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[GROMACS] 求助无定形硅到晶体硅的分子动力学模拟

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想用Gromacs模拟无定形硅在高温高压退火后转变为晶体硅的过程,请问无定形的单质原子怎么建模呢?以及找力场文件;求讨论指导.

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发表于 Post on 2023-4-14 23:17:58 | 只看该作者 Only view this author
这种问题用GROMACS不适合。没有GROMACS支持的了的力场能够同时较好描述晶态和无定形的Si
可以用CP2K在GFN1-xTB级别下跑MD,升温到高温,跑一阵子之后,自然就成了无定形了。顺带一提,北京科音CP2K第一性原理培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)讲AIMD的部分专门有基于晶态SiO2跑出无定形SiO2的例子。
另外,reaxFF也许也能模拟,可以跑更长的时间尺度和更大的体系。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-17 10:13:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-14 23:17
这种问题用GROMACS不适合。没有GROMACS支持的了的力场能够同时较好描述晶态和无定形的Si
可以用CP2K在GFN1 ...

谢谢Sob老师

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发表于 Post on 2023-12-28 10:48:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-14 23:17
这种问题用GROMACS不适合。没有GROMACS支持的了的力场能够同时较好描述晶态和无定形的Si
可以用CP2K在GFN1 ...

社长,请问纯金属Bi的amorphous建立过程也可以基于SiO2的过程做吗?得到的结构可以用来研究热力学的过程吗?
一蓑烟雨任平生

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发表于 Post on 2023-12-29 04:32:04 | 只看该作者 Only view this author
ymeng 发表于 2023-12-28 10:48
社长,请问纯金属Bi的amorphous建立过程也可以基于SiO2的过程做吗?得到的结构可以用来研究热力学的过程 ...

可以
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