意思了
A:
之前也有些香港来的
OA:
香港不算外国，但是新加坡可是
A:
不知道以后会不会有TW来的
OA:
来，也别教他们。
A:
论坛里倒是有不少TW的
OA:
估计等几年中国的科技发展了，应该可以吸引过来
----------------------------------------------------
2017.08.08 11:12:09
Q:
卢老师，前天群里有人问vasp，您估计什么时候成行？？辅导班
A:
起码三年后吧，反正优先级是：量化高级班>动力学高级班，之后有闲情逸致再考虑第一性原理班
----------------------------------------------------
2017.08.08 11:12:09
Q:
[图片]请问老师，这里的轨道到轨道的贡献如何计算的
谢谢答复
A:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
----------------------------------------------------
2017.08.08 11:23:35
Q:
成功地把我师兄给拉过来了，现在大博士你只要说话，我师兄就可以来北京讲课
A:
讲课不打算招额外的人
----------------------------------------------------
2017.08.08 12:39:45
Q:
老师，我在按照您写的博文做CDA，看到“特别需要注意的是，在计算含有很重原子体系时（如计算金属配合物），往往要对这些重原子用赝势基组，而其它部分用其它基组，这可能会产生基函数数目不符的问题。”这个问题在ORCA有没有呢？我用的def-SD / SD（60，MWB）的赝势
A:
没有
----------------------------------------------------
2017.08.08 14:30:54
Q:
MOPAC2016是不是没用说明书？官网没找到啊只有一些补充说明之类的
类似于高斯和ORCA那种pdf的
不是网页版的
我之前也看到了这两个了但还是觉得有个pdf版本的用标签和搜索要方便些
A:
没pdf版
Q:
那就只能给他发个email建议一下了。。
----------------------------------------------------
2017.08.08 15:08:41
Q:
各位老师打扰了，能不能请教一个问题：我用高斯里内置的NBO3.1想生成.47文件，但是NBO正常结束，就是没有.47文件，这是怎么回事啊？# b3lyp/aug-cc-pvdz pop=nboread
Title Card Required
0 1
B 0.00000000 0.00000000 0.00000000
F 0.00000000 1.32716500 0.00000000
F 1.14935900 -0.66358300 0.00000000
F -1.14935900 -0.66358300 0.00000000
$NBO ARCHIVE FILE=bf3 $END
*** End ***
A:
写清楚绝对路径
Q:
老师！能问一下：在哪里写？
OA:
明显是file
A:
诸如FILE=/SOB/bf3
Multiwfn载入fch文件后也能产生.47文件
----------------------------------------------------
2017.08.08 15:39:49
Q:
老师好，我昨天问过一个找过渡态时输入的关键词问题，我后来发现我导师目前做的计算依旧有这个关键词 iop(5/13=1)，所以我想问一下老师这样的关键词是一定不能出现吗？还有做过渡态的输入文件有固定输入词吗？
A:
一定不能有5/13=1
opt(calcfc,noeigen,ts)
OA:
高斯就该取消这个iop
Q:
谢谢老师。那如果继续有用iop(5/13=1)计算的话，是计算出来的结果不可靠吗？
OA:
看你这个iop发挥作用了没。没发挥作用，scf正常收敛，结果可以接受，反之，不接受
A:
此时必须人工检查是否有不收敛的情况，而且如果有，得看当前收敛到了多高精度
然而初学者不知道、不会去做这种检查
Q:
谢谢老师。那么我之前在做过渡态都是用iop的，直到计算找到过渡态为止，判据出现两个yes就接着后边IRC，OPT，请问这样的合理吗？
收敛精度需要达到多少为合理呢？
A:
你至少也要人工检查，确保opt最后一轮的时候没出现不收敛的情况
OA:
你看加了这个iop多麻烦，还有手动判断
不收敛就坑爹
Q:
谢谢大家。如果不收敛是不会出现[图片]前两个yes 的吧
[图片]老师，我给定了初始结构，在这样的输入文件寻找过渡态，但是[图片]计算显示Done之后ts频率是这样的，而且在我修改初始结构之后重新走一遍ts出来结果频率还是正值，我想请问老师这是什么原因？是我的初始结构始终不合理吗？谢谢老师。
A:
初猜结构不合理
基组没设定
noraman多余
不要用CAM-B3LYP算化学反应
OA:
maxcyc=100可以去掉，test去掉，另外，你使用freq=noraman是干啥输入文件没看到你选用的基组啊？
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词http://sobereva.com/331
Gaussian中有用的IOp一览
http://sobereva.com/93
OA:
基组没设定。。居然能跑
默认sto3G
Q:
[图片]老师我特别不明白的一点是，我之前一直这样算的，也找到了过渡态，后续走了IRC，也优化了反应物和产物得到了能垒值。可是如果说基组没设定，noraman多余，这样的话怎么会有我的结果数据出来呢?还有就是我导师让我用CAM-B3LYP计算的。谢谢老师耐心解答。
A:
不报错不代表结果有意义
STO-3G的结果根本没法发表
用CAM-B3LYP算，到时候审稿人让你解释为什么用这个，根本解释不通
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
Q:
啊？那这样的话我导师为什么一直视而不见呢初学计算完全是迷迷糊糊的。
OA:
Hartree-Fork方法好像现在都不被接受了
Q:
非常感谢老师耐心解答。
OA:
导师的话不可信
Q:
跟着导师不相信导师的话，自己又不懂，还怎么毕业啊
OA:
不要全信
Q:
谢谢大家。
A:
论科音量化培训班的重要性
OA:
之前做优化也是加了scfcyc=xxx这些，后来看了帖子就去掉了，以后自己算的时候注意一下就好啦。
以为无限增大圈数就可以有效控制SCF不收敛，避免L502的错误
A:
结果算到毕业还没收敛
OA:
[图片]这也是你导师说的？
祖传祖传
果然是等值面数值太大了，谢谢sob老师
Q:
我看我导师现在计算也还在用iop(5/13=1)
OA:
摘要：Gaussian官方对于IOp(5/13=1)的态度是：IOp(5/13=1)只是debug用的，除了开发者外，不应在任何计算之中使用。
你的导师有点意思哦
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3344&highlight=IOP
[图片]
野路子
IOp(5/13=1)是个好关键词，困扰我一个多月的不收敛问题一下子就解决了呢
Q:
老师我想请问一下我去掉了iop,找到的ts也出现了四个yes判据收敛，计算也是Done,但是在GaussView中打开看Vibrations却是没法点击，这是怎么了？
OA:
原则上说，Iop(5/13=1)可以通过调整初始构型达到一样的效果吧。个人觉得
Q:
我也不知道我导师是怎么想的师姐们也一直在用包括我自己也是昨天听了大家的才去掉
[图片][图片][图片]这是我的输入文件，能量曲线，计算Done,四个yes判据，可是没法查看振动频率，请问老师这是怎么回事?非常非常非常感谢。
OA:
有个师弟和我说之前算电势不收敛，加了iop(5/13=1) ，即刻收敛，结果与实验值完全不搭边，以后再也不用了
[图片]这里别选
Q:
谢谢。我尝试直接打开，取消打钩可还是不行。
A:
那叫忽略不收敛，不叫收敛
OA:
如果不打勾的话应该看不到收敛曲线的
Q:
就是之前贴图我是打勾的，您说了之后我取消打勾，然后还是没法查看振动
OA:
如果你写了freq不应该看不到啊
Q:
不好意思，我就错在输入文件没有写freq。谢谢您的解答，我改正。
OA:
这就好像机器不能工作，请维修人员一顿乱修，最后发现是电源线没插
Q:
实在不好意思，我之前写了freq=noraman，好像老师的意思我理解错了，就直接去掉了。
OA:
freq是算频率，没有这个看不到vibration的，先看看基础的书吧，Exploring Chemistry……2nd不错，可以大致看看，等有点基础可以去今年的初级班啦
直写freq就好
不用加上noraman
A:
初级班零基础就可以参加，看多了乱七八糟的反倒很有害
9月23号
OA:
我看得差不多了，估计啥时候发公告啊
Q:
好的，谢谢老师。这要跟导师一提准不愿意花钱让我们出去。
OA:
还好我的导师好说话
是培训吗？
想参加
都5/13=1了还不花钱
A:
看www.keinsci.com
历届培训记录看
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=43
Q:
就都那样了导师一个月只给补贴一百块...所以根本舍不得为我们花钱
OA:
啥学校啊
一个月只给补贴一百块？
Q1:
说了学校会不会黑了我导师？北京211
OA:
基础的也有6000啊
即使是硕士
Q:
研一100块，研二200
OA:
老板给的看心情了
别提了，某人研一一分钱都不给
理由：研一都在上课，又不做实验，所以不给
国家助学金硕士一年是6000
Q:
给不给钱随老板也没意见，关键让我们顺利毕业就好了
OA:
帝都啊，那去培训比我们这些守卫边疆的方便多了吧
国家助学金应该发吧
你看某人去参加科音培训，自费3次了
Q:
只能是自己多跟大家学习学习，跟着老师分享的内容做，非常感谢大家。
OA:
有条件，真想学，真想入门，就去参加培训
A:
某人应该是自费4次
OA:
某人？
0基础，快速入门量化，除了参加科音培训，别无他法
就算师兄师姐带，也没那么系统正规
我导师给学生一毛都不发，但是培训都让学生去，所以你可以试试。
“精明”的老板
我打算明年开始报
有那种零基础的就好了
A:
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355
----------------------------------------------------
2017.08.08 15:49:36
Q:
老师您好！NBO3.1生成的输入文件，NRT算完之后结果可用吗？
A:
可用
----------------------------------------------------
2017.08.08 15:49:36
Q:
sob老师曾讲过，计算自由能中，电子能部分应该用高精度单点能，例如B2PLYP/def2TZVP，但是这样实在慢了点。
请问sob老师，电子能这里，可以不用双杂化泛函，而是用普通的泛函么？比如 B3LYP/aug-cc-pvtz ，这样可以么？
OA:
M06-2X也行
A:
不可以
你这个级别往往比B2PLYP/def2TZVP更贵
降理论方法就完了，何故提升基组，反倒显著增加了槽点
Q:
那应该怎样便宜一点又不会被骂呢
A:
普通泛函/def2TZVP
要么用ORCA
OA:
开RI用ORCA
巨快
让你体验飞一般的感觉
神器
Q:
好的，感谢sob老师指点。
A:
MP2部分经常比SCF部分耗时还低
本身SCF部分还可以用RIJK或RIJCOSX加速
----------------------------------------------------
2017.08.08 15:57:47
Q:
各位老师打扰了！算NRT，对于有机分子什么方法基组好些？过渡金属配合物什么方法基组好些？一定和优化的级别一样吗？
A:
NRT用6-31G*、def2-SVP就够了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
不需要
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:00:16
Q:
话说，6-31g*用的比6-31g**多，而def2-sv(p)相比def2-svp却很少出现。
OA:
def2-sv（p）是不是不内置的原因？
A:
说的就是RI-MP2
OA:
用得少
Q:
内置
A:
高斯里写def2SV就可以用
Q:
都是给H去了极化
6-31g*常用，def2-sv(p)却不常用
OA:
嗯嗯
不过可能是pople基组烂大街的原因
Q:
也有可能
A:
def2-SV(P)打字麻烦
6-31G*比**还可以少打个*
Q:
这理由好
我最喜欢的是3-21g，def2-sv(p)和avtz
OA:
AVTZ是…
Q:
aug-cc-pvtz
OA:
这是官方缩写么
Q:
molpro里面这么写
avtz才4个字母
OA:
那把aug砍掉变成vtz咯？
Q:
没见过这样的。。。
OA:
Gaussian里面还把ω写成w呢？
输入希腊字母不方便啊
A:
GAMESS里叫ACCT
Q:
orca也是w
OA:
我的意思就是，那种AVTZ我是没认出来
A:
optDFTw也是
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:01:25
Q:
请问 windows上运行 ORCA 也能飞一般的感觉么
OA:
可以
不过还是Linux明显.....
毕竟windows坑
Q:
ORCA要是不开RI，算HF的话，那个速度，绝对酸爽
A:
4.0开始windows版不支持并行，虽然最近4.0.1也出了个可以并行的windows版，但是我未经测试，而且需要microsoft MPI
OA:
注意，orca 4.0 win版不支持并行
怎么换成微软 mpi了。。
A:
不知道，官方莫名其妙
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:01:25
Q:
若问一下，RI是什么，可以科普下么，或者网站资料。 ORCA要比高斯快很多么？
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:07:45
Q:
老师，过渡态搜索总是不收敛，有时候l103错误，有时候l9999，看结果已经跑到了产物，看能量曲线如下所示[图片]，请问下面要如何解决
A:
看报错提示，如果到了步数上限还没收敛再续跑一段
Q:
上图能量对应的是l9999错误，就是把能量最低的坐标拷出来，继续在ts方法下跑吗
A:
y
Q:
好的，多谢老师指导，我试一下，另外如果最终得到了产物，是否说明这个反应无垒
A:
想证明这个得建立在反复尝试找过渡态皆失败，甚至恰当使用了柔性扫描也无济于事，而且计算级别足够合理的前提下
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:15:20
Q:
另外，请问sob老师，您讲过溶解自由能在m062x/6-31g*(sdd)级别计算最合适。如果体系中有H原子的话，需要改成6-31g**么？ H的极化函数影响大么。
A:
不需要
看具体问题，该不该加氢的极化我的基组博文里写了
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:46:24
Q:
请问老师，我需要做出分子轨道，但是按照您的博文里做出来是这样的，我是哪儿搞错了吗？
A:
不好说，等值面数值再改改
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:47:15
Q:
问一下大家，用multiwfn做电子密度图的过程介绍，在手册的哪一节啊？
A:
曲线图、平面图、等值面图：4.3、4.4、4.5节
----------------------------------------------------
2017.08.08 16:48:12
Q1:
有个专门的帖子讲EDD
Q2:
vs. ρ(r)散点图（a）（b）, 能不能根据（b）图中spike A相对（a）图向右移动就得出该区域在（b）结构下位阻升高这样的结论？从~0.13位移至>0.20这算是显著性变化吗。初学者，谢谢~
（a）
[图片]
（b）
vs. ρ(r)散点图（a）（b）, 能不能根据（b）图中spike A相对（a）图向右移动就得出该区域在（b）结构下位阻升高这样的结论？从~0.13位移至>0.20这算是显著性变化吗。初学者，谢谢~
（a）
[图片]
（b）
[图片]
[图片]
A:
如果结合填色图也能说得通的话就可以
Q1:
位阻部分的RDG包络的空间区域能不能积分之类的，定理比较
定量
A:
能
----------------------------------------------------
2017.08.08 17:14:18
Q:
[图片]数据输入格式有误？
A:
写成小数
Q:
1也要写成小数吗
0都改成0.0000了
A:
复习讲义[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.08 17:14:18
Q:
各位老师打扰了！能不能请教一下：[图片]
我的输入文件：# b3lyp/aug-cc-pvdz pop=nboread
Title Card Required
0 1
F -1.14015500 -0.65763900 0.00000200
F 1.14031500 -0.65736200 0.00000200
F -0.00016000 1.31537600 0.00000100
B 0.00000000 -0.00067500 -0.00000800
$NBO ARCHIVE FILE=/user1/guojiandong/bf3 $END
A:
不存在那个目录，或者那个目录在实际情况中不是大写的
如果用更新的NBO版本就不会把小写强制转换成大写
----------------------------------------------------
2017.08.08 17:28:12
Q:
老师，LAV1表示赝势基组完全收缩成为极小基（lanl1MB）；LAV2代表赝势基组最后一个层高斯函数去收缩成为双zeta基（lanl1DZ）；LAV3P赝势指的是什么呢，
是lanl2DZ吗？看百度有这么说的
A:
百度全是坑爹的
Q:
[图片]
就是这个，我感觉他不靠谱
A:
到底问LAV3P还是LACVP
强烈不建议用这类破基组命名！
Q:
老师，我说的不清楚，是LACVP
OA:
还真有LACVP这种基组？
Q:
比如对SbO,lacvp应该怎么写呢
A:
干嘛非要用这种明明，不明不白
这种命名是现在几乎根本没人用的jaguar定义的命名
写在文献里，别人不知道指什么，还很容易引起歧义
OA:
直接说混合基组就完事儿了呗
A:
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
我知道O用的是6-31G*，但是对Sb用的是什么赝势基组呢
A:
别学不好的东西
看博文
OA:
个人感觉基组对计算结果影响不是很大
Q:
谢谢老师提醒，一定不会这么用了
A:
影响大了去了
OA:
我测试过一些体系，感觉结果没多大区别
A:
先明确什么跟什么比，什么体系、什么问题
OA:
你和6-31G比较大了去了
A:
诸如算超极化率不加弥散，结果定性都是完全错误的
OA:
方法影响会特别明显
超极化率必须弥散
A:
你拿def2TZVP跟def2QZVP算DFT是差别不大
没有前提根本没有可比性
----------------------------------------------------
2017.08.08 17:31:03
Q:
各位大神，想请教一下，分子激发之后，变成激发态，弱相互作用的变化能做吗
能看出来吗
比如说电子云密度会改变？针对于氢键或者π作用
A:
能
----------------------------------------------------
2017.08.08 17:39:27
Q:
老师这个CDAloading fragment我load的ORCA molden，，每次都闪退。。
[图片]
老师这里之能load fch 吗？
A:
确保一开始能正常载入每个molden文件
Q:
[图片]
这个CDAloading fragment我load的ORCA molden，，每次都闪退。
A:
高斯输出文件、fch、.molden都可以载入
----------------------------------------------------
2017.08.08 17:58:21
Q:
下一次培训是在什么时候？
A:
北京科音办的培训班FAQ
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=5098
----------------------------------------------------
2017.08.08 17:59:10
Q:
我想问下像生物大分子比如蛋白（分子量几万）和小分子（金属配合物原子数100左右）之间的疏水或是静电力作用这个用什么算比较好？
A:
分子力场
常见的是MMPBSA算这类问题
----------------------------------------------------
2017.08.08 18:00:11
Q:
请问sob老师，molclus程序中的isostat模块中判断结构差异的阈值是指RMSD的差值吗？
A:
不是，是偏差距离矩阵的所有矩阵元的绝对值的最大值
Q:
那能量阈值和结构差异的阈值取值范围为多少比较合适呢，老师？
A:
没特殊情况就先用帖子里用的，不合适再调
这也和程序几何优化收敛限设置有关
----------------------------------------------------
2017.08.08 18:29:51
Q:
老师，比较mopac优化的三聚体稳定性可以用输出文件中的total energy么？
A:
只能用FINAL HEAT OF FORMATION
MOPAC给出的TOTAL ENERGY物理意义并不清楚
Q:
值越大越稳定吧？
A:
越负越稳定
Q:
我的文件中数值都是正的，那就是越小越稳定？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.08 20:28:42
Q:
老师们，我还是没有解决CDA分析输入片段molden闪退的问题。。三个molden文件单独载入都没有问题，但是做CDA载入片段都会闪退。。老师能帮我检查一下我这三个molden文件有什么问题吗？谢谢了
OA:
"CDA.rar" 下载
A:
我用最新版的Multiwfn没有问题
另外最好先用molde2aim处理一下，否则结果有可能严重不对
----------------------------------------------------
2017.08.08 21:17:05
Q:
老师们好，请问泛函pbe0在高斯输入文件里该如何写
OA:
pbe1pbe
Q:
谢谢
请问对于C H N O等轻元素，计算tddft用什么基组适合呢
6-31G？def2tzvp?
还是其它基组
A:
6-31G*
Q:
谢谢Sob老师
A:
这里写了
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
----------------------------------------------------
2017.08.08 21:44:08
Q:
Sob老师，再请教您一个问题。我合成了一种络合物单晶，有单晶XRD的结构信息。但是对称性比较低，结构优化后完全变形。请问老师，可否不进行优化直接TDDFT计算紫外光谱？
A:
氢的位置需要优化，重原子可以不优化
Q:
您的意思是固定重原子不固定轻原子？
A:
y
Q:
可是重原子只有一个啊？其他的都是轻原子
我只截取其中的一个单元，每个单元里面只有一个重原子
A:
氢原子必须优化
Q:
您说的是氢原子，不是轻原子，对吧
C N O等原子也需要优化吗
A:
氢
----------------------------------------------------
2017.08.08 21:56:12
Q:
请问如果两个电子态能查在0.02eV，是不是要考虑非绝热效应了？
A:
需要
----------------------------------------------------
2017.08.08 22:09:30
Q:
大家好。
A:
新加入的先看一下群文件里的群规
Q:
已读群规，多谢。
A:
所以，注意字号
----------------------------------------------------
2017.08.08 22:15:36
Q:
问一下，[图片]咔唑基团上的N一般是形成n轨道吧，如果是pi轨道的话是不是都形成在旁边的两个苯环上？
如果形成pi轨道的话，就不会涉及到N原子了是吧？
A:
这个其实可以做个ELF-pi来讨论，看与旁边的碳的pi电子耦合程度
用键级也可以
Q:
Sob老师，键级不是来描述单双键的吗，对我这个pi轨道或n轨道有啥指导？
A:
你不是想考察是否参与整体pi键
绘制AICD图也可以考察
Q:
实际上我的目的是N原子可能参与了pi轨道，也可能参与了n轨道，我想看看参与n轨道的多少
A:
n轨道只能由N原子参与
如果说是指正则MO当中可以被指认为n的轨道当中N的实际n轨道参与多少，可以尝试做NBO分析，如果有对应的N的孤对电子NBO轨道，通过NBOMO关键词把MO以NBO为基的系数矩阵打印出来，把那个孤对电子对应的NBO在这个n正则MO中的系数取平方即是
----------------------------------------------------
2017.08.08 22:19:48
Q:
请问有米有以往的讨论记录，先学习下。
A:
看群聊整理
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=103&filter=typeid&typeid=224
----------------------------------------------------
2017.08.08 22:19:53
Q:
老师，请问利用KisTheIp计算过渡态反应速率常数，用Tmin和Tmax设定温度范围，上、下限值是如何确定的呢，是根据公式计算来的，还是
A:
不用设范围，除非你要作k~T图
----------------------------------------------------
2017.08.08 23:27:05
Q:
各位老师好，我是计算模拟的初学者，最近用博文“高斯背景电荷的咨询--量子化学”里的方法用高斯09计算背景电荷，由于体系较大，我采用了8个核32GB内存，其中一个分子只算了九个多小时就返回了，但返回文件里并没有提示什么错误，下面两个图片是分别返回的.log文件和.o文件
[图片]
[图片]
A:
上传输入输出文件
OA:
"XtBuCT.gjf" 下载
"XtBuCT.log" 下载
2222个原子，2万个基函数，8核，估计一年也算不完
A:
够吓人的
毕业前算不完
OA:
可怕
我头一回遇见这么大的体系
Q:
也就是说出现这种情况是体系太大的缘故，我应该尽量减小体系
OA:
当前问题没报错估计是什么外力所致，但解决了也没意义，先简化模型或/和更换计算方法
Q:
嗯，明白了，谢谢老师
那老师，我想算这样的体系的电荷，应该怎样计算呢？
A:
简化模型
算个单体就完了，何必算这么大团簇
----------------------------------------------------
2017.08.08 23:44:39
Q:
分子结构的优化方法是谁发明的呀？好像在哪位大牛写的材料里提到过
似乎说是每个的一个帅哥在读博士期间发现的
A:
就是数学上的非线性优化问题直接拿到分子体系用而已，后被搞计算化学的进一步改进而已
几何优化、过渡态搜索、IRC综述与原文合集
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=105
----------------------------------------------------
2017.08.09 06:09:43
Q:
[图片]老师好，大家早上好。我想请问一下找过渡态计算Done的构型能量曲线是这样的，虚频还是一个正值。这是哪里的问题呢？谢谢老师。
OA:
什么叫虚频还是个正值，输入输出文件呢
正值的虚频……
Q:
不好意思我表达有误。是频率为一个正值。输入文件是这样的：[图片]
OA:
基组呢
我的天，你和基组有仇么
一直不写
Q:
导师没有给我指定基组
OA:
先把基组写上吧，STO-3G的结果没啥可讨论的。。。
写了
m062x
你导师……真的会计算？
Q:
真的会吧
我是真的不会....导师说话也是一知半解的不知道要表达什么
OA:
这个输入文件写的，冒昧来说还不如本科时候带的小弟……
还是看看文献里别人用的啥方法和基组吧
去看看explore第二版
这比6-31G还可恶
先把基组写上，不行就先用6-31G*
Q:
谢谢大家。问题是出在没有加基组吗？
OA:
你……输入文件写的很……
业余
问题是你这输入文件没法看哪出错
你把高斯手册读一读，看看算例也不至于这样写
Q:
[图片]我看师姐的输入文件是这样的
OA:
人家写基组了
怎么还有5/13=1
写弥散也没啥用
徒增计算量
6-31+g这都哪辈子的基组了
def2-SVP或者TZVP
还有你们组怎么这么喜欢用IOp
99%你们的目的都可以用关键词达到，为何要写IOp
你们输入文件写的
你体系多大
……感觉没怎么看手册
Q:
体系不大，小分子反应加了三个水
OA:
不大… 是多大
我有一种不好的预感
你的建模估计也不正常
Q:
就是凭空开始做的计算，手册确实没怎么看
什么建模不正常？
OA:
opt=(calcfc, ts, noeigentest) freq m062x/tzvp能不能算动
上传输入文件
Q:
我试试
OA:
你导师感觉不靠谱
三个水…不好摆啊
包括你师姐的文件……感觉……
Q:
我已经摆到六个水了
OA:
你们过去不少东西还是重来吧
能说说你到底算得什么体系么
Q:
有关氯和氨的反应体系
OA:
看来是微溶剂
这个坑不小
Q:
发生了什么......
A:
你这样算下去没前途
Q:
能不能毕业了....
A:
如果他是不知道要指定基组，那就是根本不会计算
【吐槽】 2017/8/8 9:26:43
导师没有给我指定基组
----------------------------------------------------
2017.08.09 10:03:32
Q:
1. Authors might want to clarify on their statement “covalent attachment of functional groups can facilitate electron transfer….”审稿意见有一条是这么说的，莫名其妙。请教各位他是啥意思啊。一般不是说Authors might need or should 什么want的
A:
beacon 审稿人根据你的文章内容，推测你有这个意图。如果没这个意图就明说就行了
----------------------------------------------------
2017.08.09 10:03:43
Q:
请教大家构型优化某一分子的cation 态，normal termination的但是输出文件苯环的结构出现异常 [图片]
A:
上传输入输出文件
----------------------------------------------------
2017.08.09 10:14:04
Q:
老师，你好。我计算一个孤立结构的配合物的超极化率，用的是m06/6-31+g** polar=DCSHG int=ultrafine CPHF=grid=fine。但是算了大半个月了，还是一直在迭代，没有任何进展。如果方法换成b3lyp, 基本上一天就可以算完了。请问老师，是不是哪里出问题了？下面我的输出文件，麻烦老师帮我看一下，谢谢啦
A:
CPKS不收敛，继续算下去也没希望
用M06不会比B3LYP对这个问题有什么额外好处
还需要更高的积分格点造成耗时显著增加
Q:
我们文章中用的是b3lyp，但是审稿人说让用m06或m06-2x验证一下计算结果的正确性
是的，老师
A:
验证这没什么意义，HF成份又差不了多少
非要试图让它收敛，加上scf=novaracc int=acc2e=12试试
还不收敛就告诉审稿人没辙了。或者测试几个其它的，诸如PBE0
Q:
好的，老师。
PBE0之前有试过，算出来和实验结果是相反的
我们的初衷是用理论计算来解释反应机理的
但是审稿人一直让用不同的算法来算
A:
高HF成份泛函本身就不那么适合过渡金属
HF成份从0~100%，总有那么个能凑上实验的
然而这种做法很无聊
----------------------------------------------------
2017.08.09 11:05:12
Q:
老师，我计算吸收光谱，得到的强度因子f,达到200多，这个正常么？
A:
不正常，超过10的几乎都没有
Q:
算的别的类似体系数值都很小，就这一个差距特比大
有什么方法可以检查一下原因在哪么？或者重新算一遍？
嗯，所以感觉错了，但不知道原因在哪
OA:
输入关键词是什么
Q:
%mem=20GB
%chk=C42-P2-1-GS.chk
#p opt b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=water,pcm)
Required
0 1
C
C 1 2.43063756
C 1 1.38769345 2 29.61946313
C 2 2.49599554 1 121.62208435 3 0.00000000 0
C 4 2.43984312 2 60.74906391 1 180.00000000 0
C 4 1.40347833 2 30.08940087 1 180.00000000 0
.
.
--Link1--
%mem=16GB
%oldchk=C42-P2-1-GS.chk
%chk=C42-P2-1-GES.chk
#p td=(nstates=20) b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=water,pcm) guess=read geom=allcheck
C42PGES
还用看结构么？
我类似的体系作了很多，就这一个出现这种情况。还有别的放法么?@米豆豆@Sobereva
看吸收光谱，做原子掺杂，看一下对光谱的影响
OA:
你这个结构优化完，不做个freq就直接做TDDFT了？
第一步你先优化完做个freq看看有没有虚频之类的
不建议用--Link1--方式连算
Q:
好的，我试试
OA:
拆开算到时候检查的时候更方便
Q1:
为什么？有弊端么
OA:
会有“弊端”，比如iop的传递性
Q:
能说的细点么，当时为了提交任务方便，就采取了这种多任务提交方式，没考虑会有别的缺点
OA:
你之前的结构优化完都不做freq么？
Q:
以前做过的，不过后来发现做了很多都没有发现虚频，所以就把freq取消了。优化结构后必须要做么，感觉freq很费时间
A:
看你的化学直觉对于当前体系是否有把握，如果觉得没虚频可以不做
不过不做freq审稿人很可能让你再去补做freq
OA:
振子强度200+很有意思。。
不知道是理论方法的bug还是结构的bug
Q:
好的，老师，你认为出现高强度因子是什么原因造成的？
能麻烦两位老师看一下么
A:
换个泛函再试，诸如PBE0、wB97X
或者计算的态数提升到25再试
Q:
好的，我试试
freq还用做一下么？
A:
随便
建议做
----------------------------------------------------
2017.08.09 11:39:30
Q:
[图片]请问各位老师，用Multiwfn定量分子表面分析完之后，如何用VMD画出这种图呢？非常感谢
A:
分别对两个水分子都做定量分子表面分析，都导出表面顶点的.pdb文件，然后一起导入VMD绘制
----------------------------------------------------
2017.08.09 12:34:36
Q:
老师们，计算结果chk转成fch之后 Cartesian Force Constants这段没有是什么原因？有没有补救的方法？
A:
9成是程序bug
没有完整的输入输出文件难以判断
具体检验原因可以用Multiwfn来辅助，把跃迁偶极矩分解成轨道对的贡献，然后再检查哪些轨道导致可疑问题
----------------------------------------------------
2017.08.09 13:26:52
Q:
小白提问关于荧光发射光谱，请老师们指点指点
看了sob老师的文章关于做发射光谱步骤
1 基态几何优化：# PBE1PBE/6-311g(d) opt （如果你觉得初始结构已经比较合理的话，这一步可以省）
2 取上一步优化得到的结构，做S1态优化：# PBE1PBE/6-311g(d) TD opt （TD默认是root=1，默认的nstates=3对于优化S1一般够了，所以这里只写个TD）
我做的第一步用的是# opt+Freq/lanl2dz 再做第二步（按sbo老师第二步做的）可以么？
我看的其他博客说第一步这样做 # opt b3lyp/6-311g(d) td再做第二步？
请问哪个是对的？
A:
当然我的是对的
显然可以
td opt都已经优化完了S1，还再做第二步作甚
----------------------------------------------------
2017.08.09 14:09:58
Q:
在气相下做荧光放射光谱与紫外吸收光谱两个图是一样的么？我做出来的是一样的。
A:
显然不一样，用的几何结构都不同
何况发射谱你还得把S1以上态的振子强度清零
----------------------------------------------------
2017.08.09 14:14:57
Q:
GaussView5.0.8稍微操作快点就会显示未响应，这样的操作速度在其它电脑上是可以的。没有安装任何电子词典，360杀毒关了，360安全卫士关了。重装了一次，也不行，请问什么问题？
A:
用5.0.9或6.0.16
Q:
之前有人告诉我没有g16不能用gv6.0.16,所以我一直用g5.0.8,今天试了试好像也能用。
A:
显然能用，只不过没法调用高斯和调用cubegen和调用formchk
----------------------------------------------------
2017.08.09 14:26:22
Q:
请问一下老师，dmol3结构优化的时候怎么处理虚频呢
两个分子放一起优化的时候有虚频能不能改变其中一个分子的构象呢
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.09 14:45:31
Q:
noeigen关键词有什么用？手册没查到，之前加上这个关键词解决了优化震荡问题
OA:
可以将两个结构的坐标平均一下试试
Q:
我之前试过好事，不过我得震荡和你的不太一样
A:
培训里都详细讲了啊
----------------------------------------------------
2017.08.09 14:49:36
Q:
[图片]
[图片]
大家可有什么建议？
这个怎么做呀？
我是做IRC
A:
赶快复习讲义里找过渡态那部分
基础班讲义必须从头到尾仔细复习至少两遍
Q:
[图片]这里是不是应该改成1.5?
A:
怎么解决震荡在培训里也都详细讲了，根本没提noeigen
----------------------------------------------------
2017.08.09 15:00:51
Q:
Sob老师您好，我做反应机理计算时直接使用的B3lyp 结果同实验吻合但审稿人说这是碰运气而已建议尝试其他泛函凸显趋势但是尝试M06-2x, M06-L, BP86, wB97X-D,PBE0等泛函，发现计算的趋势均同实验不一致，或者不足1 kcal/mol的差距，想请老师指点一下，谢谢您！
A:
用双杂化
其它普通泛函都没有相同趋势，则说明B3LYP撞大运确实有可能
如果是有机的，实际上只测试M06-2X和wB97XD就够了
Q:
确实是有机体系
A:
DSD-PBEP86-D3(BJ)如果结果也对不上实验，那就没指望了
Q:
上面两种趋势都不一致
OA:
MP2试试？
Q:
我是C版的高斯
A:
或者更严格的，用DLPNO-CCSD(T)算一把试试
MP2没有使用价值
都说了，上双杂化或者DLPNO-CCSD(T)
OA:
大博士，M06L的HF成分是多少呢
A:
0啊
OA:
怪不得我在讲义里没看到
A:
[图片]
[图片]
没仔细看而已...
----------------------------------------------------
2017.08.09 15:05:06
Q:
在输出文件中找最后的总结输出，奇数点相连，偶数点相连，分别是forward, reverse，origin做图，这样行吗？
A:
可以试试
----------------------------------------------------
2017.08.09 15:20:27
Q:
[图片]老师，我想看Cl离子和DCE的静电势的重叠情况，将分别得到的结构的pdb文件和相应vtx拖到VMD中，是这样的图，显然Cl离子（图红圈表示）和DCE的排布是不对的，应该是这样的排布才对[图片]请问是怎么回事呢，如何得到我想要的静电势重叠图呢
A:
分子结构的pdb文件和表面顶点的pdb文件都应当是Multiwfn导出的。高斯计算时会把输入结构的坐标摆到标准朝向下
Q:
是的老师都是Multiwfn导出的
A:
那不可能结构和表面顶点对应不上
你先重复一遍水二聚体的例子
Q:
结构和各自的表明顶点能够对上，但是两个结构对不上
A:
确保高斯计算时候用了nosymm
----------------------------------------------------
2017.08.09 16:09:44
Q:
[图片]老师，请教一下是怎样分开sigma和π的？如何计算？
A:
看原文里的说明，一般量化程序没法实现
----------------------------------------------------
2017.08.09 16:53:07
Q:
老师，我想问一下有讲自旋污染的帖子或者博文吗
A:
博文没有，基础知识可以看我传的这个，或者Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)书里的讨论
OA:
为什么很多人对自旋污染的问题这么敏感，按理说MP2敏感也就罢了，DFT怎么也是如此？
A:
因为他们不懂
这个词看起来又比较厉害
搞得新人人心惶惶
OA:
咱们这行挺缺德，会电脑都能捅咕两下，但是一旦入水，导出都是坑，一不小心就会没顶
还好我早日买了旧船票，登上了大博士的客船
A:
还有不会电脑的也鼓捣计算化学
以前是不会编程的都鼓捣不了计算化学
OA:
商业软件救了他们
----------------------------------------------------
2017.08.09 16:53:07
OA:
我记得有一种纸，印刷后定型，复印后纸上模糊一片，根本无法辨认
在美国，如果你的同学不经过你的允许抄袭了你的作业，都可以通过律师发函走司法程序，中国版权意识确实太差，怪不得高斯公司头疼中国市场
A:
水印麻烦，发给每人的都得改一下再打印，复印的时候老板肯定不干
但严格的版权也给知识普及造成了严重障碍
所以需要适度，适度允许盗版，但又不能由此给原创者带来严重损失，进而使得失去原创动力
OA:
这个时代，学知识要付费已经深入人心了，上学不花钱那是纳税人掏的腰包，不要把别人的辛苦当作自己无知的本钱，以上的话敬告那些私下传播讲义的人
A:
那个人在1号群
OA:
只要不是商业性用途，我同意大博士的看法
A:
那种赚黑心钱的盗版也就盗版了
赚良心钱的还是要支持的，尽量不盗版
OA:
主要还是不能太影响知识变现，要不然不是可持续发展。
我说我个人，我身边的人要看讲义，我都大方给他，有的拍了照，有的甚至做了笔记，但是要复印整体我一般都拒绝了，我说你有那些钱还不如去北京听他当面讲
而且还是最新版本的
A:
以前大学时候，很多教材其它人都是为了省钱去复印的，我就觉得这很不好，历来都是买新的或者二手的，何况书价又不像西方那么贵
OA:
二手教材很便宜的，有的二手的价格能买到新书
原来我也热衷于买盗版书，因为便宜，而且基本上都是为了应付考试。后来我买书是正版，基本上是工具书，正版书的印刷质量很好，而且不像盗版书那样纸张粗糙，还有一些书是为了收藏
A:
唯独书我从来不买盗版
----------------------------------------------------
2017.08.09 16:59:08
Q:
[图片]请问做优化计算频率时，summary中的这个能量是指什么能量？
A:
单点能
Q:
是最后一个结构的单点能吗？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.09 17:10:28
Q:
请教大家一个过渡态优化的问题，用小基组优化后的过渡态在小基组下的freq只有一个虚频，然而导出xyz坐标再用大基组算freq时却好几个虚频。。。
优化时的关键词：
[图片]
[图片]
大基组算频率时的关键词：
[图片]
[图片]
谢谢您的回答，所以就是这微小的几何结构差别导致同样结构时，大基组算的频率不对了吗？那就是像之前看到的那样，opt=ts的时候也要用上大基组了吧，瞬间感觉不爱了。。。
如果不是优化过渡态，单纯的几何优化，是不是就可以先用小基组，等加了溶剂模型算频率的时候再用大基组？
A:
显然不行，freq必须和几何优化一样
----------------------------------------------------
2017.08.09 17:57:41
Q:
老师，VMD做分子轨道图，怎么把原子之间的bond连上
A:
mouse-add/remove bond，点两个原子
Q:
老师，VMD连化学键只能手动一个一个添加吗。。。有什么办法自己识别吗？或者把成键信息导入cub文件里？或者再导入一个带化学键信息的pdb文件，叠加图层？
原子太多了，，晕掉了
A:
cub里没成键信息
使VMD根据pdb文件中的CONECT字段设定原子连接关系
http://sobereva.com/121
默认会自动根据原子间距离判断成键
----------------------------------------------------
2017.08.09 19:36:56
Q:
请问gaussview 里查看IR光谱展宽方式的地方在哪里？
A:
就是洛伦兹展宽，半高半宽右键属性里有
----------------------------------------------------
2017.08.09 20:09:04
Q:
我记得我在哪里看到过显示高斯展宽的，但是今天怎么都没找到
A:
高斯展宽对于电子光谱才用，仔细看
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
----------------------------------------------------
2017.08.09 21:08:31
Q:
请问Sob老师，在计算TDDFT时，输出文件中有以下文字
134 ->137 -0.14884
135 ->139 -0.21046
135 ->140 0.42407
136 ->143 -0.41465
请问后面的数字是什么？可以用来表示某种跃迁所占的比重吗
OA:
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
刚才看了http://sobereva.com/230这篇文章，对于闭壳层体系，跃迁系数平方和为0.5
但是输出结果中的那些系数平方和不是0.5啊，请问这是怎么回事
比如
Excited State 9: Singlet-A 3.2308 eV 383.76 nm f=0.0033 <S**2>=0.000
134 ->137 -0.14884
135 ->139 -0.21046
135 ->140 0.42407
136 ->143 -0.41465
谢谢
A:
[图片]
文章怎么看的
----------------------------------------------------
2017.08.10 09:10:47
Q:
我想请问下，在进行激发态优化的过程中能量一直震荡，应该怎样处理？
A:
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
----------------------------------------------------
2017.08.10 10:39:26
Q:
我们做了高压导致块体陶瓷相变的实验，我们想利用vasp计算模拟类似的相变趋势。
网上看到说利用PSTRESS可以施加高压，然后通过采用enthalpy来确定结构相变。
计算的时候这是压强通过PSTRESS, 比如压强为2Gpa, 那么PSTESS=20 ,同时设置的ISIF=4参数，这样设置可以么？求大神指导
另外计算完了怎么具体通过enthalpy来确定结构相变？
INCAR:
System=BNT_BT_P4BM
ICHARG=2
ENCUT=500
IBRION=2
ISIF=4
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
ISPIN=2
LWAVE=False
NELM=100
NSW=200
PREC=H
ALGO=VERY_FASE
PSTRESS=200
[QQ红包]我发了一个“口令红包”，请使用新版手机QQ查收红包。
大神在么
OA1:
大神在么
OA2:
大神在么
OA3:
大神在么
OA4:
大神在么
OA5:
大神在么
OA6:
大神在么
OA7:
大神在么
A:
一个问题不要发两遍
别在群里发口令红包，会导致刷屏
Q:
好的群主
不好意思群主
太着急了
OA:
这是要被踢的节奏啊。
[图片]这种问题发论坛更靠谱。
Q:
小木虫没人搭理我
A:
本群里说的论坛默认是计算化学公社论坛
小毒虫现在谁还去
OA:
AD虫
计算化学公社论坛，我在里面问的超白痴问题都有各种大神回答。。
小毒虫的回复都是。。欲知更多XXX，请下载APP
简直了！
A:
对于量化类超简单的问题我都一般都归到简单量化问题答疑专贴里，免得露在明面上降低主题帖平均水准
OA:
哈哈，小毒虫，哈哈哈哈
《简单量化问题答疑专帖》里的回复好像没法直接检索
A:
首页的google搜索框可搜索
----------------------------------------------------
2017.08.10 10:39:26
Q:
请问《实用计算量子化学》和《量子化学波函数分析》这两本书大概什么时间能出版？
A:
不好说
Q:
期待好久啦
OA:
催稿同期待[图片]
Q:
估计很多人在等待，一直在等待
----------------------------------------------------
2017.08.10 10:47:10
Q:
请问有分子动力学的群吗
A:
本群讨论范畴就包括分子动力学，科音也开分子动力学的班
----------------------------------------------------
2017.08.10 10:57:59
Q:
我想问一下，现在高斯支持的lanl-DZ到几了？谢谢啊
A:
RTFM
----------------------------------------------------
2017.08.10 11:48:36
Q:
各位老师，请问有人知道遂穿因子计算公式吗？
A:
使用KiSThelP结合Gaussian基于过渡态理论计算反应速率常数
http://sobereva.com/246
kisthelp原文里也介绍了wigner和eckart
----------------------------------------------------
2017.08.10 12:36:40
Q:
[图片]老师您好，在这个公式里面虚频的单位和在高斯中读出的一样吗？
例如[图片]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.10 13:20:20
Q:
各位前辈，我在用CCSD(T)算单点能时，出现 ”Unrecognized potential number 6 in GetPot.“的提示，输入的是 # CCSD(T)/genecp sp 请问应该怎么修改？谢谢大家
A:
赝势定义格式不对
照着检查
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
----------------------------------------------------
2017.08.10 13:24:01
Q:
各位老师，小弟有个问题困扰很久想请教一下，我有一个有机分子，有大的共轭体系，基态下，通过π-π作用结合到一起，我用光激发，分子变成激发态，之后，我猜测两个分子通过跃迁偶极矩的出现，相互排斥开，我现在已经做了轨道的部分东西，想知道还有什么方法能够证明我的分子激发态之后具有排斥作用，aim等方法是否可以解决这个问题，谢谢！！！！
A:
排斥和跃迁偶极矩没关系，反倒是如果形成激基复合物，会结合得更紧密
Q:
分子激发之后，是不是在大的共轭体系上出现相应的正负电荷，产生排斥呢？
老师，您说的这个激基缔合物是什么样的，通过什么作用力结合到一起的
A:
去搜excimer、exciplex，一堆资料，wiki上也有
----------------------------------------------------
2017.08.10 13:57:12
Q:
请问液相中的总电子能加上气象中的thermal correction to the Gibbs free energy，是否等于液相中的总自由能
另外，一种粗略但比较省事的计算溶剂下焓或自由能的方法如下：
(1)用opt freq优化结构同时获得焓或自由能的热校正量（获得焓的热校正量时建议用ZPE校正因子）。溶剂模型是否需要用看情况
(2)在(1)的结构下结合溶剂模型用高级别计算单点
然后将1和2的结果相加即可。此种做法步骤少，但相当于是在高级别下计算了溶解自由能，会比在溶剂模型专门参数化的级别下算的溶解自由能精度低。
这个是否就是刚才说的气相中的自由能的热校正量加上液相的单点能为液相的总自由能
A:
是
----------------------------------------------------
2017.08.10 15:33:37
Q:
[图片]
请问kinetic density展成密度矩阵跟基函数是这样的么？
A:
动能积分矩阵元(i,j)应该是χ(i)*▽2 χ(j)
Q:
这个 /tau 是metaGGA用的那个，我马上查查动能积分矩阵元(i,j)这块
A:
你那种写法是拉格朗日动能密度
我那个是哈密顿动能密度
meta-GGA里是用你那种
Q:
非常感谢，我的还要对基函数梯度取模吧
我在Multiwfn里面两个都找到了
Lagrangian kinetic energy G(r):
Hamiltonian kinetic energy K(r):
可以比对结果
A:
Multiwfn里都是基于轨道来计算的实空间函数
[图片]
你要是用密度矩阵的话，是这样
[图片]
Q:
非常感谢！
请问，Multiwfn怎么做到直接基于轨道计算啊。轨道最终还是的展成系数跟基函数啊。
A:
就是基于轨道系数和基函数计算
确切来说是基于轨道系数*收缩系数和GTF计算
Q:
嗯嗯，那就等价了。Multiwfn也能计算基函数在特定点的值吧.
A:
可以，但得先在程序主功能6里修改轨道展开系数，只保留一个基函数的系数并令其系数为1
----------------------------------------------------
2017.08.10 15:46:07
Q:
请问：
m062x原始文献中只说 We recommend the M06-2X functional for applications involving ....noncovalent interaction ... ... 。并没有说泛函本身包含了色散矫正。
但看到很多都说 m062x 是dispersion-corrected density functional theory。这些人是不是都在胡说啊？？想考虑色散，要么用dft-d, 即使是m062x也得用 m062x-d, 要么用 b97xd，wb97xd之类的，我这样说对么？
A:
能描述色散作用不代表非得用色散校正
当泛函本身就能描述好色散作用，何故还非得用色散校正
只不过用了色散校正结果还能有一丁点改进而已
Q:
sob老师，我的意思是说，有人非说 m062x 是 dispersion-corrected 泛函，这种说法应该是不对的吧。
A:
完全错误
----------------------------------------------------
2017.08.10 16:00:28
Q:
大家好，求G09的引用 endnote 文件
A:
官网上有
Q:
群主我找了官网可是不是 enw 或者endnote 可用文件是给的一段文字
A:
[图片]
http://gaussian.com/citation/
Q:
谢谢 sobereva老师
不过这个是G16?
A:
稍微改改不就完了
提问的这会儿功夫早改完了
----------------------------------------------------
2017.08.10 16:00:56
Q:
sob老师，我看到好多文献在描述材料性质的时候都会做原子的自旋布局分析（大部分用的词语是spin density）。这个分析除了判断自由基更容易在哪成键，还有其他的作用吗？还是说只是把结果列出来一下呢？
A:
谈谈自旋密度、自旋布居以及在Multiwfn中的绘制和计算
http://sobereva.com/353
对考察体系电子结构特征，局部磁性什么的都有用
----------------------------------------------------
2017.08.10 16:16:50
Q:
老师，请问一下，您知道xyz格式的文件能用哪个软件打开不？
A:
Multiwfn、VMD等
Q:
我用multiwfn载入就自动退出了
是不是文件有问题啊
A:
9成有
----------------------------------------------------
2017.08.10 16:50:01
Q:
最近在用QST2寻找反应过渡态，但是由于反应物和产物的结构差别较大，经常出错无法顺利。网上说需要添加虚原子等方法，请问在调整结构的时候有什么原则需要遵守的呢？虚原子添加的目的是什么呢？
A:
别信网上的
差别较大往往根本就不是基元反应
凭人的化学直觉都不好猜，靠QST2能猜出合适的过渡态就怪了
虚原子和这毫无关联，网上各种误人子弟
Q:
好的吧
因为我这个是分子内的反应，是不是应该多步来做，该反应主要涉及：一个原子的迁移以及相应的双键转位，同时还涉及一个六元环的构象翻转
A:
是
----------------------------------------------------
2017.08.10 16:52:28
Q:
请问公社邮箱8的用户名和密码变了吗？想下个东西
A:
公社邮箱早已停用
Q:
我想要Discovering Chemistry with Natural Bond Orbitals，在那里有呀
A:
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
----------------------------------------------------
2017.08.10 16:57:16
Q:
[图片]
各位大神图片里面的TMS的屏蔽值是他四个碳的屏蔽值的均值吗？
A:
都是等价的，数值一样
Q:
对都很接近的
[图片]
假如是这样的我随便取一个就好还是取个均值好呢？
A:
你这是因为积分格点精度不够高导致的不对称，或者优化时候没用应用的点群
取平均
Q:
用的 ultrafine
A:
即便int=ultrafine，CPHF部分用的格点精度还算不上多好，这才是最直接影响结果对称性的
Q:
好的反正碳谱一般保留一位小数
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.10 17:09:18
Q:
老师，过渡态寻找的结果直接得到产物分子，是不是给定的初始状态就错了？之后应该怎么处理？
A:
初猜结构不合适
----------------------------------------------------
2017.08.10 19:02:16
Q:
麻烦问一下sob老师：我尝试做一个含有Eu的分子的几何构型优化，看了一下您的关于赝势博文，输入关键词#p opt b3lyp/genecp geom=connectivity ，其中Eu的赝势基组的定义是拷贝的博文提到的网站上的ECP28MWB_GUESS 和ECP28MWB 里面的数据，然后报错是： [图片] 接下来该如何改正? 谢谢老师啦！
A:
写SDD用内置的不就完了，干嘛去网站上拷定义
OA:
可以参考prof. Dolg网站赝势基组我之前一直做这个
Q:
麻烦再问下老师，我尝试了直接写关键词SDD或者写对应的MWB28，依旧出现上述了报错，是不是输入文件还有其他的错误.?不怎么明白。
啥网站，可以发个链接吗？
A:
上传输入文件
100%是格式不对
Q:
好
A:
链接就是这里头的，目前没必要去看
在线基组和赝势数据库一览
http://sobereva.com/309
OA:
明显格式不对
A:
干嘛空两行
----------------------------------------------------
2017.08.10 19:45:12
Q:
格式修正，没能正常运行，仍然是错的，老师我是不是还有什么意想不到的错误。麻烦老师了。
A:
上传输入输出文件
----------------------------------------------------
2017.08.10 19:47:09
Q:
请问，第一原理分子动力学和普通的分子动力学有什么区别啊？
OA:
前者是从头算
Q:
那个DFT不没区别了啊
OA:
亲，这是动力学呀，是研究动态的
Q:
是不是前者更加精确点啊
OA:
√
Q:
一般几何后也有一个轨迹文件
OA:
那个是几何优化的过程，找最优结构，不一样的
Q:
感觉这个和半经验差不多了
哦哦，明白，谢谢啦
A:
区别在于MD时候能量、受力是基于量子力学计算得到的还是靠经典的势函数得到的
Q:
社长！太专业，直击要害
A:
即便是基于半经验或DFTB做的MD，非要归，也是归到AIMD
----------------------------------------------------
2017.08.10 20:37:45
Q:
老师好，我想请教下轨道的对称性是从哪得到呢？如下图的第一行[图片]
A:
输出文件里就有
Q:
是不是在单点能计算的log文件里呢？
A:
y
培训不都讲过么
Q:
我记得是讲过，不过跟不上sob老师的节奏.........
A:
[图片]
赶快复习
看来适合初级班
----------------------------------------------------
2017.08.10 20:54:52
Q:
[图片][图片]请问老师，该分子的HOMO轨道的图是用什么软件做的啊，怎么去掉H，还能导出HOMO轨道呢
OA:
可以通过编辑cub文件实现
右键可以不显示氢的
A:
Multiwfn+VMD也能作
----------------------------------------------------
2017.08.10 21:10:57
Q:
我感觉你截图的轨道对称性跟我想要的不太一样？那些29e，28a1如何得到呢？
A:
怎么不一样
28、29是轨道序号
不懂不可约表示的符号去看《群论在化学中的应用》
----------------------------------------------------
2017.08.10 21:19:23
Q:
sob老师好，自定义溶剂模型时，找不到所设溶剂的eps数据的时候有什么好办法吗
A:
找个特征相似的溶剂凑合用
或者做MD，计算模拟出eps
Q:
高斯应该可以跑分子动力学吧这方面的计算还没做过....
A:
可以，但没法用来模拟eps
需要用gromacs、NAMD等
Q:
好的我去学习一个谢谢老师~
----------------------------------------------------
2017.08.10 21:41:44
Q:
[图片]chemd3D中，要旋转整个苯环分子,如何实现呢？
绕链接轴旋转，我自己想微调
嗯嗯，GV调整起来方便
chem3D可以实现吗
好的，我用GV调整二面角
A:
按住shift点四个原子选中，右键-display dihedral measurement，然后在窗口里输入目标数值
----------------------------------------------------
2017.08.10 21:43:16
Q:
各位老师我想问一下，优化开壳层单态应该怎么做呢？
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
再写个opt就完了
----------------------------------------------------
2017.08.10 21:45:38
Q:
老师们，求助软件crystallexplorer和diamond的中文使用教程
A:
前者不可能有，后者google，或许有点零七八碎的中文资料
【链接】Anauto-update&evaluatedGooglemirror...
http://www.wangruixing.cn/cccftp/G.html
会翻wall、会用google镜像是搞科研的必备技能
----------------------------------------------------
2017.08.10 21:45:38
Q:
各位老师好！能不能请教一下：把调节步长iop(1/8=10)放在opt的括号中和括号外有什么区别？
A:
不能放在opt里面
Q:
谢谢sob老师
----------------------------------------------------
2017.08.10 21:45:38
Q:
sob老师您好！multiwfn可以计算nrt吗？用gennbo经常出错，说共振结构太多
A:
不能
----------------------------------------------------
2017.08.10 22:18:59
Q:
[图片]通过笛卡尔坐标系构建分子立体结构，这些数字指的是真实的长度（埃）吗？
A:
不是长度，是绝对坐标
Q:
我要画一个文献当中的已知分子，如何能够知道这些数值呢？
OA:
看SI
Q:
嗯是绝对坐标，单位是埃吗？
A:
是
某些SI里面用的是波尔，一般都会注明
Q:
哦哦，好的
以前学化工的，凭兴趣爱好自学量子化学，问的问题有些幼稚，各位还请见谅啊
[图片]
这种的可以复制到笛卡尔坐标系中吗？
还需要一个个把原子，自己填进去?
A:
直接复制
OA:
atomic number包含了原子种类信息
A:
最简单就是利用ultraedit等编辑器的列模式，复制到gjf里头。gjf里可以用元素序号表示元素
----------------------------------------------------
2017.08.10 23:10:12
Q:
想做一个Franck-Condon模拟，如下是输入文件，却报错：This type of calculation cannot be archived。
请问有谁知道是什么原因吗？
A:
不是报错
Q:
请问输出正常吗？
A:
一看不就知道
----------------------------------------------------
2017.08.10 23:28:11
Q:
请问老师，能否通过计算不同温度下构像的波尔兹曼分布去解释变温核磁里面的构像比例变化？
A:
可以
----------------------------------------------------
2017.08.10 23:28:11
Q:
另外再问下老师，对于可能存在分子内弱相互作用的体系，计算级别用m062x-d3/def2tzvp//b3lyp-d3/6-31g（d,p），所得的结果能用吗？和实验结果对不上，我是不是应该加上弥散函数呢？
A:
优化应当用6-311G**
没必要换泛函
单点应当用ma-def2-TZVP
----------------------------------------------------
2017.08.11 09:18:30
Q:
请问sob老师，Multiwfn中iuserfunc=0代表什么意思呢，我看手册中没有说明。谢谢
A:
不可能没说，手册里搜iuserfunc
----------------------------------------------------
2017.08.11 09:23:55
Q:
老师们好，请问用Multiwfn中的轨道成分分析中的NAO分析可以进行片段分析吗
[图片]
我设置了片段一后出现上面的界面
没有-2的选项呀
用的3.35
A:
用-1定义片段不就完了，本来就没-2选项
----------------------------------------------------
2017.08.11 11:18:07
Q:
请问现在有没有波函数和dft之外的第三种理论呀？
A:
多了去了，QMC、Density-cumulant functional theory等，说法问题
----------------------------------------------------
2017.08.11 11:28:14
Q:
It is intriguing that the authors report using the M06-2X functional, but then base the whole discussion on Hartree-Fock energies. 这是稿件中审稿老师提的意见，请各位老师指点下，谢谢
OA:
不是HF能量，是DFT单点能
Q:
那Hartree-Fock energies是不是用HF方法计算出来能量的统称啊？
OA:
是。审稿人告诉你不该这么叫你的能量。叫DFT单点能/电子能就可以了
Q:
谢谢
----------------------------------------------------
2017.08.11 12:12:04
Q:
%chk=SiH3SnH
%nproc=4
%mem=4GB
# CCSD(T)/Gen Pseudo=Read sp
Title Card Required
0 1
Si
H 1 B1
H 1 B2 2 A1
H 1 B3 2 A2 3 D1 0
Sn 1 B4 2 A3 3 D2 0
H 5 B5 1 A4 2 D3 0
B1 1.48610101
B2 1.48882905
B3 1.48882905
B4 2.69847300
B5 1.78480931
A1 107.21731390
A2 107.21731390
A3 113.53757380
A4 87.77856947
D1 114.86919388
D2 -122.56540306
D3 180.00000000
Si H 0
6-311++g(3df,3pd)
****
Sn 0
S 3 1.00
1.600322 0.635768
1.166341 -1.076262
0.239761 0.608582
S 1 1.00
0.087237 1.0
P 3 1.00
2.104677 0.078950
1.371094 -0.191159
0.201393 0.542546
P 1 1.00
0.065995 1.0
****
Sn 0
ECP46MWB 4 46
G-Komponente
1
2 1.000000 0.000000
S-G
2
2 1.969725 67.925347
2 0.972375 -7.478546
P-G
2
2 1.999210 56.602880
2 0.999042 -2.161776
D-G
1
2 0.500361 2.576336
F-G
1
2 1.230880 -10.109253 sob老师，这是我的输入文件，最后的输出结果还是Unrecognized potential number 6 in GetPot. 这种情况要怎么解决呢？谢谢老师
A:
大段信息直接上传输入文件，不要直接贴出来，否则会刷屏
删掉连接关系，自定义基组前头不要空两行
删掉sp
Gen Pseudo=Read改成genecp
Q:
好的，老师，下次一定改正，谢谢sob老师
老师，连接关系是不是指内坐标包含的原子连接信息？
A:
不是，就是geom=connectivity读入的那些
----------------------------------------------------
2017.08.11 12:23:20
Q:
iuserfunc = 0 是默认的，好像是指常数？
OA:
iuserfunc的其他表示我在2.7看到了，但是没找到iuserfunc=0的含义是什么
A:
默认的，什么也不计算
Q:
相当于关闭
----------------------------------------------------
2017.08.11 12:23:20
A:
JCC新文章测试XYG3
[图片]
还是没有和近10年来的双杂化泛函对比
只对比了06年的最老的双杂化
OA:
M06-2X比CCSD好
A:
论(T)的重要性
OA:
这两个泛函都比一般的post-HF好很多……
还是测反应能更符合直观(比原子化能)
XYG3 特别加粗。。难道是AD XYG3？
A:
然
明明RMSD上看M06-2X很好，结果IRC曲线居然没有和M062X的对比，匪夷所思
[图片]
[图片]
OA:
CCSD(T)的IRC用什么程序算？
同类双杂化泛函就拿了个最烂的比较。。
IRC不是要和优化一致的么。。MP2 level咯
A:
[图片]
OA:
然后每个点提取出来再精算？
A:
MP2产生IRC，再用其它的算单点
OA:
果然
啊没注意
才3个重原子，6个过渡态，自己搞一把
搞出了XYG3，之后的paper可以有一堆
Benchmark毕业真方便
A:
下苦功搞个方法，然后再靠应用赚文章
先苦后甜
OA:
应用是指程序吗？
不过搞方法要看你“耐得住寂寞”不
好方法周期很长
A:
苦的期间难在顶住毕业压力并且保住职位
----------------------------------------------------
2017.08.11 12:30:28
Q:
老师您好我想问下我做amber动力学给有机小分子生成参数，然后添加TIP3PBOX 溶剂模型，生成prmtop 和 inpcrd文件。第一步进行minimization，对有机小分子添加cartesian restraints, 只对水分子进行minimization，但总是提示我 Error on open XX.inpcrd 文件。试了很多遍，最后把inpcrd文件改成crd格式，然后正常运行了。请问这是怎么回事啊？
A:
按说这俩是一回事，不应该区分后缀
反正能跑就完了
----------------------------------------------------
2017.08.11 13:31:30
Q:
Sob老师好~
Marcus理论预言反转区对应的物理图像中，交叉点横坐标在反应物体系与产物体系之外，这个应该怎么理解呢？反应物采用了“曲线救国的”反应路径，实际中是否有对应如此的反应历程？
看到一些计算讲有反转区的论文，多是算出重组能跟反应能变，然后通过两者相对大小来说这个反应在反转区；那有没一些论文通过计算确定势能面交叉形式类似Marcus此处所描绘的图像来证明找到反转区呢？还是说这种证明从原理上来说就不能实现？
[图片]
[图片]
A:
这个建议发在论坛里讨论
----------------------------------------------------
2017.08.11 14:46:58
Q:
问一下各位老师，是否使用溶剂模型在比较两个配合物的能量的定性判断的时候影响大吗？
A:
一般不大，除非是局部带显著电荷的体系，或者两个构象本身能量就很接近
----------------------------------------------------
2017.08.11 14:48:58
Q:
[图片]各位老师，用Gview做这种电子自旋密度图的时候，是不是和ESP图一样，也是先选Total density做出格点数据，之后再选择spin density？通常也采用电子密度为0.002的等值面吗？
A:
是
Q:
谢谢sob老师。但是为什么文献里的图整体是绿色的，而我的整体是白色的呢？
A:
色彩刻度问题
或者显示设定问题，诸如之前按我博文的做法改过
Q:
我是按照您博文里ESP图的做法做的。如果要做成类似文献里的图，您知道该如何设置吗？
A:
还回默认设置
----------------------------------------------------
2017.08.11 16:37:17
Q:
[图片]
[图片]DFT-Poll是不是写错了
A:
对DFT-Poll兴趣为0，不参与
----------------------------------------------------
2017.08.11 17:21:10
Q:
想请教大家一个问题，就是我跑分子动力学体系(膜），跑着跑着水里的离子（KCl)全都聚在一起了？你们见过这样的情况吗？
A:
盐浓度太高，或者力场的离子参数有问题
OA:
模拟出了水中过饱和KCl的结晶？
A:
以前用amber力场计算浓度略高的NaCl，就结晶了，换其它力场就没事
----------------------------------------------------
2017.08.11 17:25:25
A:
有相同不可约表示的轨道的序号是连着的，诸如6a2是指有a2不可约表示的第6个（按能量顺序排），不是指第6号轨道
----------------------------------------------------
2017.08.11 17:30:05
Q:
请问老师，尝试用Multiwfn3.4.1做Pipek-Mezey orbital localization分析，能否像AdNDP分析时一样导出cube文件么？
A:
做完PM之后，内存里的轨道就已经变成定域化轨道了，按此文的做法导出cube文件就完了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2017.08.11 22:35:58
Q:
orca公司成立了？
看了一眼这个网站
[图片]
不知道ORCA会卖多少钱
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.12 07:58:10
Q:
咨询一下sob老师，这个ONIOM模型，能加色散矫正吗？ONIOM(pbe1pbe/6-31g(d):UFF=QEq)。这个empiricaldispersion=GD3放在里面还是外面？刚刚我测试了一下，不管放在外面还是里面，出错。[图片]谢谢老师指点。
A:
ONIOM没法加色散校正
直接用带D的泛函或M062X才行
----------------------------------------------------
2017.08.12 09:11:54
Q:
请问老师，这个提示是怎么情况？分别载入都可以，顺序载入就出现这样的提示。
[图片]
A:
后面别写空格，逗号如果是全角打成半角
Q:
谢谢Sob老师，可以了!
----------------------------------------------------
2017.08.12 09:11:54
Q:
请问CCSD（T）最多可以算多少个原子？
A:
看基组，看体系，看机子
Q:
一般情况像cc-pVDZ的基组，13个H原子，20个重原子可以用CC计算吗
A:
毫无意义。CCSD(T)最低最低def2-TZVP
若def2-TZVP都用不起，还是用DLPNO-CCSD(T)去
Q:
好的，谢谢老师
OA:
DLPNO-CCSD(T)和CCSD(T)最主要的不同在哪儿？前者应该是后者的近似吧。
A:
是
OA:
嗯嗯
ORCA手册里有一打DLPNO-CCSD(T)的AD
A:
ORCA真是不得了
不过很多功能做得风生水起，M06-2X的解析Hessian愣是不支持...
还有很长的路要走
溶剂下也没解析Hessian
OA:
它的SCF，默认设置实在是无力吐槽。。
IRC……
A:
ORCA基本上还是单点神器阶段
OA:
但是，实际上用的多的还是各种性质神马的
ORCA对于 DFT ，其默认SCF收敛松，积分格点默认也是粗糙，最奇葩的是默认开启 “iop(5/13=1)”/流汗
A:
不过相对而言，ORCA干翻高斯容易，高斯干翻ORCA难
OA:
为何这么说
A:
ORCA自动代码生成工具已经很成熟，估计高斯这方面都还没起步
OA:
嗯嗯
还免费
商业软件还是有一些机器写的
电子积分用代码写容易
OA:
其实除了版权问题，很多用户用ORCA都是冲着单点去的
像CC这种，要是用代码写，不知道会多么大
A:
[图片]
[图片]
可以说Neese已经把装备制造业都搞妥了
其实被Neese害得最惨的还是德国的两大商业量化程序，高斯相对还好
OA:
m和t
A:
y
OA:
要是把mrci搞好了
那~嘿嘿嘿
A:
卖点都被ORCA打掉了
OA:
Werner也在考虑免费了
A:
ORCA要是把旋轨势、RI-CC2/3支持了，T就基本彻底玩完了
OA:
不知道老一辈的对ORCA怎么看。
A:
m的定域化轨道电子相关方法、F12、CASSCF、多参考等强项也都被超过或即将超过了
拳怕少壮
老前辈ahlrichs已经挂了
werner...
grimme和ORCA的亲密程度甚至都超过旧爱turbomole了
----------------------------------------------------
2017.08.12 09:20:48
Q:
老师请问如果基组就是cc-pVDZ-DK带有标量相对论效应的，还用加关键词Douglas-Kroll这个吗？
A:
基组没法体现标量相对论效应
而是：相对论计算必须用专门优化的基组
Q:
那用这种专门优化的基组还用加Douglas-Kroll这个关键词吗
A:
显然得用
这又不是相对论赝势
Q:
也就是说专门优化的基组得跟Douglas-Kroll这个关键词配合使用才是正确的相对论计算方法，只有专门的优化基组无法完成，是吗？
A:
显然是
Q:
好的，谢谢老师
----------------------------------------------------
2017.08.12 09:20:48
Q:
请教各位前辈，德国应化一般接收纯模拟文章么？
那动力学的呢？
接收的概率大么？
我是看到量化的文章不少，纯动力学的有点少
A:
经典MD的在angew上极少见
量化还多点
----------------------------------------------------
2017.08.12 09:30:55
Q:
请教各位前辈用Gaussian的 cubegen 算LUMO+2 该怎么写input文件呀？谢谢
A:
用multiwfn多好
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
----------------------------------------------------
2017.08.12 10:17:53
Q:
[图片]请问，用gs算resp时在载入pdb时，出现错误，查询说是原子的名称不对，要换成与pdb对应的名称，而且残疾名也要一致，请问这个这么换呢？谢谢
A:
是残基不是残疾
pdb有残基名的段落
Q:
可以帮我举个例子么
谢谢啊，从网上截图直接就给截过来了
A:
[图片]
Q:
可是在计算获得的prep文件中没有残基标识啊
A:
文本编辑器打开，里面有
----------------------------------------------------
2017.08.12 10:22:26
Q:
[图片]请问老师，这种图用什么软件弄得（感觉和Mulitiwfn差不多的样子）
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
将分子结构图和Multiwfn绘制的平面图准确合并的方法
http://sobereva.com/274
他那个图8成是错的，求差时原子坐标没对应
Q:
谢谢老师的回答
那个不是平面图的
A:
怎么不是平面图
明明就是平面图
Q:
[图片]
A:
这不写明了就是平面图
----------------------------------------------------
2017.08.12 11:19:40
Q:
老师们，我想请教一个问题。就是在做ELF图时，能把图旋转角度吗？
A:
multiwfn里根据原子选择顺序不同，角度也不同，示意图看手册3.5.2节。自由旋转只能ps
----------------------------------------------------
2017.08.12 14:53:05
Q:
请问sob老师，在计算KIE的时候，怎么样把分子中的H换成D呢？或者怎么提现这个原子是D原子呢？
A:
看用的程序
Q:
好的，谢谢sob老师。老师，那如果用的是高斯，请怎么怎么设置呢？
A:
H改为H(iso=2)就代表D
----------------------------------------------------
2017.08.12 14:55:27
Q:
如果在找的过渡态中-DE/DX一直都是负的有问题吗？
A:
无
Q:
那是不是此时就是绝对值<0.02就是接近过渡态了？
A:
别看这个
直接看收敛标准判断情况
----------------------------------------------------
2017.08.12 14:58:16
Q:
大博士，说好的ORCA的PPT在哪里……
A:
并没有说好
----------------------------------------------------
2017.08.12 15:01:42
Q:
[图片]这样的波动要停掉吗？
A:
[图片]
Q:
嗯
A:
结果还是问的培训里的问题
----------------------------------------------------
2017.08.12 15:07:02
Q:
[图片]
现在6应该差不多了，剩下的还在待命中
A:
这都是旧话了
(1)、(8)以后会写单独的程序
Q:
老调子也能弹出新意
A:
ADF太黑，以后不考虑支持
4 在显示效果方面已经改进很多了。
(5)现在没兴趣了
(6)搁浅了
Q:
RDF？
OA:
sdf
Q:
[图片]
我还真没感觉到这里说的问题
可能我一般不用他看等直面，都是用VMD或者IQmol
A:
当前版本已经解决这段文字说的问题了
----------------------------------------------------
2017.08.12 16:26:23
Q:
老师，我在用gromacs计算RDF空间分布函数时得到了grid.cube文件之后怎么得到类似如下所示的图形[图片]
A:
放到VMD里显示等值面
----------------------------------------------------
2017.08.12 16:26:23
Q3:
[图片]就Sob一个管理员，不能老看着呀
Q4:
没事，我退了。
Q1:
我遁了
Q2:
[图片]看群规..还是觉得社长挺有风骨了..
Q5:
都是成年人了，世界观也不会因为两句话就改变，意见不同说啥也改不了，实在不顺眼还是线下干一架解气
Q1:
那有那力气还不如去钓鱼岛镇守呢
ZF不出钱，就让群里的这些看不惯我的去镇守，说不定能早日收复台湾
[图片]
A:
以后群内出现政治问题辩论的时候不要参与讨论
Q1:
好，交给大博士处理
A:
稍一不留神群里就吵起来了
Q3:
[图片]
A:
成员应自觉维护群内和平稳定
----------------------------------------------------
2017.08.12 17:58:34
Q:
老师，我在做SDF空间分布函数时，一定要把中心分子置于盒子中心吗？
A:
不是必须在盒子中心，放在盒子中心好处是尽量避免格点数据被盒子截断
----------------------------------------------------
2017.08.12 19:18:45
Q:
请教下，charge density difference 跟electron density difference是不是同样一个意思都表示密度差呢？
O1:
[图片]
Q:
懂了！谢谢大神
今天看好多文章都在用不良叫法
搞的都糊涂了
Q:
我见得99%文章都用的charge这个词，不确定差分电荷密度到底哪个更正规，之前有人说这两个密度不是一个东西，搞不懂，希望有人说一下到底哪里不同。
不过我确定charge densities这个词绝对是正规的用法，前国际晶体协会会长专门研究这个的，文章都是用这个词。
A:
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Q:
谢谢，我看看
OA:
“用的人多”！=“正规”；“正规”！= 好 / 清楚
A:
+1
----------------------------------------------------
2017.08.12 20:02:14
Q:
请教下卢老师，方法PBE-D3(BJ)，基组cc-pvtz在G09输入文件中如何构建
OA:
PBEPBE/cc-pvtz EmpiricalDispersion=GD3BJ
假设你用的是G09 D版
Q:
那D3(BJ)呢
我是B版
OA:
B没法用
Q:
那怎么办
OA:
换版本
或者用超算，深圳超算是D版本的
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
Q:
老师您也建议用超算吗
A:
否
Q:
那怎么改进呢
A:
自己买机子
OA:
可以在淘宝上租
Q:
呃呃看来还有一定难度
OA:
应该说自己买 G09 D版
A:
现在已经不卖G09了
OA:
贱一些就是用不带d3的算完，找grimme的小程序算个d3加上，然后讲下怎么来的
A:
直接用ORCA就完了
要不然没法带D3优化
OA:
用external
A:
太麻烦
B就用wB97XD或M062X就完了
----------------------------------------------------
2017.08.12 21:09:09
Q:
请问各位老师，在用高斯进行KIE计算时，如果我只需要将指定某个或者某几个的氢原子换成氘原子，怎么样才能指定呢？上午sob老师说的H（iso）=2是在高斯关键词里设置的将分子中的所有H全部换为D的方法吗？
sob老师您有时间帮我解答一下吗？
A:
哪个设成D就把哪个H替换成H(iso=2)
----------------------------------------------------
2017.08.12 21:45:07
Q:
老师，在gromacs中，我怎么找到在盒子最中心处的某个分子？
A:
用VMD看
----------------------------------------------------
2017.08.13 08:27:59
Q:
请问下老师，计算体系中带有金属K，给K用全电子还是赝势好？
A:
全电子
----------------------------------------------------
2017.08.13 09:00:21
Q:
各位老师，请问在计算两个分子的相互作用能的时候，BSSE是一定要考虑的吗，如果是类似于氢键和经典相互作用这样相对较强的时候可以不计算在内吗？
A:
算相互作用能尽量考虑BSSE。优化和振动分析不用考虑
----------------------------------------------------
2017.08.13 09:19:55
Q:
请教下老师计算π体系弱相互作用用B3LYP存在的优缺点
A:
No.1 乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
----------------------------------------------------
2017.08.13 11:06:16
Q:
各位老师，请教一下高斯怎么计算同位素的非谐性频率呢？
A:
iso设定同位素，做freq=anharm
----------------------------------------------------
2017.08.13 17:16:23
Q:
请教下老师[图片]这句话中说MP2存在缺点的mixed results ，想问MP2究竟存在什么mixed，参考文献是一本书根本没提到mixed results
A:
看具体语境，否则没法说
----------------------------------------------------
2017.08.13 18:30:16
Q:
[图片]老师请问这个公式里的F和V是高斯优化激发态构型时给出的这个能量和振子强度吗[图片]
A:
看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.08.13 18:36:12
Q:
请问社长，如果优化一个结构，gview判断为Cs对称性，高斯输出为C1，这种情况应如何解决这种不一致呀
A:
看到底是对哪一步而言的，最初结构还是最终结构
对称性问题这里有详述
谈谈Gaussian中的对称性与nosymm关键词的使用
http://sobereva.com/297
Q:
社长，如果是最终结构呢
A:
如果输出文件里最后一步判断成C1，但是gview里对最后一步判断成Cs，说明gaussian判断标准太严，姑且可以当Cs
----------------------------------------------------
2017.08.13 19:13:46
Q:
[图片]老师这里面的单位是不是电耦极矩用的debye 能量用eV
如果实验数据是25ns 我计算的数据是他的三倍合理吗？
A:
都是a.u.
振子强度输出文件里直接读就完了
没法说合不合理，顶多说正常误差范围
----------------------------------------------------
2017.08.13 19:45:51
Q:
sob 老师，在算TADF分子的deltaEST的过程中，如果算绝热能差，是不是两个第一激发态的频率也都得进行计算，这样的话在出现虚频就得重新优化激发态，可是优化激发态时很多时候还是得到与第一次优化时相同的结构，所以按照基态分子的消虚频的方法很难搞定。这一段时间一直陷入这个问题中，sob老师能不能给个建议啊？
A:
就是常规解决虚频的做法，根据具体情况选择，没有特殊性
----------------------------------------------------
2017.08.13 21:28:59
Q:
请问老师，对于过渡金属的自旋污染，在高斯的输出文件里是after之前的还是之后的数值呢？谢谢
A:
用之前的判断
----------------------------------------------------
2017.08.13 22:00:21
Q:
请问老师，我用gaussian模拟拉曼，这个拉曼的准确度在多少以内算好的呀。比如我模拟值是a，实际值是b
那么（|a-b|）/b在多少以内算好的呀。是这样评价的么？
A:
单纯对于优化目的，loose对大体系往往够用
但是很容易导致虚频。而且大体系的低频模式也算不准
一般不用相对值来说，一般直接用偏差的波数绝对值来说准确度
Q:
哦，谢谢您的回答。那偏差的波数绝对值一般在多少内算稍微准确呢
A:
<30吧，每个人心理标准不一样
----------------------------------------------------
2017.08.13 22:12:29
Q:
scihub地址有变么……之前在用那个我似乎上不去了
A:
没变，群规里的可用
----------------------------------------------------
2017.08.13 22:42:39
Q:
卢老师，请教您个问题，固体荧光能否模拟计算
A:
CASTEP貌似可以，没试过
----------------------------------------------------
2017.08.13 22:47:02
Q:
高斯可以用很烂的PBC算周期性体系
A:
不过算不了PBC下的电子激发
----------------------------------------------------
2017.08.13 23:08:29
Q:
大博士什么时候做orca的ppt
OA:
靠别人不如靠自己，我等期待楼上大神的ORCA的PPT来学习
Q:
我刚刚入门，好多关键词还不会用
A:
高级量化班之前肯定会做出来ORCA ppt，但什么时候开始动工就难说了
Q:
请问...高级班会去讲Orca吗？
Q:
讲，但只讲重点
高级班要用到很多软件，都讲如何安装吗
OA:
我刚入手Orca，感觉用起来不如高斯舒服....但是RI真的好想用啊....
Q:
快到上天
A:
安装都是培训前就会讲的
OA:
我一直拿ORCA当测试
好的期待着sob老师的高级班和波函数班
Q:
大博士估计光是如何安装软件就得很大篇幅
尤其是gamess这样的需要编译的软件
OA:
要是不大的话，可以做成rmp包，可惜这么大
A:
预计高级班会涉及ORCA、NWChem、MRCC、PSI4、Dalton、Dirac等一大把程序，因为每个程序都有其不可替代的强项
貌似ORCA有基于动态库的版本，非常小
（相对而言）
OA:
脑补高级班的网盘
用代码写的代码往往体积很大
A:
还有CFOUR、CASINO等等...
Q:
机器编程？
OA:
为啥大？
CASINO没听说过
A:
是最有名的量子蒙特卡罗程序
OA:
好合适的名字
MRCC的代码有70多万行，有20-30万用来搞单电子积分。。。。
FCI就差davidson的程序了，在考虑要不要自己写
Q:
大师学的是西域传过来的fortran大法
OA:
据我所知国内做方法的组还是极少的
我以为你要说蛤蟆功。。。
Q:
黎书华算一个
OA:
我现在并不做方法。
Q:
做方法的代码化
A:
不算少
陈飞武、刘文剑、文振翼、黎书华等
OA:
顶多算程序/算法
Q:
国内做泛函拟合的不多
A:
主要就徐昕
OA:
复旦泛函小王子
Q:
如果台湾算上，还有蔡政达
OA:
科大貌似有做的
山大有做GW的
Q:
大博士的高级班牵扯那么多软件，ppt得多少页
OA:
固体里面的技术多一些
A:
不会像基础班2200页那么多，估计最多不超过1200页
Q:
帅志刚领衔主演
OA:
觉得泛函在固体里应用更广泛
因为CC等用在固体上，算不动啊。
A:
都一样广泛
现在量化里用后HF的不超过10%
OA:
固体的k点很烦人。。。
前段时间用CASSCF，都是泪
OA:
有ri-mp2算固体
A:
QMC在固体上用得也不少
Q:
现在极端不喜欢固体这个领域
OA:
CASSCF我第一次用就不收敛。。。
A:
近来看到Neese还用DLPNO-CCSD(T)用团簇模型算了个TiO2吸附小分子，结果理想
OA:
固体还是蛮有趣的
框架比较多
A:
像之前的CP2K那样，只支持gamma点，但作为代价计算时候复晶胞需要取大，倒也是一种折中办法
Q:
以后可以摆弄一下cp2k
OA:
psi4,dalton,dirac各有啥特色？
手头有个程序叫elk，是lapw框架的。
A:
dirac算二、四分量相对论
dalton算高阶响应性质
psi4支持CCSD(T)解析梯度、SAPT做得极好
OA:
cfour和psi4谁的CCSD(T)解析梯度更快一些？
CCSD部分的解析导数好像好点，(T)的蛋疼
A:
没测过
按理说CFOUR应该更快，毕竟是CC专业户，不过PSI4代码效率也挺高
OA:
后者是py写的吗？我记得有一个是py写的。
A:
py with C++
OA:
嗯嗯
纯py，估计就没人用了
py和c/c++无缝连接
A:
纯py就一个pyquante，毫无用处
OA:
这个程序没什么功能
A:
纯教学目的
但作为教学目的都有点太low
OA:
这些功能，用不了多久就能做出来
不过，BSD协议还是挺不错的
社长是怎么发现这个纯py写的软件的？
A:
忘了，可能是看CCL上的讨论或者无意间google到的
----------------------------------------------------
2017.08.13 23:23:36
Q:
请问，自己写的程序，怎么能做到像multiwfn程序那样，执行文件后面可以直接加输入文件？
A:
call getarg(1,filename)
call getarg(2,cmdarg2)
代表把后面接的两个参数分别赋值到两个字符串变量里
----------------------------------------------------
2017.08.14 09:53:06
Q:
老师好，哪位老师知道如何在Gview里保存新建的分子片段，并指定使用该管能团时的取代位置。求教
A:
取代位置在片段窗口里把相应原子点击成青色
建模窗口里选中片段，在片段窗口里点右键直接有选项能加进去
----------------------------------------------------
2017.08.14 10:28:27
Q:
各位老师，提问一个问题，在科音的ppt上说，DFT能够做到大于等于MP2的精度，是指类似于B3LYP，M06-2X的大多数泛函都可以做到，还是只有少数泛函可以做到？
A:
常用的泛函都能做到，做不到的都不常用或者被淘汰了
----------------------------------------------------
2017.08.14 11:41:26
Q:
请教下各位，GView给出的分子轨道图中，红绿轨道表述用positive/negtive phase还是in/out phase？
A:
没有in/out phase的说法。代表正负相位
字号不要超过12，注意群文件里群规
----------------------------------------------------
2017.08.14 12:40:53
Q:
Gaussian09的固体SCF经常不收敛，算得结果有时候很诡异，肯定有bug
A:
基组得选合适，算分子常用的3-zeta基组都可能在PBC时候有数值问题造成难收敛或结果诡异。不加弥散或2-zeta一般没事，用专用的pob-TZVP一般也没事。
----------------------------------------------------
2017.08.14 17:12:56
Q:
量化群里居然惊现民科[图片]
A:
公社群里老早就有过，被踢了
当时的截图
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.14 17:18:26
Q:
[图片]我想请问下 charge transfer distance DCT 是怎样画出来的，是必须Multiwfn 结合VMD，单纯用Multiwfn 能画出来么
A:
可以画
看手册4.18.3节的例子
Q:
[图片]老师，刚刚按照手册画了下，但是是这样子的，是不是还需要调整什么参数呀
A:
等值面数值
Q:
谢谢老师，我再试试
A:
如果怎么改都不行，先把手册里的例子重复一遍确保操作正确
----------------------------------------------------
2017.08.14 17:33:26
Q:
x10dai主板，系统装固态上，重装系统后usb失灵，再U盘启动重装系统，但是由于鼠标，键盘失灵无法完成重装，怎么破?只能把固态拆下来格了吗？
装的事win7。
A:
跟固态没有必然关系
----------------------------------------------------
2017.08.14 17:45:00
Q:
老师，我在计算SDF时出现下面情况是不是md跑的时间太短了，另外中心分子并不在盒子中间，有什么办法可以在跑完md之后把中心分子放到中间呢？[图片]
A:
太短是可能的原因之一。
最好跑的时候就把分子固定住，要不然很麻烦（虽然也不是没办法重新调回中间）
[图片]
Q:
老师那怎么才能在跑md之前固定呢？
A:
看你用的程序，手册里都有说
诸如gmx里可以用
freezegrps = r_30
freezedim = Y Y Y
----------------------------------------------------
2017.08.14 17:51:07
Q:
好的，但是有个问题我找不到哪个分子才是盒子最中央的
A:
VMD里恰当设置显示方式，屏蔽掉多余的区域，并不难找
----------------------------------------------------
2017.08.14 18:34:32
Q:
请问，PBEPBE 在不同程序间，差了0.01Hartree，算错误么
A:
各方面严格相同的情况下（诸如笛卡尔和球谐型基函数问题），积分格点也都足够精确时，不应当差这么大
----------------------------------------------------
2017.08.14 19:05:20
Q:
请问，G09的溶剂有1,4-dioxane吗，如果没有请问如何选择EpsInf的值？
A:
看手册scrf关键词末尾的溶剂列表
感觉2号群有马甲
无论以何种形式，同时在多处问同一个问题是不好的
----------------------------------------------------
2017.08.14 19:20:24
Q:
麻烦问一下把gauss计算的frequency数据导入Orgin 做红外谱图应该选择out文件的那部分数据啊
A:
先搞清楚红外光谱是怎么模拟产生的，仔细阅读
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
用Multiwfn导出IR谱的曲线数据，拖到origin窗口里，直接绘制成曲线图即可
高斯输出文件里的数据没有能够“直接”放到origin里作图的，必须经过Multiwfn等程序进行展宽成理论谱才行
Q:
Gaussview 里面显示的IR谱图纵坐标epsilon 跟intensity 还有实验上的Absorption 三者是啥关系啊
我被弄的很混
A:
仔细看博文
看完全懂了
----------------------------------------------------
2017.08.14 20:59:49
Q:
sob老师博文中讲，计算有机体系垂直电离能应用M06-2X。
请问各位，如果是无机体系，也可以用m062x么？基组方面有没有底线呢？
A:
不适合，至少没有证据表明和有机体系一样好
什么基组看具体什么体系，要求什么样精度
不过无论什么计算，共通的底限都是6-31G*
Q:
那对于无机体系，sob老师您推荐用什么泛函呢？
A:
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
Q:
谢谢sob老师.
再请教一个问题。我计算的分子，是带2个负电的。这样的分子计算出垂直电离能是就是负数了。
我觉得这是因为，基态的时候带-2电，导致前线分子轨道很多都是正数，因此DFT认为拿掉他们甚至不需要做功。
这样的结果应该是不合理的吧。这种带负电的分子应该怎样处理电离能问题呢。
A:
你这不是分子，而是离子。这确切来说叫垂直脱附能而不是电离能
不用管轨道能量，不要试图通过这个来讨论
体系即便是阴离子，也不代表其电离能非得是负数，是正是负实际算完了才知道
如果算完了是负数，说明阴离子状态没法稳定存在，电子自发就会脱附
----------------------------------------------------
2017.08.14 22:00:01
Q:
各位大侠：S1态到T1态的MECP点的能量是不是应该在S1和T1之间？是否将geom的构型提取出来，计算下能量？
A:
否
可
Q:
谢谢sob，我计算的MECP点的能量比S1态的还稍高一点，这个怎样理解？
A:
很正常啊
Q:
我对MECP的理解还不深入，以为和圆锥交叉点类似，处于两个势能面之间。
大神，MECP点的能量比S1态能量高，这个从哪些相关文献或博文上理解？谢谢！
A:
[图片]
[图片]
随便找个文献都有示意图
Q:
谢谢sob，学习中
A:
意义差不多
Q:
学习了
sob, S1和T1之间的MECP点已经找到，尝试算了下T1和S0之间的MECP，发现也可以找到，能不能说明T1态无辐射失活到S0态，而不是磷光？
A:
找到很容易，关键看难易程度。如果很难进行，照样发磷光
----------------------------------------------------
2017.08.15 09:16:45
Q:
求老师们帮忙看看，[图片]这个DA反应的过渡态我找的是否正确
明白啦，谢谢老师！但我还有个小小的疑问，就是我看IRC图产物的那端，发现[图片]只有左边的C-C先连上了，右边的C-C还没连上，这个没事吧？
A:
本来体系就是不对称的，正常
----------------------------------------------------
2017.08.15 09:29:46
Q:
请问，gaussian能计算single-molecule junction conductance吗
A:
单靠高斯不能
Q:
群主有什么推荐的帖子吗，我想参考一下
A:
http://www.alacant.ua.es/index.html
----------------------------------------------------
2017.08.15 09:57:03
Q:
老师，我计算的最后优化到34步就结束了，l9999错误，是结构不行吗[图片]
OA:
是
因为有虚频
这个是C4h
A:
收敛限这么严，步数上限这么小，显然很容易会这样
和初始结构没必然关系
Q:
我没有设置步数上线
A:
不看轨迹和趋势没法判断
体系小，自然默认的步数上限就小，这是常识
Q:
那我改下步数上限试试，因为另一个相似的收敛了
A:
看收敛趋势，有这个必要再改
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
感觉这个也快收敛了，趋势就是在接近收敛线
我就看的收敛标准，不断减小，就可以认为趋向收敛对吗
A:
可
----------------------------------------------------
2017.08.15 10:22:02
Q:
[图片]请问各位老师用multiwfn怎么能做到一个图里面有多条吸收曲线
A:
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
在multiple.txt里写多个文件
Q:
[表情]谢谢老师
老师我的不是构象异构体，是不同的分子，是不是我只能挖出数据重新区画图
A:
照样画，权重都设1
----------------------------------------------------
2017.08.15 10:34:26
Q:
老师，跑出来的irc电子能磊是正的，吉布斯自由能垒是负的，该如何解释啊？负的吉布斯自由能垒还能求反应速率吗？
A:
[图片]
需要用变分过渡态/变分RRKM理论或者轨迹计算方法算k
----------------------------------------------------
2017.08.15 11:06:37
Q:
[图片][图片]请教下大家，用GaussianView做轨道分析，打开的是fchk文件，选择surface----contour action----new contour----molecular orbital---LUMO,就出现以上的错误，请问大家这是怎么回事？另外此fchk文件也不能生成cube文件。
A:
用Multiwfn就完了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269
Q:
谢谢Sob老师，这个Multiwfn我以前用过，确实不错，我也准备用这个。我现在就想知道Gaussianview出现的这个问题是怎么回事?望老师指点。
A:
机子里没装高斯，或者gview没识别出路径，或者程序bug，或者gview里设定不合理
多难用
绘制出来的结果还很烂
Q:
您的意思，是不确定因素，都会提示这样的错误？
A:
不知道，我不用这破玩意
可能原因无非就我说的那几种
----------------------------------------------------
2017.08.15 11:13:49
Q:
群里有关于分子轨道成分分析的帖子吗？
A:
谈谈轨道成份的计算方法
http://sobereva.com/131
群文件《分子轨道成分的计算》
----------------------------------------------------
2017.08.15 12:03:15
Q:
请教下大家：电荷分析结果和HOMO-1的轨道一致，与HOMO 轨道相差很大。但是从实验角度，HOMO与HOMO-1两部分的结构是相互对立，只能有其一存在，而且实验上更希望是HOMO-1的情况是有利的。在这个情况下，我该认为HOMO，还是HOMO-1是其他亲电试剂进攻的位点？
A:
用福井函数、ALIE讨论
以及双描述符
Q:
ALIE这是啥？双描述符是啥？请详细指导一下，谢谢老师
行，我现在去看，谢谢
A:
讨论反应位点看：
1 群共享里的文章：亲电取代反应中活性位点预测方法的比较、Comparative study on the methods for predicting the reactive site of nucleophilic reaction
2 幻灯片：Predicting reactive sites（http://sobereva.com/234）
3 Multiwfn手册4.A.4节
4 概念密度泛函综述和重要文献合集：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=384
----------------------------------------------------
2017.08.15 12:09:26
Q:
老师，用SOS计算gamma的时候，测试其收敛性，Column6和column7代表什么，谢谢[图片]
A:
看手册
[图片]
有问题先想到手册
----------------------------------------------------
2017.08.15 12:23:58
Q:
老师，有个小问题，我在一个算单点能的作业中，遇到SCF不收敛，设置SCF=conver=6后，仍不收敛；
检查SCF迭代过程，发现有一步密度矩阵RMS已达D-07数量级，密度矩阵最大变化和能量变化各为D-05和D-07数量级。按照conver=6，这三个值应在1E-06，1E-04，1E-04就收敛了，但高斯却判断没有收敛，这是为什么呢？
[图片]
A:
对照迭代一开始显示的收敛限
Q:
老师，一开始显示的收敛限和我判断的是一样的
[图片]
A:
上传输出文件看看
Q:
老师，已上传~
A:
可能还隐藏了什么额外判断标准，诸如DIIS erro之类
Q:
好的，谢谢老师！如果我对单点能的要求是换算成kcal/mol后小数点后两位精确，这轮迭代的结果可以用吗？
嗯，我换个方法看看能不能收敛吧~
OA:
上面这个图？就是一两个星期前at你那个版本的GaussianMonitor的一个窗格
A:
[图片]
你这波动还很剧烈，就算当成收敛了，结果也危险
PS: Multiwfn这个功能之前的量化班都忘了讲，下回演示下
----------------------------------------------------
2017.08.15 12:52:58
Q:
这个是看收敛的每一步结构？
A:
SCF收敛过程结构怎么可能变
----------------------------------------------------
2017.08.15 13:01:03
Q:
请问老师，量化中如何去衡量电负性这个概念（电荷转移能否衡量）
A:
这是两码事
电荷转移量算片段电荷就完了
电负性概念通常用Mulliken电负性表征
虽说也有文章把不同片段接到同一个标准片段上，通过电荷转移量衡量片段电负性
Q:
请问老师，mulliken的电负性是指mulliken的电荷值吗
A:
显然不是
Q:
[图片]请问老师，这里的EA和IP是指电离还是垂直
A:
垂直
----------------------------------------------------
2017.08.15 13:18:19
Q:
老师，用Multiwfn研究gamma随外场的变化的时候，Multiwfn闪退，这个应该怎么解决
谢谢
A:
输入文件有问题或者输入的命令有问题
Q:
研究beta就不会
[图片]
这个是我外场频率的输入文件
A:
没完整的输入文件和详细的操作步骤没法说
Q:
那我把输入文件传上来可以吗
A:
可
Q:
�� sr 'com.tencent.mobileqq.data.TroopFileData I bisIDI durationJ entitySessionIdI heightJ lastTimeJ lfileSizeI widthL FromUint Ljava/lang/String;L
dspFileNameq ~ L
dspFileSizeq ~ L fileNameq ~ L fileUrlq ~ L sha1q ~ L uuidq ~ xp f � pt
freqlist.txtt 163Bytet
freqlist.txtt %/6da39790-3e04-4d07-b6bd-535df8c6e571t t $5bc6990c-e92f-3110-aab3-0c6971ac1fcd
谢谢老师
A:
你怎么输入的？
输了几个频率，没报错
Q:
载入sos.txt之后，输入17，然后载入freqlist.txt
A:
gamma要输入三个频率，你的freqlist.txt只有两列
Q:
那还输入0~0.2这一列就可以吗
A:
必须得三列
数值多少看你的要求，想算什么频率的情况
Q:
就是第一列和第二列一样的吗
类似这样[图片]
A:
没必要非得一样
想算什么就写什么，我也不知道你想算什么
[图片]
Q:
gamma[-(w1+w2+w3),w1,w2,0)这个
A:
看手册，式子很清楚
----------------------------------------------------
2017.08.15 13:59:42
Q:
[图片]请问老师，假如不想要图中这个红色的加权光谱曲线该怎么处理
A:
今天会发布更新的3.4.1(dev)版，到时候就可以不显示这个红的了
Q:
还有就是图中的曲线说明是不是也可以自己编辑啦？
好的，谢谢老师
A:
可以直接在multiple.txt里面写legend内容
Q:
好的
A:
搞好了，晚上就会把3.4.1(dev)更新到主页上。到时候看手册4.11节最后新添的例子
[图片]
输入文件依旧很简单
[图片]
Q:
嗯嗯，谢谢老师
A:
已经更新好了，可以下了
----------------------------------------------------
2017.08.15 14:27:38
Q:
Sob老师，之前我有问过，在体相中添加NaOH，并且改变残基侧链的带电情况，以期达到对盐桥的破坏，您回复是浓度太低达不到效果，加大浓度是否可行？
A:
你先看有没有人这么做过
----------------------------------------------------
2017.08.15 14:32:04
Q:
请问老师，fukui指数做出来两个图，一个是亲电进攻，一个是亲核进攻，用GV 显示cube ，那么在亲电进攻的图中（默认红色是positive,绿色negative ）那么红色区域是不是就是易于亲电进攻的区域。在亲核进攻的图中红色区域是代表易于亲核进攻的区域，这样理解是对的吗？
A:
对
----------------------------------------------------
2017.08.15 15:30:39
Q:
老师好，我要优化结构，计算频率，刚开始算出来有一个虚频，加calcall的写法是这样吗？ #p opt=loose freq b3lyp/genecp calcall
A:
去掉loose
用了这个才容易有虚频
Q:
好的
[图片]loose是报错的原因吗
A:
培训时候讲了怎么消虚频，已经说过tight才有助于解决虚频，结果你反倒还用loose
培训里大量用了calcall，仔细复习讲义，看培训时候给的文件
Q:
体系500多个原子，10几个银...........
用了loose，还得2-3周才算完，哎
A:
算下去没前途
Q:
又算了一个去掉loose的，还在算
如果loose和calcall同时用，合理吗？命令行怎么写呢？
A:
对于解决震荡合理
对于解决虚频严重不合理
怎么写复习讲义里几何优化部分，以及高斯基础部分
Q:
opt=(loose,calcall)这个写法行吗？我只是想试试，因为体系实在太大。已经有一个opt在算了
A:
虽然不会报错，但你这体系，这么算几个月也算不完，结果还毫无用处
Q:
其实我只是需要优化一个结构，放在文章里而已。有虚频的结构没法用
解单晶时有一些无序结构，优化是为了更清晰的解释结构
A:
[图片]
反复强调calcall多么耗时
结果你倒来个loose
----------------------------------------------------
2017.08.15 19:02:43
Q:
请问各位老师，求解矩阵本征值，怎么得到一组正交规范的本征矢量呢？先求本征矢再正交化吗
A:
对厄米/对称矩阵对角化，得到的本征矢直接就是彼此正交归一的
----------------------------------------------------
2017.08.15 20:51:10
A:
刚在Multiwfn官网上更新了Multiwfn 3.4.1(dev)，现在可以很方便地直接绘制多个体系的光谱并自定义标签，例子作为4.11.6节添加到手册了
[图片]
----------------------------------------------------
2017.08.15 20:54:06
Q:
老师，能否发一下您购买双路2696v3服务器的淘宝卖家链接？
A:
帖子一开始声明了立场
----------------------------------------------------
2017.08.15 21:09:09
Q:
[图片]
发现一本新书，不知道zayang
感觉又是那种大量公式的书
OA:
感觉好厚......
“本书介绍量子化学的基本原理及其应用。全书共16章，**章至第五章是量子力学的基础内容，包括基本概念、原理、定理、表象理论、电子自旋和角动量、多体问题和近似方法，结合分子的平动、转动和振动，讨论SchrOdinger方程的解。第六章介绍原子结构，第七章介绍群论，这都是为以后研究分子结构做准备的。第八章至第十四章围绕研究分子结构介绍量子化学的基本思想、方法和应用。第八章介绍价键理论，第九章介绍简单分子轨道理论，第十章开始介绍自洽场分子轨道理论，后两章与其紧密衔接，分别为第十一章后自洽场方法和第十二章半经验方法。第十三章介绍密度矩阵理论，第十四章介绍密度泛函理论和分子反应动力学。第十五章光电材料的分子设计和第十六章碳笼化学与物理系结合作者的研究领域介绍量子化学在这方面的应用。”
还是等社长的量化书吧…
“第九章介绍简单分子轨道理论；第十章开始介绍自洽场分子轨道理论”
这俩是啥
社长的量化书，目录做好了没
“后自洽场方法”
A:
[图片]
看两眼然后放书架上
OA:
大博士这是……
坐等评价
好奇这种书大博士手里有多少
同问
A:
市面上所有计算化学、分子模拟、理论化学、量化的书我几乎都有一本
OA:
知己知彼
好奇大博士怎么归类的，能看的一组，瞅一眼的一组？
多数中文书感觉都是抄来抄去
徐光宪的，感觉很多很多直接从文献翻译过来的
赝势那里，说的不知所云
土豪大博士
结论:看赖文，或者等社长的书
社长有钱
Q:
社长，你不会是有藏书癖吧
别人也这么说我
OA:
量化藏经阁
朱老师手头也有一堆量化书吗
Q:
我啥书都有
放在二楼，妈妈担心口被压塌了
书太多就好重
我家自己盖的房子
我高中数理化竞赛，高中从80年代来所有的课本
大学数理化专业经典教材
A:
有藏书癖
本科时候有量子力学藏书癖
Q:
C+系列所有的书
OA:
我好像把高中的课本都卖了。。
Q:
然后就是化工类书
OA:
还是mrcc看着舒服
Q:
英语专业所有的书
OA:
我的藏书都是文学类……
Q:
中文专业所有的书
感觉房子快塌了
OA:
我的藏书，一个书包就装得下。。。
中文专业是指？
唐诗宋词300首？
Q:
唐诗鉴赏辞典
OA:
鲁迅全集？
Q:
中国古代文学史
OA:
永乐大典
Q:
文心雕龙
古文观止什么的
OA:
四库全书
24史全套？
我手里有一本古文观止
去北京的路上看完了论语
Q:
我就是想把高中所有主课的扩展都看一遍
因为当年高考没考好
内心有种憋屈
OA:
娃娃直接读文言文啊
Q:
英语我就感觉专业书籍比非英语专业的好多了
OA:
我还买了老子庄子和诗经
Q:
古代汉语和现代汉语自学了一遍
OA:
孔子说不学诗无以言
Q:
其实不想研究工科
OA:
现在的文人不多了。。
鲁迅也不是学文学出身的
学医的
Q:
量子化学其实从本科就想研究
无奈有错了路
OA:
朱老师难道喜欢文科
Q:
不
我其实热爱物理
说实话
OA:
你现在买一本红楼梦，吃透了后半辈子就不愁了
具体哪一方面的物理啊
Q:
后来又沉醉化学
然后就爱上了量子
OA:
都是看青少版的
透到一定程度，吃透任何东西后半辈子就都不愁了
Q:
当年沉醉于量子场论
沉醉于feyman 图
OA:
可以研究研究post-hf
喔费曼图太优雅了
Q:
后来看到量化里也有这些鬼画符的图
OA:
犹如第一次学莱布尼茨dx记号的感觉
Q:
是的
太美了
简单的描述了高能粒子过程
OA:
我家的书，一个书包就装得下
你家里编程书不少吧
Q:
所以feyman 和landau 的确牛逼
OA:
就一本fortran
我家里20多个魔方
其他语言的呢
没有了
不喜欢看纸质书[图片]尤其是一大本的
纸质书买来就拆了扫描、或者拆成一页一页的看了
Q:
五圈feyman 图，计算出来很难
A:
一大本端着太累，atkin的物化就是那样
Q:
Atkin 还有本分子量子力学
A:
尤其是硬皮书，拿着更难受
----------------------------------------------------
2017.08.15 21:09:18
Q:
[图片]
发现一本新书，不知道咋样
OA:
电子版有吗
Q:
新书怎么可能有电子版？
A:
[图片]
[图片]
OA:
编辑看来是个二把刀
A:
[图片]
OA:
就是这本书？
A:
[图片]
Xalpha竟然能讲十几页
y
OA:
这书就不能碰了吧
这个图给力
A:
按照习惯，我会买一本
OA:
吉大的……
估计想超越徐光宪的那本
A:
这里有目录
https://detail.tmall.com/item.htm?spm=a230r.1.14.9.ebb2eb2rsIEfa&id=556852945518&cm_id=140105335569ed55e27b&abbucket=17
----------------------------------------------------
2017.08.15 21:21:09
Q:
各位老师，在计算ECD光谱时候，含有-NH-O-键，这种类型的化合物总是拟合不匹配。[图片]。各位老师有什么好的建议
是否哪些值设置不合理
A:
&垃圾关键词
Q:
求好的建议
A:
估计是被exploring 3rd毒害的
Q:
我换过B3LYP，也不太好
A:
wB97X、CAM-B3LYP
Q:
好的，其他方面呢
A:
注意考虑构象平均等问题
Q:
构象应该不会有问题了，因为优化了80多个构象
A:
这跟优化不优化是两码事
关键在于算准玻尔兹曼权重，这需要自由能算得很准
参考
使用Multiwfn绘制构象权重平均的光谱
http://sobereva.com/383
----------------------------------------------------
2017.08.15 21:53:34
Q:
各位大神，用sobMECP寻找S1-T1的MECP，结果OK，最后Energy of First State: -306.3110376620
Energy of Second State: -306.3110336600，Convergence Check (Actual Value, then Threshold, then Status):
Max Gradient El.: 0.000629 (0.000700) YES
RMS Gradient El.: 0.000226 (0.000500) YES
Max Change of X: 0.001219 (0.004000) YES
RMS Change of X: 0.000380 (0.002500) YES
Difference in E: 0.000004 (0.000050) YES。把geom的构型提取出来，计算单点能为-306.43965347，这是为何？它的能量不应该是与Energy of First State 和 Energy of Second State 非常接近吗？
A:
要么结构没提取对，要么是初猜不同导致的
Q:
谢谢sob，构型提取没有问题，已经核对。初猜不同，怎样理解？计算的时候S1和T1用的是同一个构型。谢谢
A:
初猜波函数不同，收敛到不同波函数
Q:
是因为MECP点geom提取后，计算单点能还需要加TD吗？
核对了sobMECP的输出结果，初猜波函数是相同的。我再思考下，问题在哪。
A:
算S1才需要TD
----------------------------------------------------
2017.08.15 22:00:22
Q:
求助老师，请问怎么样从gaussview中把红外和拉曼的数据导出来？
[图片]
我在谱图上点击鼠标右键-->save data，保存以后是展宽后的数据，请问怎样才能得到图上的原始数据？
A:
载入Multiwfn，选项-1把数据输出到屏幕上，然后按照手册5.5节的做法把数据拷出来
[图片]
拖哪拷哪
Q:
老师，想问下GV能直接导出这个数据吗？
A:
不能
用Multiwfn多方便
----------------------------------------------------
2017.08.15 22:26:42
Q:
[图片]
老师，请教一下，这里面的是跃迁偶极矩吗？
Norm是什么意思啊？
哦哦，那跃迁偶极矩的方向怎么看啊？
A:
这是激发态偶极矩相对于基态偶极矩的变化，和跃迁偶极矩完全是两码事
跃迁偶极矩矢量在高斯激发态计算输出文件里直接就能读
Q:
老师，怎么读啊？
A:
仔细看
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
----------------------------------------------------
2017.08.15 22:47:43
Q:
中文量化教材有推荐的吗？
A:
无
----------------------------------------------------
2017.08.15 23:51:53
Q:
[图片]优化后看total energy，为啥有的曲线趋于平稳，有的有震荡呢，这些与结构的稳定性有关，还是什么(⊙o⊙)?
A:
没物理意义
数值层面的事
----------------------------------------------------
2017.08.16 00:21:44
Q:
老师好我想请教您问一下氮化硼两种结构能量差很小，在模拟里面控温方式的不同会影响结果吗谢谢
A:
意义不明
Q:
虚原子的质量会有什么影响氮化硼的静电作用好纠结
那老师您知道这个问题的根本在哪里吗这块我怎么也没弄明白谢谢您指点了
A:
我都没搞懂你具体问什么
能量差怎么牵扯到控温上去
用的什么程序，若是高斯，虚原子根本就没有质量
Q:
老师我用的ms的discover……里面应该是必须要有质量才能运算的
我用velocity scaling的时候结构都跑飞了@Sobereva
A:
现在都用forcite了
干嘛非要引入虚原子
跑飞可能原因太多了，初始结构不合理，模拟参数不合理，力场不合理等等
----------------------------------------------------
2017.08.16 08:47:12
Q:
请教各位老师，用gaussian做zindo计算时，由于分子中包涵有Si元素，zindo有元素限制，有没有办法可以解决呢？因为计算的体系非常多，所以选择了zindo方法。谢谢
A:
没办法解决，可以考虑sTDA
----------------------------------------------------
2017.08.16 09:18:44
Q:
各位好，请问ABCluster软件和MOLCLUS软件有什么区别，用哪个软件搜索分子可能存在的构象更合理呢？
OA:
abcluster是做团簇构象的，不是分子构象的。molclus的主程序本身是用来批量对一批结构做某种计算的工具，不限于对何种体系、什么方法做优化；molclus的gentor是产生分子构象初猜的
A:
不用非得MD啊，molclus自带genmer，给单体结构就能产生各种二聚体结构
molclus帖子一开头就说了这点
不都有帖子
genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2369
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=4517
Q:
好的，找到帖子了在研究。谢谢
[图片]Sob老师，按照博文中多巴胺的例子操作，这个是怎么回事，为什么在isomer.xyz中没有输出结果。
OA:
路径空格问题
Q:
文中说，把traj.xyz放到molclus目录下，我把多巴胺输出的traj.xyz直接放到molclus-1.3.5-Win-free目录下，怎么会出现路径空格呢？[图片]
OA:
我是指mopac
A:
跑得好好的
[图片]
直接双击molclus运行
settings.ini里的MOPAC路径保持默认
不知道是不是用了什么鬼畜的运行方式
Q:
[图片]双击出错，我是安装在D盘里，为什么会到C盘里出现空格
OA:
那你重新指定MOPAC目录啊
A:
这和molclus装在哪哪可能有关系
Q:
博文中，我们用molclus调用MOPAC2012在PM7级别下对各个结构进行优化，就直接用molclus-1.3.5-Win-free软件，[图片]molclus-MOPAC2012软件是结合在一起用吗？
A:
从来没听说过叫“molclus-MOPAC2012”的东西
帖子里已经说了，高斯、ORCA、MOPAC都可以结合使用
完全取决于settings.ini里怎么设定的
每个选项含义在贴子里、注释里都写明了
Q:
我重新再解压这个软件，再试试。
我直接从gentor把计算的多巴胺的traj.xyz直接粘贴出来复制到molclus主目录下[图片]，settings.ini选的是2,template选的是PM7，然后双击molclus程序，就出错了。[图片]
A:
什么系统？
隐藏文件扩展名是很不好的习惯
Q:
Win7
A:
Win7-64bit测试通过，无任何问题
你先直接双击MOPAC.mop看能否运行
Q:
[图片]粘贴过来双击运行就会出现上述情况
这个软件里面没有MOPAC.mop程序，我电脑里也没有安装这个程序，只有高斯
A:
[图片]
Q:
明白了
从来没用过MOPAC这个程序，我单纯的以为这个molclus程序里就自带了，so~~
A:
[图片]
OA:
sob震惊了
Q:
弱智了
OA:
[图片]
[图片]
不过这个报错好像不一样
Win7的Bug嘛[图片]
hahaha.exe是啥程序
同问
蛤？
点击运行，续一秒？
好像是点击运行后按e
Q:
菜鸟只用高斯，别的没用过。[图片]怎么样molclus直接调用高斯计算，[图片]molclus文件下也没有cluster.xyz文件
A:
算完了，用isostat处理完了才有cluster.xyz
仔细弄清楚帖子里的计算流程和基本思想
调用高斯就把settings.ini里的iprog改成对应高斯的就完了
举一反三
OA:
社长给的帖子白给了
----------------------------------------------------
2017.08.16 09:52:42
Q:
老师，gromacs中在一个由h2o和co2组成的体系中，我怎么分析h2o和co2的质心之间的rdf？
A:
rdf命令可以用-sel参数来选择被考察的组，-sel后面接gromacs的selection选择语法，selection可以直接指定某个组的质心。
----------------------------------------------------
2017.08.16 11:21:17
Q:
各位，请问RODFT的关键字如何设置？是ROB971这样子么？
A:
y
----------------------------------------------------
2017.08.16 11:50:11
Q:
sob老师我看网上说 zindo适用于周期表前48种原子，但是Si才14啊~ 我用的是gaussian09
A:
ZINDO只适合有机体系
不排除其它人搞了额外的ZINDO参数
----------------------------------------------------
2017.08.16 12:52:27
Q:
老师，请问我想下载Centos，[图片]请问我选择everything iso比较好，还是minimal iso比较好？
A:
DVD ISO
----------------------------------------------------
2017.08.16 14:13:26
Q:
老师，请问电脑安装Centos，安装DVD ISO，是要有光盘刻录机才能安装吗？
A:
可以用ultraiso等烧到U盘里安装
----------------------------------------------------
2017.08.16 14:17:08
Q:
win7里的cmd怎么没有cut和grep命令啊
cut命令该用啥代替
A:
本来就没有
----------------------------------------------------
2017.08.16 14:17:35
Q:
我想请问下怎样设置一个分子的对称性，使其达到最高的对称结构?
A:
非要用linux命令，装虚拟机，或者启用Win10内嵌的ubuntu
gview里尽量摆好结构，进入点群工具里，恰当设定阈值，对称化
Q:
好的，谢谢老师
老师，如果目前是一个C2V的分子，我可以通过这种操作使其变成C4的空间点群么？
A:
前提你肉眼看着像C4才有可能
----------------------------------------------------
2017.08.22 21:17:30
Q:
老师，DLPNO-CCSD(T) 是不是只能计算闭壳，开壳无法计算？
A:
可以算，但只能用于高自旋开壳层（即RO能处理的开壳层体系）
Q:
具体怎么操作呢，orca说明书上说7.8.3解释，但是并没有7.8.3
A:
照常设该有的自旋多重度就完了
Q:
就是将uhf改成rohf 然后设置自选多重度，老师，哪还有别的方法可以减少计算ccsd（t）/cc-pvtz的方法吗
A:
就甭用verlet了
最好别冻结，改成位置限制，就没这麻烦事
Q:
减少计算时间，写错了
A:
[图片]
不用写uhf、rohf，自动就会判断
----------------------------------------------------
2017.08.22 22:02:44
Q:
各位老师好！能不能打扰一下，想问一下pipek-mezey定域化用马利肯布局合理吗？cbs-qb3如何加溶剂效应？是用scrf关键词吗？
A:
没弥散函数就合理
CBS-QB3算完之后，再加上自己单独算的溶解自由能
----------------------------------------------------
2017.08.23 05:46:28
Q:
请问各位老师 DFT可以描述H2的异裂吗
A:
异裂得用CDFT才能考察，要不然又收敛到闭壳层去
Q:
sob老师，所有的异裂反应都是么？用CDFT考察？如果我想比较异裂，均裂，需要方法一致么？
A:
泛函、基组得一致。有些异裂本身直接就能收敛到异裂对应的电子结构，比如NaCl，但是如果乙烷断裂成俩甲基，肯定自动收敛不到一个CH3+一个CH3-去，就不得不用CDFT
Q:
恩恩，gaussian能实现CDFT么？
A:
NWChem和Q-Chem支持
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271
----------------------------------------------------
2017.08.23 09:07:55
Q:
老师，做一个闭壳层有机分子的tddft,发现excited state 1到excited 6都是振子强度为零的triplet,是因为基态是S0,到三重态是跃迁禁阻的嘛？excited state7是第一个Singlet,那可以认为这个态是S1嘛？
td(nstates=10,50-50)
td(nstates=10,50-50)@米豆豆
那写了可以认为extited state 7是s1嘛？
A:
是
----------------------------------------------------
2017.08.23 10:38:29
Q:
[图片]
请教各位，这两个warning是咋回事？
gmx的pdb2gmx
A:
检查rtp里相应残基的原子名和pdb里原子名的对应关系
----------------------------------------------------
2017.08.23 13:01:04
Q:
[图片]老师请问文献里提到的SC-ZORA是什么意思？我在讲义里暂时没找到。
OA:
标量相对论计算的一种方式
Q:
关键词怎么输？主要影响哪方面计算结果？对于能量计算影响大吗？
OA:
相对论计算那部分有
A:
看讲义里相对论计算那部分
强烈不建议用ZORA
OA:
难道用X2C？
A:
按照beefly的话说，ZORA这种垃圾能冒出来，纯属历史因素，搞相关问题的人脑子短路
OA:
用DKH
A:
ORCA能把DKH2做到解析Hessian很不错
瓜斯用户就老老实实用DKH2
GAMESS-US用户用LUT-IOTC
----------------------------------------------------

复制代码

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[群聊Q&A整理] 公社群聊Q&A整理：2017.08.07 22 ~ 2017.08.23 13 Concate

评分 Rate

浏览过的版块