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[Multiwfn使用咨询] 使用ORCA+Multiwfn懒人包计算RESP电荷遇到得问题

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本帖最后由 tianfu1899 于 2023-12-31 01:17 编辑

各位老师好,学生用ORCA+Multiwfn懒人包计算RESP电荷时,用examples文件夹里面的提供的分子计算时没有出现问题,但是用自己画得小分子进行计算时就出现以下问题                                                        “tf@tf-MS-7D31:~/test$ ./RESP_ORCA.sh Z.mol2
Net charge was not defined. Default to 0
Spin multiplicity was not defined. Default to 1
Solvent name was not defined. Default to water
Running optimization task via ORCA...
[tf-MS-7D31:02508] *** An error occurred in MPI_Type_match_size
[tf-MS-7D31:02508] *** reported by process [730005505,1]
[tf-MS-7D31:02508] *** on communicator MPI_COMM_WORLD
[tf-MS-7D31:02508] *** MPI_ERR_ARG: invalid argument of some other kind
[tf-MS-7D31:02508] *** MPI_ERRORS_ARE_FATAL (processes in this communicator will now abort,
[tf-MS-7D31:02508] ***    and potentially your MPI job)
[tf-MS-7D31:02503] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[tf-MS-7D31:02503] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[tf-MS-7D31:02503] PMIX ERROR: UNREACHABLE in file server/pmix_server.c at line 2198
[tf-MS-7D31:02503] 3 more processes have sent help message help-mpi-errors.txt / mpi_errors_are_fatal
[tf-MS-7D31:02503] Set MCA parameter "orte_base_help_aggregate" to 0 to see all help / error messages
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run“请问这种情况该如何解决?谢谢

Z.mol2

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发表于 Post on 2023-12-31 00:38:01 | 只看该作者 Only view this author
上传你的mol2文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-31 00:41:26 | 只看该作者 Only view this author

好的sob老师,mol2已上传,谢谢

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发表于 Post on 2023-12-31 09:16:44 | 只看该作者 Only view this author
说明运行环境,多少核多少物理内存量
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-31 12:16:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 tianfu1899 于 2024-1-1 02:07 编辑
sobereva 发表于 2023-12-31 09:16
说明运行环境,多少核多少物理内存量

sob老师,运行环境是4核,2G内存.
老师,我又运行了examples里面的CH3CONH2.fch和biphenyl.fch,  CH3CONH2.fch顺利通过,但是biphenyl.fch出现了一样的问题。但是,我把核设置成1过后,两个都可以计算了,请问一下,这是什么原因造成的?谢谢,

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发表于 Post on 2024-1-1 03:38:44 | 只看该作者 Only view this author
tianfu1899 发表于 2023-12-31 12:16
sob老师,运行环境是4核,2G内存.
老师,我又运行了examples里面的CH3CONH2.fch和biphenyl.fch,  CH3CON ...

2GB物理内存太小,核数乘以输入文件里的maxcore(单位是MB)必须明显小于物理内存量才保证能跑

你当前的计算资源对于这么大体系做优化太慢
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-1 03:52:38 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-1 03:38
2GB物理内存太小,核数乘以输入文件里的maxcore(单位是MB)必须明显小于物理内存量才保证能跑

你当前 ...

谢谢,老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-2 01:46:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-1 03:38
2GB物理内存太小,核数乘以输入文件里的maxcore(单位是MB)必须明显小于物理内存量才保证能跑

你当前 ...

谢谢老师,麻烦再问一下,就是得到的chg文件的坐标和原始的mol2文件的坐标有出入,这是正常的吗?是不是优化带来的改变?可以直接把chg文件的中的电荷直接写入原始mol2文件吗?还是要连同坐标一起写入?谢谢

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发表于 Post on 2024-1-2 03:58:13 | 只看该作者 Only view this author
tianfu1899 发表于 2024-1-2 01:46
谢谢老师,麻烦再问一下,就是得到的chg文件的坐标和原始的mol2文件的坐标有出入,这是正常的吗?是不是 ...

chg文件里的坐标是脚本调用ORCA优化完的,自然不同
无所谓
如果你的目的是用sobtop创建拓扑文件,sobtop只看连接关系,不看坐标
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-2 07:25:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-2 03:58
chg文件里的坐标是脚本调用ORCA优化完的,自然不同
无所谓
如果你的目的是用sobtop创建拓扑文件,sobto ...

明白了,谢谢老师

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